رسالة جامعية
O transcritoma antisense primário de Halobacterium salinarum NRC-1 ; The antisense primary transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1
| العنوان: | O transcritoma antisense primário de Halobacterium salinarum NRC-1 ; The antisense primary transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1 |
|---|---|
| المؤلفون: | Almeida, João Paulo Pereira de |
| المساهمون: | Koide, Tie |
| بيانات النشر: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP Universidade de São Paulo Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto |
| سنة النشر: | 2018 |
| المجموعة: | University of São Paulo: Digital Library of Theses and Dissertations / Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| مصطلحات موضوعية: | Lsm, RNAs dupla fita (dsRNAs), RNAs não codificantes (ncRNAs), Inícios de transcrição primários (TSSs), Halobacterium salinarum, RNAs antisense (asRNAs), RNAse R, Differential RNA-seq (dRNA-seq), Sistemas toxinas-antitoxinas (TAs), Archaea, Toxins-antitoxins systems (TAs), Non-coding RNAs (ncRNAs), Antisense RNAs (asRNAs), Double-strand RNAs (dsRNAs), Transcription start sites (TSSs) |
| الوصف: | Em procariotos, RNAs antisense (asRNAs) constituem a classe de RNAs não codificantes (ncRNAs) mais numerosa detectada por métodos de avaliação de transcritoma em larga escala. Apesar da grande abundância, pouco se sabe sobre mecanismos regulatórios e aspectos da conservação evolutiva dessas moléculas, principalmente em arquéias, onde o mecanismo de degradação de RNAs dupla fita (dsRNAs) é um fenômeno pouco conhecido. No presente estudo, utilizando dados de dRNA-seq, identificamos 1626 inícios de transcrição primários antisense (aTSSs) no genoma de Halobacterium salinarum NRC-1, importante organismo modelo para estudos de regulação gênica no domínio Archaea. Integrando dados de expressão gênica obtidos a partir de 18 bibliotecas de RNA-seq paired-end, anotamos 846 asRNAs a partir dos aTSSs mapeados. Encontramos asRNAs em ~21% dos genes anotados, alguns desses relacionados a importantes características desse organismo como: codificadores de proteínas que constituem vesículas de gás e da proteína bacteriorodopsina, além de vários genes relacionados a maquinaria de tradução e transposases. Além desses, encontramos asRNAs em genes pertencentes a sistemas de toxinas-antitoxinas do tipo II e utilizando dados públicos de dRNA-seq, evidenciamos que esse é um fenômeno que ocorre em bactérias e arquéias. A interação de um ncRNA com seu RNA alvo pode ser dependente de proteínas, em arquéias, a proteína LSm é uma chaperona de RNA homóloga a Hfq de bactérias, implicada no controle pós-transcricional. Utilizamos dados de RIP-seq de RNAs imunoprecipitados com LSm e identificamos 91 asRNAs interagindo com essa proteína, para 81 desses, o mRNA do gene sense também foi encontrado interagindo. Buscando por aTSSs presentes nas mesmas regiões de genes ortólogos, identificamos 160 aTSSs que dão origem a asRNAs em H. salinarum possivelmente conservados em Haloferax volcanii. A expressão dos asRNAs anotados foi avaliada ao longo de uma curva de crescimento e em uma linhagem knockout de um gene que codifica uma RNase R, possível ... |
| نوع الوثيقة: | master thesis |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Portuguese |
| العلاقة: | http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-15012019-101127Test/ |
| DOI: | 10.11606/D.17.2019.tde-15012019-101127 |
| الإتاحة: | https://doi.org/10.11606/D.17.2019.tde-15012019-101127Test http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-15012019-101127Test/ |
| حقوق: | Liberar o conteúdo para acesso público. |
| رقم الانضمام: | edsbas.9999233B |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.11606/D.17.2019.tde-15012019-101127 |
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