مؤتمر
VARIABLE SELECTION FOR NOISY DATA APPLIED IN PROTEOMICS
| العنوان: | VARIABLE SELECTION FOR NOISY DATA APPLIED IN PROTEOMICS |
|---|---|
| المؤلفون: | Dridi, N., Giremus, A., Giovannelli, J.-F, Truntzer, C., Roy, Pascal, Gerfaut, L, Charrier, J.-P, Ducoroy, P., Mercier, C, Grangeat, P |
| المساهمون: | Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biostatistiques santé LBBE, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement LBBE, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire (LAL), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Bio-Mérieux Marcy l'Etoile, BIOMERIEUX, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform Dijon (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne Dijon (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Biostatistique des Hospices Civils de Lyon, Hospices Civils de Lyon (HCL) |
| المصدر: | IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing ; https://hal.science/hal-01722157Test ; IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing, May 2014, Florence, Italy |
| بيانات النشر: | HAL CCSD |
| سنة النشر: | 2014 |
| المجموعة: | HAL-IN2P3 (Institut national de physique nucléaire et de physique des particules) |
| مصطلحات موضوعية: | [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing |
| جغرافية الموضوع: | Florence, Italy |
| الوقت: | Florence, Italy |
| الوصف: | International audience ; The paper proposes a variable selection method for pro-teomics. It aims at selecting, among a set of proteins, those (named biomarkers) which enable to discriminate between two groups of individuals (healthy and pathological). To this end, data is available for a cohort of individuals: the biological state and a measurement of concentrations for a list of proteins. The proposed approach is based on a Bayesian hierarchical model for the dependencies between biological and instrumental variables. The optimal selection function minimizes the Bayesian risk, that is to say the selected set of variables maximizes the posterior probability. The two main contributions are: (1) we do not impose ad-hoc relationships between the variables such as a logistic regression model and (2) we account for instrumental variability through measurement noise. We are then dealing with indirect observations of a mixture of distributions and it results in intricate probability distributions. A closed-form expression of the posterior distributions cannot be derived. Thus, we discuss several approximations and study the robustness to the noise level. Finally, the method is evaluated both on simulated and clinical data. Index Terms— Model and variable selection, Bayesian approach, biological et technological variability, Gaussian mixture, proteomics. |
| نوع الوثيقة: | conference object |
| اللغة: | English |
| العلاقة: | hal-01722157; https://hal.science/hal-01722157Test; https://hal.science/hal-01722157/documentTest; https://hal.science/hal-01722157/file/article_icassp14_vf.pdfTest |
| الإتاحة: | https://hal.science/hal-01722157Test https://hal.science/hal-01722157/documentTest https://hal.science/hal-01722157/file/article_icassp14_vf.pdfTest |
| حقوق: | info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
| رقم الانضمام: | edsbas.88B87FAB |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |