Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale
| العنوان: | Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale |
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| المؤلفون: | Bernardo, Pauline, Charles-Dominique, Tristan, Barakat, Mohamed, Ortet, Philippe, Fernandez, Emmanuel, Filloux, Denis, Hartnady, Penelope, Rebelo, Tony, Cousins, Stephen, Mesléard, François, Cohez, Damien, Yavercovski, Nicole, Varsani, Arvind, Harkins, Gordon, Peterschmitt, Michel, Malmstrom, Carolyn, Martin, Darren, Roumagnac, Philippe |
| المساهمون: | Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Kirstenbosch Research Centre, South African National Biodiversity Institute, Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements Extrêmes (LEMIRE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre de recherche de la Tour du Valat, Aix Marseille Université (AMU), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station Biologique de la Tour du Valat, Electron Microscopy Unit, University of Cape Town, National Research Foundation of South Africa, EU grant FP7-PEOPLE-IOF : PIOF-GA-2013-622571, MSU AgBioResearch, NSF : DEB-08343140, Direction Generale de l'Armement, MEM INRA Metaprogram, Fondation pour la Recherche, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (IEES (UMR_7618 / UMR_D_242 / UMR_A_1392 / UM_113) ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences, Arizona State University [Tempe] (ASU) |
| المصدر: | The ISME Journal ISME Journal ISME Journal, Nature Publishing Group, 2018, 12 (1), pp.173-184. ⟨10.1038/ismej.2017.155⟩ ISME Journal, 2018, 12 (1), pp.173-184. ⟨10.1038/ismej.2017.155⟩ |
| سنة النشر: | 2016 |
| مصطلحات موضوعية: | Climate, Agriculture, Biodiversity, Plants, Plant Viruses, South Africa, [SDE]Environmental Sciences, Original Article, France, Metagenomics, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ecosystem, H20 - Maladies des plantes |
| الوصف: | International audience; Disease emergence events regularly result from human activities such as agriculture, which frequently brings large populations of genetically uniform hosts into contact with potential pathogens. Although viruses cause nearly 50% of emerging plant diseases, there is little systematic information about virus distribution across agro-ecological interfaces and large gaps in understanding of virus diversity in nature. Here we applied a novel landscape-scale geometagenomics approach to examine relationships between agricultural land use and distributions of plant-associated viruses in two Mediterranean-climate biodiversity hotspots (Western Cape region of South Africa and Rhône river delta region of France). In total, we analysed 1725 geo-referenced plant samples collected over two years from 4.5 × 4.5 km 2 grids spanning farmlands and adjacent uncultivated vegetation. We found substantial virus prevalence (25.8–35.7%) in all ecosystems, but prevalence and identified family-level virus diversity were greatest in cultivated areas, with some virus families displaying strong agricultural associations. Our survey revealed 94 previously unknown virus species, primarily from uncultivated plants. This is the first effort to systematically evaluate plant-associated viromes across broad agro-ecological interfaces. Our findings indicate that agriculture substantially influences plant virus distributions and highlight the extent of current ignorance about the diversity and roles of viruses in nature. |
| وصف الملف: | text |
| تدمد: | 1751-7370 1751-7362 |
| الوصول الحر: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=pmid_dedup__::0c145e42cb3b850d2b33835ed5c50af8Test https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29053145Test |
| حقوق: | OPEN |
| رقم الانضمام: | edsair.pmid.dedup....0c145e42cb3b850d2b33835ed5c50af8 |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 17517370 17517362 |
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