Molecular signatures of muscle growth and composition deciphered by the meta-analysis of age-related public transcriptomics data
| العنوان: | Molecular signatures of muscle growth and composition deciphered by the meta-analysis of age-related public transcriptomics data |
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| المؤلفون: | Matthieu Reichstadt, Florence Jaffrézic, Patrice Dehais, Denis Laloë, Christophe Klopp, Muriel Bonnet, Jeanne Bazile |
| المساهمون: | Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Naudinat, Carine, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) |
| المصدر: | Physiological Genomics Physiological Genomics, 2020, 52 (8), pp.322-332. ⟨10.1152/physiolgenomics.00020.2020⟩ Physiological Genomics, American Physiological Society, 2020, 52 (8), pp.322-332. ⟨10.1152/physiolgenomics.00020.2020⟩ |
| بيانات النشر: | American Physiological Society, 2020. |
| سنة النشر: | 2020 |
| مصطلحات موضوعية: | 0301 basic medicine, Aging, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Meat packing industry, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Breeding, Biology, Muscle Development, Transcriptome, 03 medical and health sciences, Age related, Databases, Genetic, Genetics, Animals, RNA-Seq, Muscle, Skeletal, Composition (language), 2. Zero hunger, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], business.industry, 0402 animal and dairy science, Bovine, 04 agricultural and veterinary sciences, Thorax, Lipid Metabolism, 040201 dairy & animal science, Biotechnology, Red Meat, Meta-analysis, 030104 developmental biology, Adipose Tissue, Genes, Transcriptomic, Muscle, Public data, Cattle, business, Glycolysis, Oxidation-Reduction |
| الوصف: | The lean-to-fat ratio is a major issue in the beef meat industry from both carcass and meat production perspectives. This industrial perspective has motivated meat physiologists to use transcriptomics technologies to decipher mechanisms behind fat deposition within muscle during the time course of muscle growth. However, synthetic biological information from this volume of data remains to be produced to identify mechanisms found in various breeds and rearing practices. We conducted a meta-analysis on 10 transcriptomic data sets stored in public databases, from the longissimus thoracis of five different bovine breeds divergent by age. We updated gene identifiers on the last version of the bovine genome (UCD1.2), and the 715 genes common to the 10 studies were subjected to the meta-analysis. Of the 238 genes differentially expressed (DEG), we identified a transcriptional signature of the dynamic regulation of glycolytic and oxidative metabolisms that agrees with a known shift between those two pathways from the animal puberty. We proposed some master genes of the myogenesis, namely MYOG and MAPK14, as probable regulators of the glycolytic and oxidative metabolisms. We also identified overexpressed genes related to lipid metabolism (APOE, LDLR, MXRA8, and HSP90AA1) that may contribute to the expected enhanced marbling as age increases. Lastly, we proposed a transcriptional signature related to the induction (YBX1) or repression (MAPK14, YWAH, ERBB2) of the commitment of myogenic progenitors into the adipogenic lineage. The relationships between the abundance of the identified mRNA and marbling values remain to be analyzed in a marbling biomarkers discovery perspectives. |
| وصف الملف: | application/pdf |
| تدمد: | 1531-2267 1094-8341 |
| الوصول الحر: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::d3b0b26a540554a36901d43e3ab75f26Test https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00020.2020Test |
| حقوق: | OPEN |
| رقم الانضمام: | edsair.doi.dedup.....d3b0b26a540554a36901d43e3ab75f26 |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 15312267 10948341 |
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