Antecedentes: Tanto la sobreinfección bacteriana como la neumonía asociada a la ventilación (NAV) son eventos frecuentes en los cuidados críticos. Durante la pandemia de COVID-19, las prácticas diagnósticas habituales, como el lavado broncoalveolar y el aspirado traqueal, están limitadas debido al alto riesgo de exposición que conllevan para el operador. Con el fin de poner el foco principal en la protección del personal sanitario, se desarrolla y utiliza una técnica de aspiración traqueal modificada (M-TA) para la adquisición de muestras microbiológicas del tracto respiratorio inferior con un dispositivo de aspiración cerrado. Métodos: Se realiza un estudio observacional retrospectivo para evaluar la eficacia de la M-TA. Resultados: Se analizaron un total de 33 muestras de M-TA. En el 66,6% de los casos, los resultados condujeron a un cambio en la toma de decisiones médicas. Se alcanzó una precisión del 100% en el diagnóstico de COVID-19 y una tasa de crecimiento bacteriano del 56% en las cultivas en las que se sospechó de VAP. Ningún personal sanitario desarrolló síntomas ni dio positivo a COVID-19 durante o después de la recogida de muestras. Conclusiones: La técnica de M-TA presentada podría considerarse como un procedimiento seguro y eficaz con bajo porcentaje de complicaciones.