المؤلفون: Sanai, N., Tien, A-C., Tovmasyan, A., Chang, Y-W., Margaryan, T., Hendrickson, K., Eschbacher, J., Yoo, W., Harmon, J., Quarles, C., Alhilali, L., Barani, I., Mehta, S.N., Mirzadeh, Z.

المصدر: Annals of Oncology ; volume 32, page S518-S519 ; ISSN 0923-7534

مصطلحات موضوعية: Oncology, Hematology

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.annonc.2021.08.011
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0923753421022250?httpAccept=text/xmlTest
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0923753421022250?httpAccept=text/plainTest

المؤلفون: Hoxworth, J. M., Eschbacher, J. M., Gonzales, A. C., Singleton, K. W., Leon, G. D., Smith, K. A., Stokes, A. M., Zhou, Y., Mazza, G. L., Porter, A. B., Mrugala, M. M., Zimmerman, R. S., Bendok, B. R., Patra, D. P., Krishna, C., Boxerman, J. L., Baxter, L. C., Swanson, K. R., Quarles, C. C., Schmainda, K. M., Hu, L. S.

المصدر: Translational Neuroscience

الوصف: BACKGROUND AND PURPOSE: Perfusion MR imaging measures of relative CBV can distinguish recurrent tumor from posttreatment radiation effects in high-grade gliomas. Currently, relative CBV measurement requires normalization based on user-defined reference tissues. A recently proposed method of relative CBV standardization eliminates the need for user input. This study compares the predictive performance of relative CBV standardization against relative CBV normalization for quantifying recurrent tumor burden in high-grade gliomas relative to posttreatment radiation effects. MATERIALS AND METHODS: We recruited 38 previously treated patients with high-grade gliomas (World Health Organization grades III or IV) undergoing surgical re-resection for new contrast-enhancing lesions concerning for recurrent tumor versus posttreatment radiation effects. We recovered 112 image-localized biopsies and quantified the percentage of histologic tumor content versus posttreatment radiation effects for each sample. We measured spatially matched normalized and standardized relative CBV metrics (mean, median) and fractional tumor burden for each biopsy. We compared relative CBV performance to predict tumor content, including the Pearson correlation (r), against histologic tumor content (0%-100%) and the receiver operating characteristic area under the curve for predicting high-versus-low tumor content using binary histologic cutoffs (≥50%; ≥80% tumor). RESULTS: Across relative CBV metrics, fractional tumor burden showed the highest correlations with tumor content (0%-100%) for normalized (r=0.63, P<.001) and standardized (r = 0.66, P<.001) values. With binary cutoffs (ie, ≥50%; ≥80% tumor), predictive accuracies were similar for both standardized and normalized metrics and across relative CBV metrics. Median relative CBV achieved the highest area under the curve (normalized = 0.87, standardized = 0.86) for predicting ≥50% tumor, while fractional tumor burden achieved the highest area under the curve (normalized = 0.77, ...

العلاقة: https://scholar.barrowneuro.org/neurobiology/1195Test; https://doi.org/10.3174/AJNR.A6486Test

الإتاحة: https://doi.org/10.3174/AJNR.A6486Test
https://scholar.barrowneuro.org/neurobiology/1195Test

المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Mokrab Y., Newman A. M., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. S., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Serody J. S., Demicco E. G., Disis M. L., Vincent B. G.

المساهمون: Thorsson, V., Gibbs, D. L., Brown, S. D., Wolf, D., Bortone, D. S., Ou Yang, T. -H., Porta-Pardo, E., Gao, G. F., Plaisier, C. L., Eddy, J. A., Ziv, E., Culhane, A. C., Paull, E. O., Sivakumar, I. K. A., Gentles, A. J., Malhotra, R., Farshidfar, F., Colaprico, A., Parker, J. S., Mose, L. E., Vo, N. S., Liu, J., Liu, Y., Rader, J., Dhankani, V., Reynolds, S. M., Bowlby, R., Califano, A., Cherniack, A. D., Anastassiou, D., Bedognetti, D., Mokrab, Y., Newman, A. M., Rao, A., Chen, K., Krasnitz, A., Hu, H., Malta, T. M., Noushmehr, H., Pedamallu, C. S., Bullman, S., Ojesina, A. I., Lamb, A., Zhou, W., Shen, H., Choueiri, T. K., Weinstein, J. N., Guinney, J., Saltz, J., Holt, R. A., Rabkin, C. S., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S.

مصطلحات موضوعية: immune, cancer, methods

الوصف: (Immunity 48, 812–830.e1–e14; April 17, 2018) In the originally published version of this article, the authors neglected to include Younes Mokrab and Aaron M. Newman as co-authors and misspelled the names of authors Charles S. Rabkin and Ilya Shmulevich. The author names have been corrected here and online. In addition, the concluding sentence of the subsection “Immune Signature Compilation” in the Method Details in the original published article was deemed unclear because it did not specify differences among the gene set scoring methods. The concluding sentences now reads “Gene sets from Bindea et al., Senbabaoglu et al., and the MSigDB C7 collection were scored using single-sample gene set enrichment (ssGSEA) analysis (Barbie et al., 2009), as implemented in the GSVA R package (Hänzelmann et al., 2013). All other signatures were scored using methods found in the associated citations.”

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/31433971; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000482088500021; volume:51; issue:2; firstpage:411; lastpage:412; numberofpages:2; journal:IMMUNITY; http://hdl.handle.net/11573/1347368Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85070213901

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.immuni.2019.08.004
http://hdl.handle.net/11573/1347368Test

المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Mokrab Y., Newman A. M., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. S., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Serody J. S., Demicco E. G., Disis M. L., Vincent B. G.

المساهمون: V. Thorsson, D.L. Gibb, S.D. Brown, D. Wolf, D.S. Bortone, T.-. Ou Yang, E. Porta-Pardo, G.F. Gao, C.L. Plaisier, J.A. Eddy, E. Ziv, A.C. Culhane, E.O. Paull, I.K.A. Sivakumar, A.J. Gentle, R. Malhotra, F. Farshidfar, A. Colaprico, J.S. Parker, L.E. Mose, V. N. S., J. Liu, Y. Liu, J. Rader, V. Dhankani, S.M. Reynold, R. Bowlby, A. Califano, A.D. Cherniack, D. Anastassiou, D. Bedognetti, Y. Mokrab, A.M. Newman, A. Rao, K. Chen, A. Krasnitz, H. Hu, T.M. Malta, H. Noushmehr, C.S. Pedamallu, S. Bullman, A.I. Ojesina, A. Lamb, W. Zhou, H. Shen, T.K. Choueiri, J.N. Weinstein, J. Guinney, J. Saltz, R.A. Holt, C.S. Rabkin, S.J. Caesar-Johnson, J.A. Demchok, I. Felau, M. Kasapi, M.L. Ferguson, C.M. Hutter, H.J. Sofia, R. Tarnuzzer, Z. Wang, L. Yang, J.C. Zenklusen, J.J. Zhang, S. Chudamani, L. Lolla, R. Naresh, T. Pihl, Q. Sun, Y. Wan, Y. Wu, J. Cho, T. Defreita, S. Frazer, N. Gehlenborg, G. Getz, D.I. Heiman, J. Kim, M.S. Lawrence, P. Lin, S. Meier, M.S. Noble, G. Saksena, D. Voet, H. Zhang, B. Bernard, N. Chambwe, T. Knijnenburg, R. Kramer, K. Leinonen, M. Miller, S. Reynold, I. Shmulevich, W. Zhang, R. Akbani, B.M. Broom, A.M. Hegde, Z. Ju, R.S. Kanchi

مصطلحات موضوعية: Settore MED/27 - Neurochirurgia

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/31433971; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000482088500021; volume:51; issue:2; firstpage:411; lastpage:412; numberofpages:2; journal:IMMUNITY; http://hdl.handle.net/2434/685448Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85070213901

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.immuni.2019.08.004
http://hdl.handle.net/2434/685448Test

المؤلفون: Hu, L. S., Yoon, H., Eschbacher, J. M., Baxter, L. C., Dueck, A. C., Nespodzany, A., Smith, K. A., Nakaji, P., Xu, Y., Wang, L., Karis, J. P., Hawkins-Daarud, A. J., Singleton, K. W., Jackson, P. R., Anderies, B. J., Bendok, B. R., Zimmerman, R. S., Quarles, C., Porter-Umphrey, A. B., Mrugala, M. M., Sharma, A., Hoxworth, J. M., Sattur, M. G., Sanai, N., Koulemberis, P. E., Krishna, C., Mitchell, J. R., Wu, T., Tran, N. L., Swanson, K. R., Li, J.

المصدر: Translational Neuroscience

الوصف: BACKGROUND AND PURPOSE: MR imaging–based modeling of tumor cell density can substantially improve targeted treatment of glioblastoma. Unfortunately, interpatient variability limits the predictive ability of many modeling approaches. We present a transfer learning method that generates individualized patient models, grounded in the wealth of population data, while also detecting and adjusting for interpatient variabilities based on each patient’s own histologic data. MATERIALS AND METHODS: We recruited patients with primary glioblastoma undergoing image-guided biopsies and preoperative imaging, including contrast-enhanced MR imaging, dynamic susceptibility contrast MR imaging, and diffusion tensor imaging. We calculated relative cerebral blood volume from DSC-MR imaging and mean diffusivity and fractional anisotropy from DTI. Following image coregistration, we assessed tumor cell density for each biopsy and identified corresponding localized MR imaging measurements. We then explored a range of univariate and multivariate predictive models of tumor cell density based on MR imaging measurements in a generalized one-model-fits-all approach. We then implemented both univariate and multivariate individualized transfer learning predictive models, which harness the available population-level data but allow individual variability in their predictions. Finally, we compared Pearson correlation coefficients and mean absolute error between the individualized transfer learning and generalized one-model-fits-all models. RESULTS: Tumor cell density significantly correlated with relative CBV (r 0.33, P .001), and T1-weighted postcontrast (r 0.36, P .001) on univariate analysis after correcting for multiple comparisons. With single-variable modeling (using relative CBV), transfer learning increased predictive performance (r 0.53, mean absolute error 15.19%) compared with one-model-fits-all (r 0.27, mean absolute error 17.79%). With multivariate modeling, transfer learning further improved performance (r 0.88, mean absolute ...

العلاقة: https://scholar.barrowneuro.org/neurobiology/347Test

الإتاحة: https://doi.org/10.3174/ajnr.A5981Test
https://scholar.barrowneuro.org/neurobiology/347Test

المؤلفون: Wang Y., Xu X., Maglic D., Dill M. T., Mojumdar K., Ng P. K. -S., Jeong K. J., Tsang Y. H., Moreno D., Bhavana V. H., Peng X., Ge Z., Chen H., Li J., Chen Z., Zhang H., Han L., Du D., Creighton C. J., Mills G. B., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Ling S., Liu W., Lu Y., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Camargo F., Liang H.

المساهمون: Y. Wang, X. Xu, D. Maglic, M.T. Dill, K. Mojumdar, N. P. K. -S., K.J. Jeong, Y.H. Tsang, D. Moreno, V.H. Bhavana, X. Peng, Z. Ge, H. Chen, J. Li, Z. Chen, H. Zhang, L. Han, D. Du, C.J. Creighton, G.B. Mill, S.J. Caesar-Johnson, J.A. Demchok, I. Felau, M. Kasapi, M.L. Ferguson, C.M. Hutter, H.J. Sofia, R. Tarnuzzer, Z. Wang, L. Yang, J.C. Zenklusen, J.J. Zhang, S. Chudamani, J. Liu, L. Lolla, R. Naresh, T. Pihl, Q. Sun, Y. Wan, Y. Wu, J. Cho, T. Defreita, S. Frazer, N. Gehlenborg, G. Getz, D.I. Heiman, J. Kim, M.S. Lawrence, P. Lin, S. Meier, M.S. Noble, G. Saksena, D. Voet, B. Bernard, N. Chambwe, V. Dhankani, T. Knijnenburg, R. Kramer, K. Leinonen, Y. Liu, M. Miller, S. Reynold, I. Shmulevich, V. Thorsson, W. Zhang, R. Akbani, B.M. Broom, A.M. Hegde, Z. Ju, R.S. Kanchi, A. Korkut, S. Ling, W. Liu, Y. Lu, N. K. -S., A. Rao, M. Ryan, J. Wang, J.N. Weinstein, J. Zhang, A. Abeshouse, J. Armenia, D. Chakravarty, W.K. Chatila, I. de Bruijn, J. Gao, B.E. Gro, Z.J. Hein, R. Kundra, K. La, M. Ladanyi, A. Luna, M.G. Nissan, A. Ochoa, S.M. Phillip, E. Reznik, F. Sanchez-Vega, C. Sander

مصطلحات موضوعية: driver mutation, miRNA regulation, pan-cancer analysi, pathway activity, prognostic power, TAZ, TCGA, tumor subtype, YAP, Base Sequence, Cell Line, Tumor, Gene Expression Regulation, Neoplastic, Human, MicroRNA, Models, Biological, Mutation, Neoplasm, Prognosi, Protein-Serine-Threonine Kinase, Signal Transduction, Settore MED/27 - Neurochirurgia

الوصف: Hippo signaling has been recognized as a key tumor suppressor pathway. Here, we perform a comprehensive molecular characterization of 19 Hippo core genes in 9,125 tumor samples across 33 cancer types using multidimensional “omic” data from The Cancer Genome Atlas. We identify somatic drivers among Hippo genes and the related microRNA (miRNA) regulators, and using functional genomic approaches, we experimentally characterize YAP and TAZ mutation effects and miR-590 and miR-200a regulation for TAZ. Hippo pathway activity is best characterized by a YAP/TAZ transcriptional target signature of 22 genes, which shows robust prognostic power across cancer types. Our elastic-net integrated modeling further reveals cancer-type-specific pathway regulators and associated cancer drivers. Our results highlight the importance of Hippo signaling in squamous cell cancers, characterized by frequent amplification of YAP/TAZ, high expression heterogeneity, and significant prognostic patterns. This study represents a systems-biology approach to characterizing key cancer signaling pathways in the post-genomic era. Wang et al. perform a comprehensive analysis of 19 Hippo core genes across 33 cancer types using multidimensional “omic” data from The Cancer Genome Atlas. They characterize Hippo pathway activity by a YAP/TAZ transcriptional target signature of 22 genes and highlight the importance of Hippo signaling in squamous cell cancers.

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/30380420; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000448675900018; volume:25; issue:5; firstpage:1304; lastpage:1317.e5; numberofpages:14; journal:CELL REPORTS; https://hdl.handle.net/2434/997228Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85055628471

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.celrep.2018.10.001
https://hdl.handle.net/2434/997228Test

المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. E., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Serody J. S., Demicco E. G., Disis M. L., Vincent B. G., Shmulevich L.

المساهمون: Thorsson, V., Gibbs, D. L., Brown, S. D., Wolf, D., Bortone, D. S., Ou Yang, T. -H., Porta-Pardo, E., Gao, G. F., Plaisier, C. L., Eddy, J. A., Ziv, E., Culhane, A. C., Paull, E. O., Sivakumar, I. K. A., Gentles, A. J., Malhotra, R., Farshidfar, F., Colaprico, A., Parker, J. S., Mose, L. E., Vo, N. S., Liu, J., Liu, Y., Rader, J., Dhankani, V., Reynolds, S. M., Bowlby, R., Califano, A., Cherniack, A. D., Anastassiou, D., Bedognetti, D., Rao, A., Chen, K., Krasnitz, A., Hu, H., Malta, T. M., Noushmehr, H., Pedamallu, C. S., Bullman, S., Ojesina, A. I., Lamb, A., Zhou, W., Shen, H., Choueiri, T. K., Weinstein, J. N., Guinney, J., Saltz, J., Holt, R. A., Rabkin, C. E., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S.

مصطلحات موضوعية: cancer genomic, immune subtype, immuno-oncology, immunomodulatory, immunotherapy, integrative network analysi, tumor immunology, tumor microenvironment

الوصف: We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant—characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. present immunogenomics analyses of more than 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.

وصف الملف: ELETTRONICO

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29628290; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000430198900025; volume:48; issue:4; firstpage:812; lastpage:830; numberofpages:19; journal:IMMUNITY; http://hdl.handle.net/11392/2437483Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044934017; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761318301213Test; https://pdf.sciencedirectassets.com/272197/1-s2.0-S1074761317X00083/1-s2.0-S1074761318301213/am.pdf?X-Amz-Security-Token=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&X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Date=20220126T131914Z&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Credential=ASIAQ3PHCVTYVWQAE6RH/20220126/us-east-1/s3/aws4_request&X-Amz-Signature=dc536426255526d6b4c0940a67454eb3315827d25fdeb62a829177e4f1b63539&hash=14842d60b8680f215bb79a35f1b6fd2fcf03df6c3a03b8345d74177800ecb9e8&host=68042c943591013ac2b2430a89b270f6af2c76d8dfd086a07176afe7c76c2c61&pii=S1074761318301213&tid=pdf-f45cb1e4-938b-4fad-b045-efa8cb85a68e&sid=5d8206877f51f14d3c8a99b7216b3e16bb9dgxrqb&type=client

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.immuni.2018.03.023
http://hdl.handle.net/11392/2437483Test
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761318301213Test
https://pdf.sciencedirectassets.com/272197/1-s2.0-S1074761317X00083/1-s2.0-S1074761318301213/am.pdf?X-Amz-Security-Token=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&X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Date=20220126T131914Z&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Credential=ASIAQ3PHCVTYVWQAE6RH/20220126/us-east-1/s3/aws4_request&X-Amz-Signature=dc536426255526d6b4c0940a67454eb3315827d25fdeb62a829177e4f1b63539&hash=14842d60b8680f215bb79a35f1b6fd2fcf03df6c3a03b8345d74177800ecb9e8&host=68042c943591013ac2b2430a89b270f6af2c76d8dfd086a07176afe7c76c2c61&pii=S1074761318301213&tid=pdf-f45cb1e4-938b-4fad-b045-efa8cb85a68e&sid=5d8206877f51f14d3c8a99b7216b3e16bb9dgxrqb&type=client

المؤلفون: Huang K. -L., Mashl R. J., Wu Y., Ritter D. I., Wang J., Oh C., Paczkowska M., Reynolds S., Wyczalkowski M. A., Oak N., Scott A. D., Krassowski M., Cherniack A. D., Houlahan K. E., Jayasinghe R., Wang L. -B., Zhou D. C., Liu D., Cao S., Kim Y. W., Koire A., McMichael J. F., Hucthagowder V., Kim T. -B., Hahn A., Wang C., McLellan M. D., Al-Mulla F., Johnson K. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Lichtarge O., Boutros P. C., Raphael B., Wendl M. C., Jain S., Wheeler D., Kulkarni S., Dipersio J. F., Reimand J., Chen K., Plon S. E., Chen F.

المساهمون: Huang, K. -L., Mashl, R. J., Wu, Y., Ritter, D. I., Wang, J., Oh, C., Paczkowska, M., Reynolds, S., Wyczalkowski, M. A., Oak, N., Scott, A. D., Krassowski, M., Cherniack, A. D., Houlahan, K. E., Jayasinghe, R., Wang, L. -B., Zhou, D. C., Liu, D., Cao, S., Kim, Y. W., Koire, A., Mcmichael, J. F., Hucthagowder, V., Kim, T. -B., Hahn, A., Wang, C., Mclellan, M. D., Al-Mulla, F., Johnson, K. J., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E.

مصطلحات موضوعية: cancer predisposition, germline and somatic genome, LOH, variant pathogenicity

الوصف: We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer. A pan-cancer analysis identifies hundreds of predisposing germline variants.

وصف الملف: ELETTRONICO

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29625052; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000429320200011; volume:173; issue:2; firstpage:355; lastpage:370; numberofpages:16; journal:CELL; http://hdl.handle.net/11392/2437481Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044578706; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418303635Test; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5949147/pdf/nihms957308.pdfTest

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.039
http://hdl.handle.net/11392/2437481Test
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418303635Test
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5949147/pdf/nihms957308.pdfTest

المؤلفون: Ding L., Bailey M. H., Porta-Pardo E., Thorsson V., Colaprico A., Bertrand D., Gibbs D. L., Weerasinghe A., Huang K. -L., Tokheim C., Cortes-Ciriano I., Jayasinghe R., Chen F., Yu L., Sun S., Olsen C., Kim J., Taylor A. M., Cherniack A. D., Akbani R., Suphavilai C., Nagarajan N., Stuart J. M., Mills G. B., Wyczalkowski M. A., Vincent B. G., Hutter C. M., Zenklusen J. C., Hoadley K. A., Wendl M. C., Shmulevich L., Lazar A. J., Wheeler D. A., Getz G., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Heiman D. I., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A.

المساهمون: Ding, L., Bailey, M. H., Porta-Pardo, E., Thorsson, V., Colaprico, A., Bertrand, D., Gibbs, D. L., Weerasinghe, A., Huang, K. -L., Tokheim, C., Cortes-Ciriano, I., Jayasinghe, R., Chen, F., Yu, L., Sun, S., Olsen, C., Kim, J., Taylor, A. M., Cherniack, A. D., Akbani, R., Suphavilai, C., Nagarajan, N., Stuart, J. M., Mills, G. B., Wyczalkowski, M. A., Vincent, B. G., Hutter, C. M., Zenklusen, J. C., Hoadley, K. A., Wendl, M. C., Shmulevich, L., Lazar, A. J., Wheeler, D. A., Getz, G., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Heiman, D. I., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Zhang, W., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R.

مصطلحات موضوعية: cancer, cancer genomic, omic, oncogenic proce, TCGA

الوصف: The Cancer Genome Atlas (TCGA) has catalyzed systematic characterization of diverse genomic alterations underlying human cancers. At this historic junction marking the completion of genomic characterization of over 11,000 tumors from 33 cancer types, we present our current understanding of the molecular processes governing oncogenesis. We illustrate our insights into cancer through synthesis of the findings of the TCGA PanCancer Atlas project on three facets of oncogenesis: (1) somatic driver mutations, germline pathogenic variants, and their interactions in the tumor; (2) the influence of the tumor genome and epigenome on transcriptome and proteome; and (3) the relationship between tumor and the microenvironment, including implications for drugs targeting driver events and immunotherapies. These results will anchor future characterization of rare and common tumor types, primary and relapsed tumors, and cancers across ancestry groups and will guide the deployment of clinical genomic sequencing. A synthesized view on oncogenic processes based on PanCancer Atlas analyses highlights the complex impact of genome alterations on the signaling and multi-omic profiles of human cancers as well as their influence on tumor microenvironment.

وصف الملف: ELETTRONICO

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29625049; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000429320200008; volume:173; issue:2; firstpage:305; lastpage:320; numberofpages:16; journal:CELL; http://hdl.handle.net/11392/2437469Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044744316; http://www.cell.com/article/S0092867418303131/pdfTest; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418303131Test

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.033
http://hdl.handle.net/11392/2437469Test
http://www.cell.com/article/S0092867418303131/pdfTest
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418303131Test

المؤلفون: Sanchez-Vega F., Mina M., Armenia J., Chatila W. K., Luna A., La K. C., Dimitriadoy S., Liu D. L., Kantheti H. S., Saghafinia S., Chakravarty D., Daian F., Gao Q., Bailey M. H., Liang W. -W., Foltz S. M., Shmulevich I., Ding L., Heins Z., Ochoa A., Gross B., Gao J., Zhang H., Kundra R., Kandoth C., Bahceci I., Dervishi L., Dogrusoz U., Zhou W., Shen H., Laird P. W., Way G. P., Greene C. S., Liang H., Xiao Y., Wang C., Iavarone A., Berger A. H., Bivona T. G., Lazar A. J., Hammer G. D., Giordano T., Kwong L. N., McArthur G., Huang C., Tward A. D., Frederick M. J., McCormick F., Meyerson M., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. 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المساهمون: Sanchez-Vega, F., Mina, M., Armenia, J., Chatila, W. K., Luna, A., La, K. C., Dimitriadoy, S., Liu, D. L., Kantheti, H. S., Saghafinia, S., Chakravarty, D., Daian, F., Gao, Q., Bailey, M. H., Liang, W. -W., Foltz, S. M., Shmulevich, I., Ding, L., Heins, Z., Ochoa, A., Gross, B., Gao, J., Zhang, H., Kundra, R., Kandoth, C., Bahceci, I., Dervishi, L., Dogrusoz, U., Zhou, W., Shen, H., Laird, P. W., Way, G. P., Greene, C. S., Liang, H., Xiao, Y., Wang, C., Iavarone, A., Berger, A. H., Bivona, T. G., Lazar, A. J., Hammer, G. D., Giordano, T., Kwong, L. N., Mcarthur, G., Huang, C., Tward, A. D., Frederick, M. J., Mccormick, F., Meyerson, M., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S.

مصطلحات موضوعية: cancer genome atla, cancer genomic, combination therapy, pan-cancer, PanCanAtla, precision oncology, signaling pathway, TCGA, therapeutic, whole exome sequencing

الوصف: Genetic alterations in signaling pathways that control cell-cycle progression, apoptosis, and cell growth are common hallmarks of cancer, but the extent, mechanisms, and co-occurrence of alterations in these pathways differ between individual tumors and tumor types. Using mutations, copy-number changes, mRNA expression, gene fusions and DNA methylation in 9,125 tumors profiled by The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyzed the mechanisms and patterns of somatic alterations in ten canonical pathways: cell cycle, Hippo, Myc, Notch, Nrf2, PI-3-Kinase/Akt, RTK-RAS, TGFβ signaling, p53 and β-catenin/Wnt. We charted the detailed landscape of pathway alterations in 33 cancer types, stratified into 64 subtypes, and identified patterns of co-occurrence and mutual exclusivity. Eighty-nine percent of tumors had at least one driver alteration in these pathways, and 57% percent of tumors had at least one alteration potentially targetable by currently available drugs. Thirty percent of tumors had multiple targetable alterations, indicating opportunities for combination therapy. An integrated analysis of genetic alterations in 10 signaling pathways in >9,000 tumors profiled by TCGA highlights significant representation of individual and co-occurring actionable alterations in these pathways, suggesting opportunities for targeted and combination therapies.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.035
http://hdl.handle.net/11392/2437439Test
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