المؤلفون: Malta T. M., Sokolov A., Gentles A. J., Burzykowski T., Poisson L., Weinstein J. N., Kaminska B., Huelsken J., Omberg L., Gevaert O., Colaprico A., Czerwinska P., Mazurek S., Mishra L., Heyn H., Krasnitz A., Godwin A. K., Lazar A. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A.

المساهمون: Malta, T. M., Sokolov, A., Gentles, A. J., Burzykowski, T., Poisson, L., Weinstein, J. N., Kaminska, B., Huelsken, J., Omberg, L., Gevaert, O., Colaprico, A., Czerwinska, P., Mazurek, S., Mishra, L., Heyn, H., Krasnitz, A., Godwin, A. K., Lazar, A. J., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A., Nissan, M. G., Ochoa, A., Phillips, S. M., Reznik, E., Sanchez-Vega, F., Sander, C.

مصطلحات موضوعية: cancer stem cell, dedifferentiation, epigenomic, genomic, machine learning, pan-cancer, stemne, The Cancer Genome Atlas

الوصف: Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.034
http://hdl.handle.net/11392/2437164Test
https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S0092-8674Test(18)30358-1
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674Test(18)30358-1?_returnURL=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867418303581?showall=trueTest

المؤلفون: Liu Y., Sethi N. S., Hinoue T., Schneider B. G., Cherniack A. D., Sanchez-Vega F., Seoane J. A., Farshidfar F., Bowlby R., Islam M., Kim J., Chatila W., Akbani R., Kanchi R. S., Rabkin C. S., Willis J. E., Wang K. K., McCall S. J., Mishra L., Ojesina A. I., Bullman S., Pedamallu C. S., Lazar A. J., Sakai R., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Bass A. J.

المساهمون: Liu, Y., Sethi, N. S., Hinoue, T., Schneider, B. G., Cherniack, A. D., Sanchez-Vega, F., Seoane, J. A., Farshidfar, F., Bowlby, R., Islam, M., Kim, J., Chatila, W., Akbani, R., Kanchi, R. S., Rabkin, C. S., Willis, J. E., Wang, K. K., Mccall, S. J., Mishra, L., Ojesina, A. I., Bullman, S., Pedamallu, C. S., Lazar, A. J., Sakai, R., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A.

مصطلحات موضوعية: cancer, colon, colorectal, epigenetic, esophagu, genomic, methylation, rectum, stomach, tumor

الوصف: We analyzed 921 adenocarcinomas of the esophagus, stomach, colon, and rectum to examine shared and distinguishing molecular characteristics of gastrointestinal tract adenocarcinomas (GIACs). Hypermutated tumors were distinct regardless of cancer type and comprised those enriched for insertions/deletions, representing microsatellite instability cases with epigenetic silencing of MLH1 in the context of CpG island methylator phenotype, plus tumors with elevated single-nucleotide variants associated with mutations in POLE. Tumors with chromosomal instability were diverse, with gastroesophageal adenocarcinomas harboring fragmented genomes associated with genomic doubling and distinct mutational signatures. We identified a group of tumors in the colon and rectum lacking hypermutation and aneuploidy termed genome stable and enriched in DNA hypermethylation and mutations in KRAS, SOX9, and PCBP1. Liu et al. analyze 921 gastrointestinal (GI) tract adenocarcinomas and find that hypermutated tumors are enriched for insertions/deletions, upper GI tumors with chromosomal instability harbor fragmented genomes, and a group of genome-stable colorectal tumors are enriched in mutations in SOX9 and PCBP1.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.ccell.2018.03.010
http://hdl.handle.net/11392/2437491Test
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المؤلفون: Liu Y., Sethi N. S., Hinoue T., Schneider B. G., Cherniack A. D., Sanchez-Vega F., Seoane J. A., Farshidfar F., Bowlby R., Islam M., Kim J., Chatila W., Akbani R., Kanchi R. S., Rabkin C. S., Willis J. E., Wang K. K., McCall S. J., Mishra L., Ojesina A. I., Bullman S., Pedamallu C. S., Lazar A. J., Sakai R., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Bass A. J.

المساهمون: Liu, Y., Sethi, N. S., Hinoue, T., Schneider, B. G., Cherniack, A. D., Sanchez-Vega, F., Seoane, J. A., Farshidfar, F., Bowlby, R., Islam, M., Kim, J., Chatila, W., Akbani, R., Kanchi, R. S., Rabkin, C. S., Willis, J. E., Wang, K. K., Mccall, S. J., Mishra, L., Ojesina, A. I., Bullman, S., Pedamallu, C. S., Lazar, A. J., Sakai, R., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A.

مصطلحات موضوعية: cancer, colon, colorectal, epigenetic, esophagu, genomic, methylation, rectum, stomach, tumor

الوصف: We analyzed 921 adenocarcinomas of the esophagus, stomach, colon, and rectum to examine shared and distinguishing molecular characteristics of gastrointestinal tract adenocarcinomas (GIACs). Hypermutated tumors were distinct regardless of cancer type and comprised those enriched for insertions/deletions, representing microsatellite instability cases with epigenetic silencing of MLH1 in the context of CpG island methylator phenotype, plus tumors with elevated single-nucleotide variants associated with mutations in POLE. Tumors with chromosomal instability were diverse, with gastroesophageal adenocarcinomas harboring fragmented genomes associated with genomic doubling and distinct mutational signatures. We identified a group of tumors in the colon and rectum lacking hypermutation and aneuploidy termed genome stable and enriched in DNA hypermethylation and mutations in KRAS, SOX9, and PCBP1. Liu et al. analyze 921 gastrointestinal (GI) tract adenocarcinomas and find that hypermutated tumors are enriched for insertions/deletions, upper GI tumors with chromosomal instability harbor fragmented genomes, and a group of genome-stable colorectal tumors are enriched in mutations in SOX9 and PCBP1.

وصف الملف: ELETTRONICO

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المؤلفون: Malta T. M., Sokolov A., Gentles A. J., Burzykowski T., Poisson L., Weinstein J. N., Kaminska B., Huelsken J., Omberg L., Gevaert O., Colaprico A., Czerwinska P., Mazurek S., Mishra L., Heyn H., Krasnitz A., Godwin A. K., Lazar A. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A.

المساهمون: Malta, T. M., Sokolov, A., Gentles, A. J., Burzykowski, T., Poisson, L., Weinstein, J. N., Kaminska, B., Huelsken, J., Omberg, L., Gevaert, O., Colaprico, A., Czerwinska, P., Mazurek, S., Mishra, L., Heyn, H., Krasnitz, A., Godwin, A. K., Lazar, A. J., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A., Nissan, M. G., Ochoa, A., Phillips, S. M., Reznik, E., Sanchez-Vega, F., Sander, C.

مصطلحات موضوعية: cancer stem cell, dedifferentiation, epigenomic, genomic, machine learning, pan-cancer, stemne, The Cancer Genome Atlas

الوصف: Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.034
http://hdl.handle.net/11392/2437164Test
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المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. E., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Serody J. S., Demicco E. G., Disis M. L., Vincent B. G., Shmulevich L.

المساهمون: Thorsson V., Gibbs D.L., Brown S.D., Wolf D., Bortone D.S., Ou Yang T.-H., Porta-Pardo E., Gao G.F., Plaisier C.L., Eddy J.A., Ziv E., Culhane A.C., Paull E.O., Sivakumar I.K.A., Gentles A.J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J.S., Mose L.E., Vo N.S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S.M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A.D., Anastassiou D., Bedognetti D., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T.M., Noushmehr H., Pedamallu C.S., Bullman S., Ojesina A.I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T.K., Weinstein J.N., Guinney J., Saltz J., Holt R.A., Rabkin C.E., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S.

مصطلحات موضوعية: cancer genomic, immune subtype, immuno-oncology, immunomodulatory, immunotherapy, integrative network analysi, tumor immunology, tumor microenvironment, Adolescent, Adult, Aged, 80 and over, Child, Female, Genomic, Human, Interferon-gamma, Macrophage, Male, Middle Aged, Prognosi, Th1-Th2 Balance, Transforming Growth Factor beta, Wound Healing, Young Adult, Neoplasms

الوصف: We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant—characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. present immunogenomics analyses of more than 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.

وصف الملف: ELETTRONICO

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29628290; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000430198900025; volume:48; issue:4; firstpage:812; lastpage:830; numberofpages:19; journal:IMMUNITY; http://hdl.handle.net/11585/743047Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044934017; https://doi.org/10.1016Test/j.immuni.2018.03.023

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.immuni.2018.03.023
http://hdl.handle.net/11585/743047Test

المؤلفون: Malta T. M., Sokolov A., Gentles A. J., Burzykowski T., Poisson L., Weinstein J. N., Kaminska B., Huelsken J., Omberg L., Gevaert O., Colaprico A., Czerwinska P., Mazurek S., Mishra L., Heyn H., Krasnitz A., Godwin A. K., Lazar A. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A.

المساهمون: Malta, T. M., Sokolov, A., Gentles, A. J., Burzykowski, T., Poisson, L., Weinstein, J. N., Kaminska, B., Huelsken, J., Omberg, L., Gevaert, O., Colaprico, A., Czerwinska, P., Mazurek, S., Mishra, L., Heyn, H., Krasnitz, A., Godwin, A. K., Lazar, A. J., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A., Nissan, M. G., Ochoa, A., Phillips, S. M., Reznik, E., Sanchez-Vega, F., Sander, C., Schultz, N.

مصطلحات موضوعية: cancer stem cell, dedifferentiation, epigenomic, genomic, machine learning, pan-cancer, stemne, The Cancer Genome Atlas

الوصف: Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29625051; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000429320200010; volume:173; issue:2; firstpage:338; journal:CELL; https://hdl.handle.net/11573/1677311Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044967234

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.034
https://hdl.handle.net/11573/1677311Test

المؤلفون: Liu Y., Sethi N. S., Hinoue T., Schneider B. G., Cherniack A. D., Sanchez-Vega F., Seoane J. A., Farshidfar F., Bowlby R., Islam M., Kim J., Chatila W., Akbani R., Kanchi R. S., Rabkin C. S., Willis J. E., Wang K. K., McCall S. J., Mishra L., Ojesina A. I., Bullman S., Pedamallu C. S., Lazar A. J., Sakai R., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Bass A. J.

المساهمون: Liu, Y., Sethi, N. S., Hinoue, T., Schneider, B. G., Cherniack, A. D., Sanchez-Vega, F., Seoane, J. A., Farshidfar, F., Bowlby, R., Islam, M., Kim, J., Chatila, W., Akbani, R., Kanchi, R. S., Rabkin, C. S., Willis, J. E., Wang, K. K., Mccall, S. J., Mishra, L., Ojesina, A. I., Bullman, S., Pedamallu, C. S., Lazar, A. J., Sakai, R., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A., Nissan, M. G.

مصطلحات موضوعية: cancer, colon, colorectal, epigenetic, esophagu, genomic, methylation, rectum, stomach, tumor

الوصف: We analyzed 921 adenocarcinomas of the esophagus, stomach, colon, and rectum to examine shared and distinguishing molecular characteristics of gastrointestinal tract adenocarcinomas (GIACs). Hypermutated tumors were distinct regardless of cancer type and comprised those enriched for insertions/deletions, representing microsatellite instability cases with epigenetic silencing of MLH1 in the context of CpG island methylator phenotype, plus tumors with elevated single-nucleotide variants associated with mutations in POLE. Tumors with chromosomal instability were diverse, with gastroesophageal adenocarcinomas harboring fragmented genomes associated with genomic doubling and distinct mutational signatures. We identified a group of tumors in the colon and rectum lacking hypermutation and aneuploidy termed genome stable and enriched in DNA hypermethylation and mutations in KRAS, SOX9, and PCBP1. Liu et al. analyze 921 gastrointestinal (GI) tract adenocarcinomas and find that hypermutated tumors are enriched for insertions/deletions, upper GI tumors with chromosomal instability harbor fragmented genomes, and a group of genome-stable colorectal tumors are enriched in mutations in SOX9 and PCBP1.

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/29622466; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000429531300016; volume:33; issue:4; firstpage:721; journal:CANCER CELL; https://hdl.handle.net/11573/1677300Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85044904369

الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.ccell.2018.03.010
https://hdl.handle.net/11573/1677300Test

المؤلفون: Malta T. M., Sokolov A., Gentles A. J., Burzykowski T., Poisson L., Weinstein J. N., Kaminska B., Huelsken J., Omberg L., Gevaert O., Colaprico A., Czerwinska P., Mazurek S., Mishra L., Heyn H., Krasnitz A., Godwin A. K., Lazar A. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A.

المساهمون: Malta T.M., Sokolov A., Gentles A.J., Burzykowski T., Poisson L., Weinstein J.N., Kaminska B., Huelsken J., Omberg L., Gevaert O., Colaprico A., Czerwinska P., Mazurek S., Mishra L., Heyn H., Krasnitz A., Godwin A.K., Lazar A.J., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C.

مصطلحات موضوعية: cancer stem cell, dedifferentiation, epigenomic, genomic, machine learning, pan-cancer, stemne, The Cancer Genome Atla, Carcinogenesi, Cell Dedifferentiation, DNA Methylation, Databases, Genetic, Epigenesis, Human, MicroRNA, Neoplasm Metastasi, Neoplasm, Stem Cell, Transcriptome, Tumor Microenvironment

الوصف: Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016Test/j.cell.2018.03.034
http://hdl.handle.net/11585/744251Test

المؤلفون: Taylor A. M., Shih J., Ha G., Gao G. F., Zhang X., Berger A. C., Schumacher S. E., Wang C., Hu H., Liu J., Lazar A. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Meyerson M., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Angulo Gonzalez A. M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. 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