رسالة جامعية
Automatická detekce intronů v genomech hub pomocí pravděpodobnostních modelů ; Automatic intron detection in fungal genomes using probabilistic models
| العنوان: | Automatická detekce intronů v genomech hub pomocí pravděpodobnostních modelů ; Automatic intron detection in fungal genomes using probabilistic models |
|---|---|
| المؤلفون: | Marek Zvara |
| المساهمون: | Kléma Jiří, Větrovský Tomáš |
| بيانات النشر: | České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum. Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre. |
| سنة النشر: | 2019 |
| المجموعة: | Czech Technical University in Prague: Digital Library / České vysoké učení technické v Praze: Digitální knihovna ČVUT |
| مصطلحات موضوعية: | intróny, huby, skryté markovské modely, genóm, DNA, introns, fungus, hidden markov models, genome |
| الوصف: | Huby sú rozmanité spoločenstvo a pri veľa druhoch doposiaľ nepoznáme ich genóm a funkcie ich génov. Detekcia intrónových oblastí môže pomôcť k vzájomnému celogenómovému porovnaniu húb a určenie ich vzájomných príbuzností. Práca sa tak zameriava na analýzu genómu húb a jeho špecifiká a vlastnosti, aby bolo možné čo najlepšie určiť úzkalia a problémy, ktorým daná detekcia bude musieť čeliť. Okrem toho sa práca venuje aktuálnym pravdepodnostným prístupom detekcie génových oblastí, rozdeleniu a porovnaniu metód rôznych pravdepodobnostných modelov a nakoniec predstavuje aj state-of-the-art nástroje ako Augustus+ a CodingQuarry, aby sme mali prehľad o najlepších možných prístupoch v danej oblasti. Vďaka tejto analýze bolo možné navrhnúť a implementovať pravdepodobnostný model, ktorý je založený na generalizovaných skrytých Markovských modeloch a za pomoci Viterbiho algoritmu pre generalizovaný skrytý Markovský model určiť najpravdepodobnejšiu sekvenciu stavov. V práci sa tak venujeme popisu návrhu a trikoch použitých pri samotnej implementácie ako napríklad urýchlenie Viterbiho algoritmu alebo rozdelenie detekcie do dvoch nadvezujúcich modelov, transkript model, ktorý slúži na označenie kódujúcich oblastí neznámeho genómu a genóm model, ktorý využíva tieto označenia a spresňuje detekciu pomocou zložitejšieho GHMM modelu. Výsledkom je teda nástroj, ktorý za pomoci vstupnej sekvencie a prípadných užívateľom špecifikovaných napovedajúcich anotácii dokáže detekovať jednotlivé génove úseky DNA sekvencie, ako promoter, exón, intrón, stop kodón a UTR oblasti. Výsledkom sú práve anotácie tejto detekcie a prípadná voliteľná vizualizácia v podobe HTML výstupu. Práca sa venuje zovšeobecňovaniu daných modelov za použitia taxonómie húb. Porovnáva presnosti detekcie intrónových oblastí v rámci jednotlivých taxómov húb. Nástroj tak dokáže naučiť všeobecnejšie modely v rámci definovaného taxómu. V práci daný model podrobujeme veľkému množstvu rôznych experimentov, snažíme sa tak nájsť vhodné hyperparametre modelu a prebádať ako ... |
| نوع الوثيقة: | master thesis |
| اللغة: | unknown |
| العلاقة: | KOS-882639922705; http://hdl.handle.net/10467/83356Test |
| الإتاحة: | http://hdl.handle.net/10467/83356Test |
| حقوق: | A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdfTest and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlTest. ; Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdfTest a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlTest. |
| رقم الانضمام: | edsbas.27CE398 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |