رسالة جامعية
Länsi-Afrikassa eristettyjen monilääkeresistenttien Enterobacteriaceae-bakteerien kokogenomisekvensointi
| العنوان: | Länsi-Afrikassa eristettyjen monilääkeresistenttien Enterobacteriaceae-bakteerien kokogenomisekvensointi |
|---|---|
| المؤلفون: | Markkanen, Melina |
| المساهمون: | Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten |
| بيانات النشر: | Helsingin yliopisto University of Helsinki Helsingfors universitet |
| سنة النشر: | 2020 |
| المجموعة: | Helsingfors Universitet: HELDA – Helsingin yliopiston digitaalinen arkisto |
| مصطلحات موضوعية: | antibioottiresistenssi, Enterobacteriaceae, K. pneumoniae, E coli, Länsi-Afrikka, kokogenomisekvensointi, isolaatti, virulenssi, antibiotic resistance, West Africa, virulence, whole genome sequencing, yleinen mikrobiologia, General Microbiology, allmän mikrobiologi |
| الوصف: | Antibioottiresistenssin lisääntymisen myötä yhä useampi kliinisesti merkittävä antibiootti on, ja tulee tulevaisuudessa menettämään tehonsa erilaisten bakteeri-infektioiden hoidossa, mikä tarkoittaa nykyaikaiseen lääketieteeseen johtaneiden saavutusten menettämistä. Globaalissa mittakaavassa yksi merkittävimmistä tietoaukoista mitä tulee resistenttien bakteerien esiintyvyyteen sijoittuvat Länsi-Afrikkaan. Kolmannen sukupolven kefalosporiineille ja karbapeneemeille vastustuskykyiset Klebsiella pneumoniae- ja Escherichia coli -kannat voivat aiheuttaa infektioita, joiden hoitoon käytettävissä olevien antibioottien teho ja valikoima on suppea tai olematon. Enterobakteerien vastustuskyky näille antibiooteille on pääosin hajottavien entsyymien kuten laajakirjoisesti beetalaktaameja hydrolysoivien ESBL-entsyymien (engl. extended-spectrum beta-lactamases, ESBL) tuoton seurausta. Tässä Pro gradu -työssä tarkoituksena oli selvittää näitä entsyymejä koodaavien geenien sekä muiden antibioottiresistenssigeenien esiintymistä Burkina Fasossa ja Malissa ihmisuloste- ja jätevesinäytteistä eristetyissä K. pneumoniae- ja E. coli -isolaateissa. Kolme enterobakteeri-isolaattia valittiin kokogenomisekvensoitavaksi näille tehtyjen kiekkoherkkyysmääritystestien mukaisten fenotyyppisten resistenssiprofiilien perusteella. Lukusekvenssit koottiin hahmotelmagenomeiksi ja genomeista tutkittiin isolaattien kantamia antibioottiresistenssigeenejä ja virulenssigeenejä sekä näiden yhteyksiä liikkuviin geneettisiin elementteihin. Lisäksi pangenomi muodostettiin, jotta K. pneumoniae -lajille tyypillisiä piirteitä ja niiden mahdollista roolia korkean tason antibioottiresistenssiä selittävänä tekijänä voitiin arvioida. Pangenomi käsitti kaksi tässä työssä sekvensoitua sekä 12 julkisesta tietokannasta peräisin olevaa genomia. 16 kuukauden ikäinen lapsi Burkina Fasossa osoittautui kahden eri monilääkeresistentin ja ESBL-positiivisen – yhden K. pneumoniae- ja yhden E. coli -kannan – suolistokantajaksi. Näistä K. pneumoniae -kannan (isolaatti Burkina_1) ... |
| نوع الوثيقة: | master thesis |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Finnish |
| العلاقة: | URN:NBN:fi:hulib-202004011707; http://hdl.handle.net/10138/314039Test |
| الإتاحة: | http://hdl.handle.net/10138/314039Test |
| رقم الانضمام: | edsbas.C8F8A83 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |