المؤلفون: Roaldsen, MB, Eltoft, A, Wilsgaard, T, Christensen, H, Engelter, ST, Indredavik, B, Jatužis, D, Karelis, G, Kõrv, J, Lundström, E, Petersson, J, Putaala, J, Søyland, MH, Tveiten, A, Bivard, A, Johnsen, SH, Mazya, MV, Werring, DJ, Wu, TY, De Marchis, GM, Robinson, TG, Mathiesen, EB, Parson, M, Valente, M, Chen, A, Sharobeam, A, Edwards, L, Blair, C, Christensen, L, Ægidius, K, Pihl, T, Fassel-Larsen, C, Wassvik, L, Folke, M, Rosenbaum, S, Gharehbagh, SS, Hansen, A, Preisler, N, Antsov, K, Mallene, S, Lill, M, Herodes, M, Vibo, R, Rakitin, A, Saarinen, J, Tiainen, M, Tumpula, O, Noppari, T, Raty, S, Sibolt, G, Nieminen, J, Niederhauser, J, Haritoncenko, I, Puustinen, J, Haula, TM, Sipilä, J, Viesulaite, B, Taroza, S, Rastenyte, D, Matijosaitis, V, Vilionskis, A, Masiliunas, R, Ekkert, A, Chmeliauskas, P, Lukosaitis, V, Reichenbach, A, Moss, TT, Nilsen, HY, Hammer-Berntzen, R, Nordby, LM, Weiby, TA, Nordengen, K, Ihle-Hansen, H, Stankiewiecz, M, Grotle, O, Nes, M, Thiemann, K, Særvold, IM, Fraas, M, Størdahl, S, Horn, JW, Hildrum, H, Myrstad, C, Tobro, H, Tunvold, JA, Jacobsen, O, Aamodt, N, Baisa, H, Malmberg, VN, Rohweder, G, Ellekjær, H, Ildstad, F, Egstad, E, Helleberg, BH, Berg, HH, Jørgensen, J, Tronvik, E, Shirzadi, M, Solhoff, R, Van Lessen, R

المصدر: The Lancet Neurology , 22 (2) pp. 117-126. (2023)

مصطلحات موضوعية: Science & Technology, Life Sciences & Biomedicine, Clinical Neurology, Neurosciences & Neurology, ACUTE ISCHEMIC-STROKE, TISSUE-PLASMINOGEN ACTIVATOR, ALTEPLASE, ONSET, THROMBOLYSIS, METAANALYSIS, TIME

الوصف: Background: Current evidence supports the use of intravenous thrombolysis with alteplase in patients with wake-up stroke selected with MRI or perfusion imaging and is recommended in clinical guidelines. However, access to advanced imaging techniques is often scarce. We aimed to determine whether thrombolytic treatment with intravenous tenecteplase given within 4·5 h of awakening improves functional outcome in patients with ischaemic wake-up stroke selected using non-contrast CT. Methods: TWIST was an investigator-initiated, multicentre, open-label, randomised controlled trial with blinded endpoint assessment, conducted at 77 hospitals in ten countries. We included patients aged 18 years or older with acute ischaemic stroke symptoms upon awakening, limb weakness, a National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) score of 3 or higher or aphasia, a non-contrast CT examination of the head, and the ability to receive tenecteplase within 4·5 h of awakening. Patients were randomly assigned (1:1) to either a single intravenous bolus of tenecteplase 0·25 mg per kg of bodyweight (maximum 25 mg) or control (no thrombolysis) using a central, web-based, computer-generated randomisation schedule. Trained research personnel, who conducted telephone interviews at 90 days (follow-up), were masked to treatment allocation. Clinical assessments were performed on day 1 (at baseline) and day 7 of hospital admission (or at discharge, whichever occurred first). The primary outcome was functional outcome assessed by the modified Rankin Scale (mRS) at 90 days and analysed using ordinal logistic regression in the intention-to-treat population. This trial is registered with EudraCT (2014–000096–80), ClinicalTrials.gov (NCT03181360), and ISRCTN (10601890). Findings: From June 12, 2017, to Sept 30, 2021, 578 of the required 600 patients were enrolled (288 randomly assigned to the tenecteplase group and 290 to the control group [intention-to-treat population]). The median age of participants was 73·7 years (IQR 65·9–81·1). 332 (57%) of 578 ...

وصف الملف: text

العلاقة: https://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/10167081/2/Werring_Revised_manuscript_THELANCETNEUROLOGY-D-22-008%20CLEAN.pdfTest; https://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/10167081Test/

الإتاحة: https://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/10167081/2/Werring_Revised_manuscript_THELANCETNEUROLOGY-D-22-008%20CLEAN.pdfTest
https://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/10167081Test/

المؤلفون: Fiorini L., D'Onofrio G., Lorusso L., Russo S., Ciccone F., Giuliani F., Pihl T., Rovini E., Cavallo F.

المساهمون: Fiorini, Laura and D’Onofrio, Grazia and Lorusso, Letizia and Russo, Sergio and Ciccone, Filomena and Giuliani, Francesco and Pihl, Tarmo and Rovini, Erika and Cavallo, Filippo, Fiorini, L., D'Onofrio, G., Lorusso, L., Russo, S., Ciccone, F., Giuliani, F., Pihl, T., Rovini, E., Cavallo, F.

مصطلحات موضوعية: Stay cognitively and socially active with me: a six-month study of a socialization service

الوصف: 50% of older adults over 60 years old are experiencing social isolation. Assistive technology can provide solutions that promote the connection with their families and other stakeholders. In this context, this paper presents a pilot study of a socialization service with 3 functions tested by 10 older adults and 10 informal caregivers. After a short training, participants were requested to use the system in their daily life for six months. At the beginning (T0) and at the end (T6) of the trial, qualitative structured questionnaires were addressed to investigate training, usability, acceptance (i.e. trust, anxiety, facilitating condition, enjoyment, and attitude), and user experience. Collected results underline good training, good usability of the system (SUS>68), and user experience for both groups. Furthermore, the values associated with acceptance domains are higher than 3.5 for intention to use and trust, at the end of the tests. We can observe a decreasing trend in stress associated with technology use. Informal caregivers have a higher evaluation of the system novelty with respect to older adults. Overall, qualitative feedback collected remarked the good impression of this service among the study's participants. Finally, this study represents a promising starting point for better investigating technology-based services that can improve the quality of life of older people living alone providing them with tools that can decrease their social isolation.Clinical Relevance - The results suggest the potential use of this type of service for promoting socialization among older adults thus reducing their loneliness

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:001133788302105; ispartofbook:45th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC); volume:2023; https://hdl.handle.net/11586/471311Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85179637666

الإتاحة: https://doi.org/10.1109/EMBC40787.2023.10340527Test
https://hdl.handle.net/11586/471311Test

المؤلفون: Fedorov, A., Longabaugh, W., Pot, D., Clunie, D., Pieper, S., Lewis, R., Aerts, H., Homeyer, A., Herrmann, M., Wagner, U., Pihl, T., Farahani, K., Kikinis, R.

المصدر: International Journal of Radiation Oncology*Biology*Physics ; volume 111, issue 3, page e101 ; ISSN 0360-3016

مصطلحات موضوعية: Cancer Research, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Oncology, Radiation

الإتاحة: https://doi.org/10.1016/j.ijrobp.2021.07.495Test
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0360301621013651?httpAccept=text/xmlTest
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0360301621013651?httpAccept=text/plainTest

المؤلفون: Lorusso L., Mosmondor M., Grguric A., Toccafondi L., D'Onofrio G., Russo S., Lampe J., Pihl T., Mayer N., Vignani G., Lesterpt I., Vaamonde L., Giuliani F., Bonaccorsi M., La Viola C., Rovini E., Cavallo F., Fiorini L.

المساهمون: Lorusso, L., Mosmondor, M., Grguric, A., Toccafondi, L., D'Onofrio, G., Russo, S., Lampe, J., Pihl, T., Mayer, N., Vignani, G., Lesterpt, I., Vaamonde, L., Giuliani, F., Bonaccorsi, M., La Viola, C., Rovini, E., Cavallo, F., Fiorini, L.

مصطلحات موضوعية: active aging, older adult, pilot, pre-validation, technological personalized assistive service

الوصف: Assistive devices could promote independent living and support the active and healthy aging of an older population; however, several factors can badly influence the long-term use of new technologies. In this context, this paper presents a two-step methodology called “pre-validation” that aims to identify the factors that can bias the use of new services, thus minimizing the risk of an unsuccessful longer trial. The proposed pre-validation methodology is composed of two main phases that aim to assess the usability and the reliability of the technology assessed in a laboratory environment and the usability, acceptability, user experience, and reliability of the technology in real environments. The tested services include the socialization scenario, in which older adults are better connected to the community via technological solutions (i.e., socialization applications), and the monitoring scenario, which allows for the introduction of timely interventions (technologies involved include environmental monitoring sensors, a telepresence robot, wearable sensors, and a personalized dashboard). The obtained results underline an acceptable usability level (average System Usability Scale score > 65) for the tested technologies (i.e., socialization applications and a telepresence robot). Phase Two also underlines the good acceptability, user experience, and usability of the tested services. The statistical analysis underlines a correlation between the stress related to the use of technology, digital skills, and intention of use, among other factors. Qualitative feedback also remarks on a correlation between older adults with low digital skills and an anxiety about using technology. Positive correlation indexes were highlighted between the trust and usability scores. Eventually, future long-term trials with assistive technology should rely on motivated caregivers, be founded on a strong recruitment process, and should reassure older adults—especially the ones with low digital literacy—about the use of technology by ...

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36679590; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000927211900001; volume:23; issue:2; journal:SENSORS; https://hdl.handle.net/11586/471308Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85146487818

الإتاحة: https://doi.org/10.3390/s23020797Test
https://hdl.handle.net/11586/471308Test

المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Mokrab Y., Newman A. M., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. S., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Serody J. S., Demicco E. G., Disis M. L., Vincent B. G.

المساهمون: Thorsson, V., Gibbs, D. L., Brown, S. D., Wolf, D., Bortone, D. S., Ou Yang, T. -H., Porta-Pardo, E., Gao, G. F., Plaisier, C. L., Eddy, J. A., Ziv, E., Culhane, A. C., Paull, E. O., Sivakumar, I. K. A., Gentles, A. J., Malhotra, R., Farshidfar, F., Colaprico, A., Parker, J. S., Mose, L. E., Vo, N. S., Liu, J., Liu, Y., Rader, J., Dhankani, V., Reynolds, S. M., Bowlby, R., Califano, A., Cherniack, A. D., Anastassiou, D., Bedognetti, D., Mokrab, Y., Newman, A. M., Rao, A., Chen, K., Krasnitz, A., Hu, H., Malta, T. M., Noushmehr, H., Pedamallu, C. S., Bullman, S., Ojesina, A. I., Lamb, A., Zhou, W., Shen, H., Choueiri, T. K., Weinstein, J. N., Guinney, J., Saltz, J., Holt, R. A., Rabkin, C. S., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S.

مصطلحات موضوعية: immune, cancer, methods

الوصف: (Immunity 48, 812–830.e1–e14; April 17, 2018) In the originally published version of this article, the authors neglected to include Younes Mokrab and Aaron M. Newman as co-authors and misspelled the names of authors Charles S. Rabkin and Ilya Shmulevich. The author names have been corrected here and online. In addition, the concluding sentence of the subsection “Immune Signature Compilation” in the Method Details in the original published article was deemed unclear because it did not specify differences among the gene set scoring methods. The concluding sentences now reads “Gene sets from Bindea et al., Senbabaoglu et al., and the MSigDB C7 collection were scored using single-sample gene set enrichment (ssGSEA) analysis (Barbie et al., 2009), as implemented in the GSVA R package (Hänzelmann et al., 2013). All other signatures were scored using methods found in the associated citations.”

العلاقة: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/31433971; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/wos/WOS:000482088500021; volume:51; issue:2; firstpage:411; lastpage:412; numberofpages:2; journal:IMMUNITY; http://hdl.handle.net/11573/1347368Test; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/scopus/2-s2.0-85070213901

الإتاحة: https://doi.org/10.1016/j.immuni.2019.08.004Test
http://hdl.handle.net/11573/1347368Test

المؤلفون: Cortés-Ciriano, I., Lee, J. J-K., Xi, R., Jain, D., Jung, Y. L., Yang, L., Gordenin, D., Klimczak, L. J., Zhang, C-Z., Pellman, D. S., Akdemir, K. C., Alvarez, E. G., Baez-Ortega, A., Beroukhim, R., Boutros, P. C., Bowtell, D. D. L., Brors, B., Burns, K. H., Campbell, P. J., Chan, K., Chen, K., Dueso-Barroso, A., Dunford, A. J., Edwards, P. A., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Feuerbach, L., Fink, J. L., Frenkel-Morgenstern, M., Garsed, D. W., Gerstein, M., Gordenin, D. A., Haan, D., Haber, J. E., Hess, J. M., Hutter, B., Imielinski, M., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Koh, Y., Korbel, J. O., Kumar, K., Lee, E. A., Li, Y., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Miyano, S., Nakagawa, H., Navarro, F. C. P., Ossowski, S., Park, P. J., Pearson, J. V., Puiggròs, M., Rippe, K., Roberts, N. D., Roberts, S. A., Rodriguez-Martin, B., Schumacher, S. E., Scully, R., Shackleton, M., Sidiropoulos, N., Sieverling, L., Stewart, C., Torrents, D., Tubio, J. M. C., Villasante, I., Waddell, N., Wala, J. A., Weischenfeldt, J., Yao, X., Yoon, S-S., Zamora, J., Aaltonen, L. A., Abascal, F., Abeshouse, A., Aburatani, H., Adams, D. J., Agrawal, N., Ahn, K. S., Ahn, S-M., Aikata, H., Akbani, R., Al-Ahmadie, H., Al-Sedairy, S. T., Al-Shahrour, F., Alawi, M., Albert, M., Aldape, K., Alexandrov, L. B., Ally, A., Alsop, K., Amary, F., Amin, S. B., Aminou, B., Ammerpohl, O., Anderson, M. J., Ang, Y., Antonello, D., Anur, P., Aparicio, S., Appelbaum, E. L., Arai, Y., Aretz, A., Arihiro, K., Ariizumi, S-I., Armenia, J., Arnould, L., Asa, S., Assenov, Y., Atwal, G., Aukema, S., Auman, J. T., Aure, M. R. R., Awadalla, P., Aymerich, M., Bader, G. D., Bailey, M. H., Bailey, P. J., Balasundaram, M., Balu, S., Bandopadhayay, P., Banks, R. E., Barbi, S., Barbour, A. 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L., Chuah, E., Cibulskis, C., Cibulskis, K., Cingarlini, S., Clapham, P., Claviez, A., Cleary, S., Cloonan, N., Cmero, M., Collins, C. C., Connor, A. A., Cooke, S. L., Cooper, C. S., Cope, L., Corbo, V., Cordes, M. G., Cordner, S. M., Covington, K., Cowin, P. A., Craft, B., Craft, D., Creighton, C. J., Cun, Y., Curley, E., Cutcutache, I., Czajka, K., Czerniak, B., Dagg, R. A., Danilova, L., Davi, M. V., Davidson, N. R., Davies, H., Davis, I. J., Davis-Dusenbery, B. N., Dawson, K. J., De La Vega, F. M., De Paoli-Iseppi, R., Defreitas, T., Tos, A. P. D., Delaneau, O., Demchok, J. A., Demeulemeester, J., Demidov, G. M., Demircioğlu, D., Dennis, N. M., Denroche, R. E., Dentro, S. C., Desai, N., Deshpande, V., Deshwar, A. G., Desmedt, C., Deu-Pons, J., Dhalla, N., Dhani, N. C., Dhingra, P., Dhir, R., DiBiase, A., Diamanti, K., Ding, L., Ding, S., Dinh, H. Q., Dirix, L., Doddapaneni, H., Donmez, N., Dow, M. T., Drapkin, R., Drechsel, O., Drews, R. M., Serge, S., Dudderidge, T., Dunn, M., Dursi, L. J., Duthie, F. R., Dutton-Regester, K., Eagles, J., Easton, D. F., Edmonds, S., Edwards, S. E., Eeles, R. A., Ehinger, A., Eils, J., Eils, R., El-Naggar, A., Eldridge, M., Ellrott, K., Erkek, S., Escaramis, G., Espiritu, S. M. G., Eyfjord, J. E., Faltas, B. M., Fan, D., Fan, Y., Faquin, W. C., Farcas, C., Fassan, M., Fatima, A., Favero, F., Fayzullaev, N., Felau, I., Fereday, S., Ferguson, M. L., Ferretti, V., Field, M. A., Finocchiaro, G., Fisher, C., Fittall, M. W., Fitzgerald, A., Fitzgerald, R. C., Flanagan, A. M., Fleshner, N. E., Flicek, P., Foekens, J. A., Fong, K. M., Fonseca, N. A., Foster, C. S., Fox, N. S., Fraser, M., Frazer, S., Friedman, W., Frigola, J., Fronick, C. C., Fujimoto, A., Fujita, M., Fukayama, M., Fulton, L. A., Fulton, R. S., Furuta, M., Futreal, P. A., Füllgrabe, A., Gabriel, S. B., Gallinger, S., Gambacorti-Passerini, C., Gao, J., Gao, S., Garraway, L., Garred, Ø., Garrison, E., Gehlenborg, N., Gelpi, J. L. L., George, J., Gerhard, D. S., Gerhauser, C., Gershenwald, J. E., Gerstung, M., Getz, G., Ghori, M., Ghossein, R., Giama, N. H., Gibbs, R. A., Gibson, B., Gill, A. J., Gill, P., Giri, D. D., Glodzik, D., Gnanapragasam, V. J., Goebler, M. E., Goldman, M. J., Gomez, C., Gonzalez, S., Gonzalez-Perez, A., Gossage, J., Gotoh, K., Govindan, R., Grabau, D., Graham, J. S., Grant, R. C., Green, A. R., Green, E., Greger, L., Grehan, N., Grimaldi, S., Grimmond, S. M., Grossman, R. L., Grundhoff, A., Gundem, G., Guo, Q., Gupta, M., Gupta, S., Gut, I. G., Gut, M., Göke, J., Ha, G., Haake, A., Haas, S., Haase, K., Habermann, N., Hach, F., Haider, S., Hama, N., Hamdy, F. C., Hamilton, A., Hamilton, M. P., Han, L., Hanna, G. B., Hansmann, M., Haradhvala, N. J., Harismendy, O., Harliwong, I., Harmanci, A. O., Harrington, E., Hasegawa, T., Haussler, D., Hawkins, S., Hayami, S., Hayashi, S., Hayes, D. N., Hayes, S. J., Hayward, N. K., Hazell, S., He, Y., Heath, A. P., Heath, S. 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H., Jang, S. J., Jayaseelan, J. C., Jayasinghe, R., Jefferys, S. R., Jegalian, K., Jennings, J. L., Jeon, S-H., Jerman, L., Ji, Y., Jiao, W., Johansson, P. A., Johns, A. L., Johns, J., Johnson, R., Johnson, T. A., Jolly, C., Joly, Y., Jonasson, J. G., Jones, C. D., Jones, D. R., Jones, N., Jones, S. J. M., Jonkers, J., Juhl, H., Jung, J., Juul, M., Juul, R. I., Juul, S., Jäger, N., Kabbe, R., Kahles, A., Kahraman, A., Kaiser, V. B., Kakavand, H., Kalimuthu, S., von Kalle, C., Kang, K. J., Karaszi, K., Karlan, B., Karlić, R., Karsch, D., Kasaian, K., Kassahn, K. S., Katai, H., Kato, M., Katoh, H., Kawakami, Y., Kay, J. D., Kazakoff, S. H., Keays, M., Kebebew, E., Kefford, R. F., Kellis, M., Kench, J. G., Kennedy, C. J., Kerssemakers, J. N. A., Khoo, D., Khoo, V., Khuntikeo, N., Khurana, E., Kilpinen, H., Kim, H. K., Kim, H-L., Kim, H-Y., Kim, H., Kim, J., Kim, J. K., Kim, Y., King, T. A., Klapper, W., Kleinheinz, K., Knappskog, S., Kneba, M., Knoppers, B. M., Jan Komorowski, Komura, D., Komura, M., Kong, G., Kool, M., Korchina, V., Korshunov, A., Koscher, M., Koster, R., Kote-Jarai, Z., Koures, A., Kovacevic, M., Kremeyer, B., Kretzmer, H., Kreuz, M., Krishnamurthy, S., Kube, D., Kumar, P., Kumar, S., Kumar, Y., Kundra, R., Kübler, K., Küppers, R., Lagergren, J., Lai, P. H., Laird, P. W., Lakhani, S. R., Lalansingh, C. M., Lalonde, E., Lamaze, F. C., Lambert, A., Lander, E., Landgraf, P., Landoni, L., Langerød, A., Lanzós, A., Larsimont, D., Larsson, E., Lathrop, M., Lau, L. M. S., Lawerenz, C., Lawlor, R. T., Lawrence, M. S., Lazar, A. J., Lazic, A. M., Le, X., Lee, D., Lee, H. J., Lee, J-Y., Lee, J., Lee, M. T. M., Lee-Six, H., Lehmann, K-V., Lehrach, H., Lenze, D., Leonard, C. R., Leongamornlert, D. A., Leshchiner, I., Letourneau, L., Letunic, I., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, C., Li, C. H., Li, H. I., Li, J., Li, L., Li, S., Li, X., Liang, H., Liang, S-B., Lichter, P., Lin, P., Lin, Z., Linehan, W. M., Lingjærde, O. C., Liu, D., Liu, E. M., Liu, F-F. F., Liu, F., Liu, J., Liu, X., Livingstone, J., Livitz, D., Livni, N., Lochovsky, L., Loeffler, M., Long, G. V., Lopez-Guillermo, A., Lou, S., Louis, D. N., Lovat, L. B., Lu, Y., Lu, Y-J., Luchini, C., Lungu, I., Luo, X., Luxton, H. J., Lype, L., López, C., López-Otín, C., Ma, E. Z., Ma, Y., MacGrogan, G., MacRae, S., Madsen, T., Maejima, K., Mafficini, A., Maglinte, D. T., Maitra, A., Majumder, P. P., Malcovati, L., Malikic, S., Malleo, G., Mann, G. J., Mantovani-Löffler, L., Marchal, K., Marchegiani, G., Mardis, E. R., Margolin, A. A., Marin, M. G., Markowski, J., Marks, J., Marques-Bonet, T., Marra, M. A., Marsden, L., Martens, J. W. M., Martin, S., Martin-Subero, J. I., Maruvka, Y. E., Mashl, R. J., Massie, C. E., Matthew, T. J., Matthews, L., Mayer, E., Mayes, S., Mayo, M., Mbabaali, F., McCune, K., McDermott, U., McGillivray, P. D., McLellan, M. D., McPherson, J. D., McPherson, J. R., McPherson, T. A., Meier, S. 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A., Rubio-Perez, C., Rudneva, V. A., Rusev, B. C., Ruzzenente, A., Rätsch, G., Sabarinathan, R., Sabelnykova, V. Y., Sadeghi, S., Sahinalp, S. C., Saini, N., Saito-Adachi, M., Saksena, G., Salcedo, A., Salgado, R., Salichos, L., Sallari, R., Saller, C., Salvia, R., Sam, M., Samra, J. S., Sanchez-Vega, F., Sander, C., Sanders, G., Sarin, R., Sarrafi, I., Sasaki-Oku, A., Sauer, T., Sauter, G., Saw, R. P. M., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Scelo, G., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schilhabel, M. B., Schlesner, M., Schlomm, T., Schmidt, H. K., Schramm, S-J., Schreiber, S., Schultz, N., Schwarz, R. F., Scolyer, R. A., Scott, D., Seethala, R., Segre, A. V., Selander, I., Semple, C. A., Senbabaoglu, Y., Sengupta, S., Sereni, E., Serra, S., Sgroi, D. C., Shah, N. C., Shahabi, S., Shang, C. A., Shang, P., Shapira, O., Shelton, T., Shen, C., Shen, H., Shepherd, R., Shi, R., Shi, Y., Shiah, Y-J., Shibata, T., Shih, J., Shimizu, E., Shimizu, K., Shin, S. J., Shiraishi, Y., Shmaya, T., Shmulevich, I., Shorser, S. I., Short, C., Shrestha, R., Shringarpure, S. S., Shriver, C., Shuai, S., Siebert, R., Sieuwerts, A. M., Signoretti, S., Sikora, K. O., Simbolo, M., Simon, R., Simons, J. V., Simpson, J. T., Simpson, P. T., Singer, S., Sinnott-Armstrong, N., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., Smid, M., Smith, J., Smith-McCune, K., Socci, N. D., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, L., Sood, A. K., Sothi, S., Sotiriou, C., Soulette, C. M., Span, P. N., Spellman, P. T., Sperandio, N., Spillane, A. J., Spiro, O., Spring, J., Staaf, J., Stadler, P. F., Staib, P., Stark, S. G., Stebbings, L., Stefánsson, Ó. A., Stegle, O., Stein, L. D., Stenhouse, A., Stilgenbauer, S., Stobbe, M. D., Stratton, M. R., Stretch, J. R., Struck, A. J., Stuart, J. M., Stunnenberg, H. G., Su, H., Su, X., Sun, R. X., Sungalee, S., Susak, H., Suzuki, A., Sweep, F., Szczepanowski, M., Sültmann, H., Yugawa, T., Tam, A., Tamborero, D., Tan, B. K. T., Tan, D., Tan, P., Tanaka, H., Taniguchi, H., Tanskanen, T. J., Tarabichi, M., Tarnuzzer, R., Tarpey, P., Taschuk, M. L., Tatsuno, K., Tavaré, S., Taylor, D. F., Taylor-Weiner, A., Teague, J. W., Teh, B. T., Tembe, V., Temes, J., Thai, K., Thayer, S. P., Thiessen, N., Thomas, G., Thomas, S., Thompson, A., Thompson, A. M., Thompson, J. F. F., Thompson, R. H., Thorne, H., Thorne, L. B., Thorogood, A., Tiao, G., Tijanic, N., Timms, L. E., Tirabosco, R., Tojo, M., Tommasi, S., Toon, C. W., Toprak, U. H., Tortora, G., Tost, J., Totoki, Y., Townend, D., Traficante, N., Treilleux, I., Trotta, J-R., Trümper, L. H. P., Tsao, M., Tsunoda, T., Tucker, O., Turkington, R., Turner, D. J., Tutt, A., Ueno, M., Ueno, N. T., Umbricht, C., Umer, H. M., Underwood, T. J., Urban, L., Urushidate, T., Ushiku, T., Uusküla-Reimand, L., Valencia, A., Van Den Berg, D. J., Van Laere, S., Van Loo, P., Van Meir, E. G., Van den Eynden, G. G., Van der Kwast, T., Vasudev, N., Vazquez, M., Vedururu, R., Veluvolu, U., Vembu, S., Verbeke, L. P. C., Vermeulen, P., Verrill, C., Viari, A., Vicente, D., Vicentini, C., VijayRaghavan, K., Viksna, J., Vilain, R. E., Vincent-Salomon, A., Visakorpi, T., Voet, D., Vyas, P., Vázquez-García, I., Waddell, N. M., Wadelius, C., Wadi, L., Wagener, R., Wang, J., Wang, L., Wang, Q., Wang, W., Wang, Y., Wang, Z., Waring, P. M., Warnatz, H-J., Warrell, J., Warren, A. Y., Waszak, S. M., Wedge, D. C., Weichenhan, D., Weinberger, P., Weinstein, J. N., Weisenberger, D. J., Welch, I., Wendl, M. C., Werner, J., Whalley, J. P., Wheeler, D. A., Whitaker, H. C., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Williams, A., Wilmott, J. S., Wilson, G. W., Wilson, J. M., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wintersinger, J. A., Wiznerowicz, M., Wolf, S., Wong, B. H., Wong, T., Wong, W., Woo, Y., Wood, S., Wouters, B. G., Wright, A. J., Wright, D. W., Wright, M. H., Wu, C-L., Wu, D-Y., Wu, G., Wu, J., Wu, K., Wu, Y., Wu, Z., Xi, L., Xia, T., Xiang, Q., Xiao, X., Xing, R., Xiong, H., Xu, Q., Xu, Y., Xue, H., Yachida, S., Yakneen, S., Yamaguchi, R., Yamaguchi, T. N., Yamamoto, M., Yamamoto, S., Yamaue, H., Yang, F., Yang, H., Yang, J. Y., Yang, S., Yang, T-P., Yang, Y., Yaspo, M-L., Yates, L., Yau, C., Ye, C., Ye, K., Yellapantula, V. D., Yoon, C. J., Yousif, F., Yu, J., Yu, K., Yu, W., Yu, Y., Yuan, K., Yuan, Y., Yuen, D., Yung, C. K., Zaikova, O., Zapatka, M., Zenklusen, J. C., Zenz, T., Zeps, N., Zhang, F., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, X., Zhang, Y., Zhang, Z., Zhao, Z., Zheng, L., Zheng, X., Zhou, W., Zhou, Y., Zhu, B., Zhu, H., Zhu, J., Zhu, S., Zou, L., Zou, X., deFazio, A., van As, N., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van’t Veer, L., von Mering, C.

مصطلحات موضوعية: RC0254 Neoplasms. Tumors. Oncology (including Cancer)

الوصف: Chromothripsis is a mutational phenomenon characterized by massive, clustered genomic rearrangements that occurs in cancer and other diseases. Recent studies in selected cancer types have suggested that chromothripsis may be more common than initially inferred from low-resolution copy-number data. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyze patterns of chromothripsis across 2,658 tumors from 38 cancer types using whole-genome sequencing data. We find that chromothripsis events are pervasive across cancers, with a frequency of more than 50% in several cancer types. Whereas canonical chromothripsis profiles display oscillations between two copy-number states, a considerable fraction of events involve multiple chromosomes and additional structural alterations. In addition to non-homologous end joining, we detect signatures of replication-associated processes and templated insertions. Chromothripsis contributes to oncogene amplification and to inactivation of genes such as mismatch-repair-related genes. These findings show that chromothripsis is a major process that drives genome evolution in human cancer.

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العلاقة: https://openaccess.city.ac.uk/id/eprint/32290/1/s41588-019-0576-7.pdfTest; https://openaccess.city.ac.uk/id/eprint/32290/2/s41588-020-0634-1.pdfTest; https://openaccess.city.ac.uk/id/eprint/32290/3/s41588-023-01315-z.pdfTest; Cortés-Ciriano, I., Lee, J. J-K., Xi, R. , Jain, D., Jung, Y. L., Yang, L., Gordenin, D., Klimczak, L. J., Zhang, C-Z., Pellman, D. S., Akdemir, K. C., Alvarez, E. G., Baez-Ortega, A., Beroukhim, R., Boutros, P. C., Bowtell, D. D. L., Brors, B., Burns, K. H., Campbell, P. J., Chan, K., Chen, K., Cortés-Ciriano, I., Dueso-Barroso, A., Dunford, A. J., Edwards, P. A., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Feuerbach, L., Fink, J. L., Frenkel-Morgenstern, M., Garsed, D. W., Gerstein, M., Gordenin, D. A., Haan, D., Haber, J. E., Hess, J. M., Hutter, B., Imielinski, M., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Klimczak, L. J., Koh, Y., Korbel, J. O., Kumar, K., Lee, E. A., Lee, J. J-K., Li, Y., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Miyano, S., Nakagawa, H., Navarro, F. C. P., Ossowski, S., Park, P. J., Pearson, J. V., Puiggròs, M., Rippe, K., Roberts, N. D., Roberts, S. A., Rodriguez-Martin, B., Schumacher, S. E., Scully, R., Shackleton, M., Sidiropoulos, N., Sieverling, L., Stewart, C., Torrents, D., Tubio, J. M. C., Villasante, I., Waddell, N., Wala, J. A., Weischenfeldt, J., Yang, L., Yao, X., Yoon, S-S., Zamora, J., Zhang, C-Z., Park, P. J., Aaltonen, L. A., Abascal, F., Abeshouse, A., Aburatani, H., Adams, D. J., Agrawal, N., Ahn, K. S., Ahn, S-M., Aikata, H., Akbani, R., Akdemir, K. C., Al-Ahmadie, H., Al-Sedairy, S. T., Al-Shahrour, F., Alawi, M., Albert, M., Aldape, K., Alexandrov, L. B., Ally, A., Alsop, K., Alvarez, E. G., Amary, F., Amin, S. B., Aminou, B., Ammerpohl, O., Anderson, M. J., Ang, Y., Antonello, D., Anur, P., Aparicio, S., Appelbaum, E. L., Arai, Y., Aretz, A., Arihiro, K., Ariizumi, S-I., Armenia, J., Arnould, L., Asa, S., Assenov, Y., Atwal, G., Aukema, S., Auman, J. T., Aure, M. R. R., Awadalla, P., Aymerich, M., Bader, G. D., Baez-Ortega, A., Bailey, M. H., Bailey, P. J., Balasundaram, M., Balu, S., Bandopadhayay, P., Banks, R. E., Barbi, S., Barbour, A. P., Barenboim, J., Barnholtz-Sloan, J., Barr, H., Barrera, E., Bartlett, J., Bartolome, J., Bassi, C., Bathe, O. F., Baumhoer, D., Bavi, P., Baylin, S. B., Bazant, W., Beardsmore, D., Beck, T. A., Behjati, S., Behren, A., Niu, B., Bell, C., Beltran, S., Benz, C., Berchuck, A., Bergmann, A. K., Bergstrom, E. N., Berman, B. P., Berney, D. M., Bernhart, S. H., Beroukhim, R., Berrios, M., Bersani, S., Bertl, J., Betancourt, M., Bhandari, V., Bhosle, S. G., Biankin, A. V., Bieg, M., Bigner, D., Binder, H., Birney, E., Birrer, M., Biswas, N. K., Bjerkehagen, B., Bodenheimer, T., Boice, L., Bonizzato, G., De Bono, J. S., Boot, A., Bootwalla, M. S., Borg, A., Borkhardt, A., Boroevich, K. A., Borozan, I., Borst, C., Bosenberg, M., Bosio, M., Boultwood, J., Bourque, G., Boutros, P. C., Bova, G. S., Bowen, D. T., Bowlby, R., Bowtell, D. D. L., Boyault, S., Boyce, R., Boyd, J., Brazma, A., Brennan, P., Brewer, D. S., Brinkman, A. B., Bristow, R. G., Broaddus, R. R., Brock, J. E., Brock, M., Broeks, A., Brooks, A. N., Brooks, D., Brors, B., Brunak, S., Bruxner, T. J. C., Bruzos, A. L., Buchanan, A., Buchhalter, I., Buchholz, C., Bullman, S., Burke, H., Burkhardt, B., Burns, K. H., Busanovich, J., Bustamante, C. D., Butler, A. P., Butte, A. J., Byrne, N. J., Børresen-Dale, A-L., Caesar-Johnson, S. J., Cafferkey, A., Cahill, D., Calabrese, C., Caldas, C., Calvo, F., Camacho, N., Campbell, P. J., Campo, E., Cantù, C., Cao, S., Carey, T. E., Carlevaro-Fita, J., Carlsen, R., Cataldo, I., Cazzola, M., Cebon, J., Cerfolio, R., Chadwick, D. E., Chakravarty, D., Chalmers, D., Chan, C. W. Y., Chan, K., Chan-Seng-Yue, M., Chandan, V. S., Chang, D. K., Chanock, S. J., Chantrill, L. A., Chateigner, A., Chatterjee, N., Chayama, K., Chen, H-W., Chen, J., Chen, K., Chen, Y., Chen, Z., Cherniack, A. D., Chien, J., Chiew, Y-E., Chin, S-F., Cho, J., Cho, S., Choi, J. K., Choi, W., Chomienne, C., Chong, Z., Choo, S. P., Chou, A., Christ, A. N., Christie, E. L., Chuah, E., Cibulskis, C., Cibulskis, K., Cingarlini, S., Clapham, P., Claviez, A., Cleary, S., Cloonan, N., Cmero, M., Collins, C. C., Connor, A. A., Cooke, S. L., Cooper, C. S., Cope, L., Corbo, V., Cordes, M. G., Cordner, S. M., Cortés-Ciriano, I., Covington, K., Cowin, P. A., Craft, B., Craft, D., Creighton, C. J., Cun, Y., Curley, E., Cutcutache, I., Czajka, K., Czerniak, B., Dagg, R. A., Danilova, L., Davi, M. V., Davidson, N. R., Davies, H., Davis, I. J., Davis-Dusenbery, B. N., Dawson, K. J., De La Vega, F. M., De Paoli-Iseppi, R., Defreitas, T., Tos, A. P. D., Delaneau, O., Demchok, J. A., Demeulemeester, J., Demidov, G. M., Demircioğlu, D., Dennis, N. M., Denroche, R. E., Dentro, S. C., Desai, N., Deshpande, V., Deshwar, A. G., Desmedt, C., Deu-Pons, J., Dhalla, N., Dhani, N. C., Dhingra, P., Dhir, R., DiBiase, A., Diamanti, K., Ding, L., Ding, S., Dinh, H. Q., Dirix, L., Doddapaneni, H., Donmez, N., Dow, M. T., Drapkin, R., Drechsel, O., Drews, R. M., Serge, S., Dudderidge, T., Dueso-Barroso, A., Dunford, A. J., Dunn, M., Dursi, L. J., Duthie, F. R., Dutton-Regester, K., Eagles, J., Easton, D. F., Edmonds, S., Edwards, P. A., Edwards, S. E., Eeles, R. A., Ehinger, A., Eils, J., Eils, R., El-Naggar, A., Eldridge, M., Ellrott, K., Erkek, S., Escaramis, G., Espiritu, S. M. G., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Eyfjord, J. E., Faltas, B. M., Fan, D., Fan, Y., Faquin, W. C., Farcas, C., Fassan, M., Fatima, A., Favero, F., Fayzullaev, N., Felau, I., Fereday, S., Ferguson, M. L., Ferretti, V., Feuerbach, L., Field, M. A., Fink, J. L., Finocchiaro, G., Fisher, C., Fittall, M. W., Fitzgerald, A., Fitzgerald, R. C., Flanagan, A. 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L., Grundhoff, A., Gundem, G., Guo, Q., Gupta, M., Gupta, S., Gut, I. G., Gut, M., Göke, J., Ha, G., Haake, A., Haan, D., Haas, S., Haase, K., Haber, J. E., Habermann, N., Hach, F., Haider, S., Hama, N., Hamdy, F. C., Hamilton, A., Hamilton, M. P., Han, L., Hanna, G. B., Hansmann, M., Haradhvala, N. J., Harismendy, O., Harliwong, I., Harmanci, A. O., Harrington, E., Hasegawa, T., Haussler, D., Hawkins, S., Hayami, S., Hayashi, S., Hayes, D. N., Hayes, S. J., Hayward, N. K., Hazell, S., He, Y., Heath, A. P., Heath, S. C., Hedley, D., Hegde, A. M., Heiman, D. I., Heinold, M. C., Heins, Z., Heisler, L. E., Hellstrom-Lindberg, E., Helmy, M., Heo, S. G., Hepperla, A. J., Heredia-Genestar, J. M., Herrmann, C., Hersey, P., Hess, J. M., Hilmarsdottir, H., Hinton, J., Hirano, S., Hiraoka, N., Hoadley, K. A., Hobolth, A., Hodzic, E., Hoell, J. I., Hoffmann, S., Hofmann, O., Holbrook, A., Holik, A. Z., Hollingsworth, M. A., Holmes, O., Holt, R. A., Hong, C., Hong, E. P., Hong, J. H., Hooijer, G. K., Hornshøj, H., Hosoda, F., Hou, Y., Hovestadt, V., Howat, W., Hoyle, A. P., Hruban, R. H., Hu, J., Hu, T., Hua, X., Huang, K-L., Huang, M., Huang, M. N., Huang, V., Huang, Y., Huber, W., Hudson, T. J., Hummel, M., Hung, J. A., Huntsman, D., Hupp, T. R., Huse, J., Huska, M. R., Hutter, B., Hutter, C. M., Hübschmann, D., Iacobuzio-Donahue, C. A., Imbusch, C. D., Imielinski, M., Imoto, S., Isaacs, W. B., Isaev, K., Ishikawa, S., Iskar, M., Islam, S. M. A., Ittmann, M., Ivkovic, S., Izarzugaza, J. M. G., Jacquemier, J., Jakrot, V., Jamieson, N. B., Jang, G. H., Jang, S. J., Jayaseelan, J. C., Jayasinghe, R., Jefferys, S. R., Jegalian, K., Jennings, J. L., Jeon, S-H., Jerman, L., Ji, Y., Jiao, W., Johansson, P. A., Johns, A. L., Johns, J., Johnson, R., Johnson, T. A., Jolly, C., Joly, Y., Jonasson, J. G., Jones, C. D., Jones, D. R., Jones, D. T. W., Jones, N., Jones, S. J. M., Jonkers, J., Ju, Y. S., Juhl, H., Jung, J., Juul, M., Juul, R. I., Juul, S., Jäger, N., Kabbe, R., Kahles, A., Kahraman, A., Kaiser, V. B., Kakavand, H., Kalimuthu, S., von Kalle, C., Kang, K. J., Karaszi, K., Karlan, B., Karlić, R., Karsch, D., Kasaian, K., Kassahn, K. S., Katai, H., Kato, M., Katoh, H., Kawakami, Y., Kay, J. D., Kazakoff, S. H., Kazanov, M. D., Keays, M., Kebebew, E., Kefford, R. F., Kellis, M., Kench, J. G., Kennedy, C. J., Kerssemakers, J. N. A., Khoo, D., Khoo, V., Khuntikeo, N., Khurana, E., Kilpinen, H., Kim, H. K., Kim, H-L., Kim, H-Y., Kim, H., Kim, J., Kim, J., Kim, J. K., Kim, Y., King, T. A., Klapper, W., Kleinheinz, K., Klimczak, L. J., Knappskog, S., Kneba, M., Knoppers, B. M., Koh, Y., Jan Komorowski, Komura, D., Komura, M., Kong, G., Kool, M., Korbel, J. O., Korchina, V., Korshunov, A., Koscher, M., Koster, R., Kote-Jarai, Z., Koures, A., Kovacevic, M., Kremeyer, B., Kretzmer, H., Kreuz, M., Krishnamurthy, S., Kube, D., Kumar, K., Kumar, P., Kumar, S., Kumar, Y., Kundra, R., Kübler, K., Küppers, R., Lagergren, J., Lai, P. H., Laird, P. W., Lakhani, S. R., Lalansingh, C. M., Lalonde, E., Lamaze, F. C., Lambert, A., Lander, E., Landgraf, P., Landoni, L., Langerød, A., Lanzós, A., Larsimont, D., Larsson, E., Lathrop, M., Lau, L. M. S., Lawerenz, C., Lawlor, R. T., Lawrence, M. S., Lazar, A. J., Lazic, A. M., Le, X., Lee, D., Lee, D., Lee, E. A., Lee, H. J., Lee, J. J-K., Lee, J-Y., Lee, J., Lee, M. T. M., Lee-Six, H., Lehmann, K-V., Lehrach, H., Lenze, D., Leonard, C. R., Leongamornlert, D. A., Leshchiner, I., Letourneau, L., Letunic, I., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, C., Li, C. H., Li, H. I., Li, J., Li, L., Li, S., Li, S., Li, X., Li, X., Li, X., Li, Y., Liang, H., Liang, S-B., Lichter, P., Lin, P., Lin, Z., Linehan, W. M., Lingjærde, O. C., Liu, D., Liu, E. M., Liu, F-F. F., Liu, F., Liu, J., Liu, X., Livingstone, J., Livitz, D., Livni, N., Lochovsky, L., Loeffler, M., Long, G. V., Lopez-Guillermo, A., Lou, S., Louis, D. N., Lovat, L. B., Lu, Y., Lu, Y-J., Lu, Y., Luchini, C., Lungu, I., Luo, X., Luxton, H. J., Lynch, A. G., Lype, L., López, C., López-Otín, C., Ma, E. Z., Ma, Y., MacGrogan, G., MacRae, S., Macintyre, G., Madsen, T., Maejima, K., Mafficini, A., Maglinte, D. T., Maitra, A., Majumder, P. P., Malcovati, L., Malikic, S., Malleo, G., Mann, G. J., Mantovani-Löffler, L., Marchal, K., Marchegiani, G., Mardis, E. R., Margolin, A. A., Marin, M. G., Markowetz, F., Markowski, J., Marks, J., Marques-Bonet, T., Marra, M. A., Marsden, L., Martens, J. W. M., Martin, S., Martin-Subero, J. I., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Maruvka, Y. E., Mashl, R. J., Massie, C. E., Matthew, T. J., Matthews, L., Mayer, E., Mayes, S., Mayo, M., Mbabaali, F., McCune, K., McDermott, U., McGillivray, P. D., McLellan, M. D., McPherson, J. D., McPherson, J. R., McPherson, T. A., Meier, S. R., Meng, A., Meng, S., Menzies, A., Merrett, N. D., Merson, S., Meyerson, M., Meyerson, W., Mieczkowski, P. A., Mihaiescu, G. L., Mijalkovic, S., Mikkelsen, T., Milella, M., Mileshkin, L., Miller, C. A., Miller, D. K., Miller, J. K., Mills, G. B., Milovanovic, A., Minner, S., Miotto, M., Arnau, G. M., Mirabello, L., Mitchell, C., Mitchell, T. J., Miyano, S., Miyoshi, N., Mizuno, S., Molnár-Gábor, F., Moore, M. J., Moore, R. A., Morganella, S., Morris, Q. D., Morrison, C., Mose, L. E., Moser, C. D., Muiños, F., Mularoni, L., Mungall, A. J., Mungall, K., Musgrove, E. A., Mustonen, V., Mutch, D., Muyas, F., Muzny, D. M., Muñoz, A., Myers, J., Myklebost, O., Möller, P., Nagae, G., Nagrial, A. M., Nahal-Bose, H. K., Nakagama, H., Nakagawa, H., Nakamura, H., Nakamura, T., Nakano, K., Nandi, T., Nangalia, J., Nastic, M., Navarro, A., Navarro, F. C. P., Neal, D. E., Nettekoven, G., Newell, F., Newhouse, S. J., Newton, Y., Ng, A. W. T., Ng, A., Nicholson, J., Nicol, D., Nie, Y., Nielsen, G. P., Nielsen, M. M., Nik-Zainal, S., Noble, M. S., Nones, K., Northcott, P. A., Notta, F., O’Connor, B. D., O’Donnell, P., O’Donovan, M., O’Meara, S., O’Neill, B. P., O’Neill, J. R., Ocana, D., Ochoa, A., Oesper, L., Ogden, C., Ohdan, H., Ohi, K., Ohno-Machado, L., Oien, K. A., Ojesina, A. I., Ojima, H., Okusaka, T., Omberg, L., Ong, C. K., Ossowski, S., Ott, G., Ouellette, B. F. F., P’ng, C., Paczkowska, M., Paiella, S., Pairojkul, C., Pajic, M., Pan-Hammarström, Q., Papaemmanuil, E., Papatheodorou, I., Paramasivam, N., Park, J. W., Park, J-W., Park, K., Park, K., Park, P. J., Parker, J. S., Parsons, S. L., Pass, H., Pasternack, D., Pastore, A., Patch, A-M., Pauporté, I., Pea, A., Pearson, J. V., Pedamallu, C. S., Pedersen, J. S., Pederzoli, P., Peifer, M., Pennell, N. A., Perou, C. M., Perry, M. D., Petersen, G. M., Peto, M., Petrelli, N., Petryszak, R., Pfister, S. M., Phillips, M., Pich, O., Pickett, H. A., Pihl, T. D., Pillay, N., Pinder, S., Pinese, M., Pinho, A. V., Pitkänen, E., Pivot, X., Piñeiro-Yáñez, E., Planko, L., Plass, C., Polak, P., Pons, T., Popescu, I., Potapova, O., Prasad, A., Preston, S. R., Prinz, M., Pritchard, A. L., Prokopec, S. D., Provenzano, E., Puente, X. S., Puig, S., Puiggròs, M., Pulido-Tamayo, S., Pupo, G. M., Purdie, C. A., Quinn, M. C., Rabionet, R., Rader, J. S., Radlwimmer, B., Radovic, P., Raeder, B., Raine, K. M., Ramakrishna, M., Ramakrishnan, K., Ramalingam, S., Raphael, B. J., Rathmell, W. K., Rausch, T., Reifenberger, G., Reimand, J., Reis-Filho, J., Reuter, V., Reyes-Salazar, I., Reyna, M. A., Reynolds, S. M., Rheinbay, E., Riazalhosseini, Y., Richardson, A. L., Richter, J., Ringel, M., Ringnér, M., Rino, Y., Rippe, K., Roach, J., Roberts, L. R., Roberts, N. D., Roberts, S. A., Robertson, A. G., Robertson, A. J., Rodriguez, J. B., Rodriguez-Martin, B., Rodríguez-González, F. G., Roehrl, M. H. A., Rohde, M., Rokutan, H., Romieu, G., Rooman, I., Roques, T., Rosebrock, D., Rosenberg, M., Rosenstiel, P. C., Rosenwald, A., Rowe, E. W., Royo, R., Rozen, S. G., Rubanova, Y., Rubin, M. A., Rubio-Perez, C., Rudneva, V. A., Rusev, B. C., Ruzzenente, A., Rätsch, G., Sabarinathan, R., Sabelnykova, V. Y., Sadeghi, S., Sahinalp, S. C., Saini, N., Saito-Adachi, M., Saksena, G., Salcedo, A., Salgado, R., Salichos, L., Sallari, R., Saller, C., Salvia, R., Sam, M., Samra, J. S., Sanchez-Vega, F., Sander, C., Sanders, G., Sarin, R., Sarrafi, I., Sasaki-Oku, A., Sauer, T., Sauter, G., Saw, R. P. M., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Scelo, G., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schilhabel, M. B., Schlesner, M., Schlomm, T., Schmidt, H. K., Schramm, S-J., Schreiber, S., Schultz, N., Schumacher, S. E., Schwarz, R. F., Scolyer, R. A., Scott, D., Scully, R., Seethala, R., Segre, A. V., Selander, I., Semple, C. A., Senbabaoglu, Y., Sengupta, S., Sereni, E., Serra, S., Sgroi, D. C., Shackleton, M., Shah, N. C., Shahabi, S., Shang, C. A., Shang, P., Shapira, O., Shelton, T., Shen, C., Shen, H., Shepherd, R., Shi, R., Shi, Y., Shiah, Y-J., Shibata, T., Shih, J., Shimizu, E., Shimizu, K., Shin, S. J., Shiraishi, Y., Shmaya, T., Shmulevich, I., Shorser, S. I., Short, C., Shrestha, R., Shringarpure, S. S., Shriver, C., Shuai, S., Sidiropoulos, N., Siebert, R., Sieuwerts, A. M., Sieverling, L., Signoretti, S., Sikora, K. O., Simbolo, M., Simon, R., Simons, J. V., Simpson, J. T., Simpson, P. T., Singer, S., Sinnott-Armstrong, N., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., Smid, M., Smith, J., Smith-McCune, K., Socci, N. D., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, L., Sood, A. K., Sothi, S., Sotiriou, C., Soulette, C. M., Span, P. N., Spellman, P. T., Sperandio, N., Spillane, A. J., Spiro, O., Spring, J., Staaf, J., Stadler, P. F., Staib, P., Stark, S. G., Stebbings, L., Stefánsson, Ó. A., Stegle, O., Stein, L. D., Stenhouse, A., Stewart, C., Stilgenbauer, S., Stobbe, M. D., Stratton, M. R., Stretch, J. R., Struck, A. J., Stuart, J. M., Stunnenberg, H. G., Su, H., Su, X., Sun, R. X., Sungalee, S., Susak, H., Suzuki, A., Sweep, F., Szczepanowski, M., Sültmann, H., Yugawa, T., Tam, A., Tamborero, D., Tan, B. K. T., Tan, D., Tan, P., Tanaka, H., Taniguchi, H., Tanskanen, T. J., Tarabichi, M., Tarnuzzer, R., Tarpey, P., Taschuk, M. L., Tatsuno, K., Tavaré, S., Taylor, D. F., Taylor-Weiner, A., Teague, J. W., Teh, B. T., Tembe, V., Temes, J., Thai, K., Thayer, S. P., Thiessen, N., Thomas, G., Thomas, S., Thompson, A., Thompson, A. M., Thompson, J. F. F., Thompson, R. H., Thorne, H., Thorne, L. B., Thorogood, A., Tiao, G., Tijanic, N., Timms, L. E., Tirabosco, R., Tojo, M., Tommasi, S., Toon, C. W., Toprak, U. H., Torrents, D., Tortora, G., Tost, J., Totoki, Y., Townend, D. https://openaccess.city.ac.uk/view/creators_id/david=2Etownend.htmlTest , Traficante, N., Treilleux, I., Trotta, J-R., Trümper, L. H. P., Tsao, M., Tsunoda, T., Tubio, J. M. C., Tucker, O., Turkington, R., Turner, D. J., Tutt, A., Ueno, M., Ueno, N. T., Umbricht, C., Umer, H. M., Underwood, T. J., Urban, L., Urushidate, T., Ushiku, T., Uusküla-Reimand, L., Valencia, A., Van Den Berg, D. J., Van Laere, S., Van Loo, P., Van Meir, E. G., Van den Eynden, G. G., Van der Kwast, T., Vasudev, N., Vazquez, M., Vedururu, R., Veluvolu, U., Vembu, S., Verbeke, L. P. C., Vermeulen, P., Verrill, C., Viari, A., Vicente, D., Vicentini, C., VijayRaghavan, K., Viksna, J., Vilain, R. E., Villasante, I., Vincent-Salomon, A., Visakorpi, T., Voet, D., Vyas, P., Vázquez-García, I., Waddell, N. M., Waddell, N., Wadelius, C., Wadi, L., Wagener, R., Wala, J. A., Wang, J., Wang, J., Wang, L., Wang, Q., Wang, W., Wang, Y., Wang, Z., Waring, P. M., Warnatz, H-J., Warrell, J., Warren, A. Y., Waszak, S. M., Wedge, D. C., Weichenhan, D., Weinberger, P., Weinstein, J. N., Weischenfeldt, J., Weisenberger, D. J., Welch, I., Wendl, M. C., Werner, J., Whalley, J. P., Wheeler, D. A., Whitaker, H. C., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Williams, A., Wilmott, J. S., Wilson, G. W., Wilson, J. M., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wintersinger, J. A., Wiznerowicz, M., Wolf, S., Wong, B. H., Wong, T., Wong, W., Woo, Y., Wood, S., Wouters, B. G., Wright, A. J., Wright, D. W., Wright, M. H., Wu, C-L., Wu, D-Y., Wu, G., Wu, J., Wu, K., Wu, Y., Wu, Z., Xi, L., Xia, T., Xiang, Q., Xiao, X., Xing, R., Xiong, H., Xu, Q., Xu, Y., Xue, H., Yachida, S., Yakneen, S., Yamaguchi, R., Yamaguchi, T. N., Yamamoto, M., Yamamoto, S., Yamaue, H., Yang, F., Yang, H., Yang, J. Y., Yang, L., Yang, L., Yang, S., Yang, T-P., Yang, Y., Yao, X., Yaspo, M-L., Yates, L., Yau, C., Ye, C., Ye, K., Yellapantula, V. D., Yoon, C. J., Yoon, S-S., Yousif, F., Yu, J., Yu, K., Yu, W., Yu, Y., Yuan, K., Yuan, Y., Yuen, D., Yung, C. K., Zaikova, O., Zamora, J., Zapatka, M., Zenklusen, J. C., Zenz, T., Zeps, N., Zhang, C-Z., Zhang, F., Zhang, H., Zhang, H., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, X., Zhang, X., Zhang, Y., Zhang, Z., Zhao, Z., Zheng, L., Zheng, X., Zhou, W., Zhou, Y., Zhu, B., Zhu, H., Zhu, J., Zhu, S., Zou, L., Zou, X., deFazio, A., van As, N., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van’t Veer, L. von Mering, C.view all authorsEPJS_limit_names_shown_load( 'creators_name_32290_et_al', 'creators_name_32290_rest' ); (2020). Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing. Nature Genetics, 52(3), pp. 331-341. doi:10.1038/s41588-019-0576-7 https://doi.org/10.1038/s41588-019-0576-7Test

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المؤلفون: Campbell, P. J., Getz, G., Korbel, J. O., Stuart, J. M., Jennings, J. L., Stein, L. D., Perry, M. D., Nahal-Bose, H. K., Ouellette, B. F. F., Li, C. H., Rheinbay, E., Nielsen, G. P., Sgroi, D. C., Wu, C-L., Faquin, W. C., Deshpande, V., Boutros, P. C., Lazar, A. J., Hoadley, K. A., Louis, D. N., Dursi, L. J., Yung, C. K., Bailey, M. H., Saksena, G., Raine, K. M., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Schlesner, M., Zhang, J., Wang, W., Wheeler, D. A., Ding, L., Simpson, J. T., O'Connor, B. D., Yakneen, S., Ellrott, K., Miyoshi, N., Butler, A. P., Royo, R., Shorser, S. I., Vazquez, M., Rausch, T., Tiao, G., Waszak, S. M., Rodriguez-Martin, B., Shringarpure, S., Wu, D-Y., Demidov, G. M., Delaneau, O., Hayashi, S., Imoto, S., Habermann, N., Segre, A. V., Garrison, E., Cafferkey, A., Alvarez, E. G., Maria Heredia-Genestar, J., Muyas, F., Drechsel, O., Bruzos, A. L., Temes, J., Zamora, J., Baez-Ortega, A., Kim, H-L., Mashl, R. J., Ye, K., DiBiase, A., Huang, K-l., Letunic, I., McLellan, M. D., Newhouse, S. J., Shmaya, T., Kumar, S., Wedge, D. C., Wright, M. H., Yellapantula, V. D., Gerstein, M., Khurana, E., Marques-Bonet, T., Navarro, A., Bustamante, C. D., Siebert, R., Nakagawa, H., Easton, D. F., Ossowski, S., Tubio, J. M. C., De La Vega, F. M., Estivill, X., Yuen, D., Mihaiescu, G. L., Omberg, L., Ferretti, V., Sabarinathan, R., Pich, O., Gonzalez-Perez, A., Weiner, A. T., Fittall, M. W., Demeulemeester, J., Tarabichi, M., Roberts, N. D., Van Loo, P., Cortes-Ciriano, I., Urban, L., Park, P., Zhu, B., Pitkaenen, E., Li, Y., Saini, N., Klimczak, L. J., Weischenfeldt, J., Sidiropoulos, N., Alexandrov, L. B., Rabionet, R., Escaramis, G., Bosio, M., Holik, A. Z., Susak, H., Prasad, A., Erkek, S., Calabrese, C., Raeder, B., Harrington, E., Mayes, S., Turner, D., Juul, S., Roberts, S. A., Song, L., Koster, R., Mirabello, L., Hua, X., Tanskanen, T. J., Tojo, M., Chen, J., Aaltonen, L. A., Ratsch, G., Schwarz, R. F., Butte, A.l J., Brazma, A., Chanock, S. J., Chatterjee, N., Stegle, O., Harismendy, O., Bova, G. S., Gordenin, D. A., Haan, D., Sieverling, L., Feuerbach, L., Chalmers, D., Joly, Y., Knoppers, B., Molnar-Gabor, F., Phillips, M., Thorogood, A., Townend, D., Goldman, M., Fonseca, N. A., Xiang, Q., Craft, B., Pineiro-Yanez, E., Munoz, A., Petryszak, R., Fullgrabe, A., Al-Shahrour, F., Keays, M., Haussler, D., Weinstein, J., Huber, W., Valencia, A., Papatheodorou, I., Zhu, J., Fan, Y., Torrents, D., Bieg, M., Chen, K., Chong, Z., Cibulskis, K., Eils, R., Fulton, R. S., Gelpi, J. L., Gonzalez, S., Gut, I. G., Hach, F., Heinold, M., Hu, T., Huang, V., Hutter, B., Jaeger, N., Jung, J., Kumar, Y., Lalansingh, C., Leshchiner, I., Livitz, D., Ma, E. Z., Maruvka, Y. E., Milovanovic, A., Nielsen, M. M., Paramasivam, N., Pedersen, J. S., Puiggros, M., Sahinalp, S. C., Sarrafi, I., Stewart, C., Stobbe, M. D., Wala, J. A., Wang, J., Wendl, M., Werner, J., Wu, Z., Xue, H., Yamaguchi, T. N., Yellapantula, V., Davis-Dusenbery, B. N., Grossman, R., Kim, Y., Heinold, M. C., Hinton, J., Jones, D. R., Menzies, A., Stebbings, L., Hess, J. M., Rosenberg, M., Dunford, A. J., Gupta, M., Imielinski, M., Meyerson, M., Beroukhim, R., Reimand, J., Dhingra, P., Favero, F., Dentro, S., Wintersinger, J., Rudneva, V., Park, J. W., Hong, E. P., Heo, S. G., Kahles, A., Lehmann, K-V., Soulette, C. M., Shiraishi, Y., Liu, F., He, Y., Demircioglu, D., Davidson, N. R., Greger, L., Li, S., Liu, D., Stark, S. G., Zhang, F., Amin, S. B., Bailey, P., Chateigner, A., Frenkel-Morgenstern, M., Hou, Y., Huska, M. R., Kilpinen, H., Lamaze, F. C., Li, C., Li, X., Liu, X., Marin, M. G., Markowski, J., Nandi, T., Ojesina, A. I., Pan-Hammarstrom, Q., Park, P. J., Pedamallu, C. S., Su, H., Tan, P., Teh, B. T., Xiong, H., Ye, C., Yung, C., Zhang, X., Zheng, L., Zhu, S., Awadalla, P., Creighton, C. J., Wu, K., Yang, H., Goke, J., Zhang, Z., Brooks, A. N., Martincorena, I., Rubio-Perez, C., Juul, M., Schumacher, S., Shapira, O., Tamborero, D., Mularoni, L., Hornshoj, H., Deu-Pons, J., Muinos, F., Bertl, J., Guo, Q., Bazant, W., Barrera, E., Al-Sedairy, S. T., Aretz, A., Bell, C., Betancourt, M., Buchholz, C., Calvo, F., Chomienne, C., Dunn, M., Edmonds, S., Green, E., Gupta, S., Hutter, C. M., Jegalian, K., Jones, N., Lu, Y., Nakagama, H., Nettekoven, G., Planko, L., Scott, D., Shibata, T., Shimizu, K., Stratton, M. R., Yugawa, T., Tortora, G., VijayRaghavan, K., Zenklusen, J.C., Knoppers, B. M., Aminou, B., Bartolome, J., Boroevich, K. A., Boyce, R., Buchanan, A., Byrne, N. J., Chen, Z., Cho, S., Choi, W., Clapham, P., Dow, M. T., Eils, J., Farcas, C., Fayzullaev, N., Flicek, P., Heath, A. P., Hofmann, O., Hong, J. H., Hudson, T. J., Huebschmann, D., Ivkovic, S., Jeon, S-H., Jiao, W., Kabbe, R., Kerssemakers, J. N. A., Kim, H., Kim, J., Koscher, M., Koures, A., Kovacevic, M., Lawerenz, C., Liu, J., Mijalkovic, S., Mijalkovic-Lazic, A., Miyano, S., Nastic, M., Nicholson, J., Ocana, D., Ohi, K., Ohno-Machado, L., Pihl, T. D., Prinz, M., Radovic, P., Short, C., Sofia, H. J., Spring, J., Struck, A. J., Tijanic, N., Vicente, D., Wang, Z., Williams, A., Woo, Y., Wright, A. J., Yang, L., Hamilton, M. P., Johnson, T. A., Kahraman, A., Kellis, M., Polak, P., Sallari, R., Sinnott-Armstrong, N., von Mering, C., Beltran, S., Gerhard, D. S., Gut, M., Trotta, J-R., Whalley, J. P., Niu, B., Espiritu, S. M. G., Gao, S., Huang, Y., Lalansingh, C. M., Teague, J. W., Wendl, M. C., Abascal, F., Bader, G. D., Bandopadhayay, P., Barenboim, J., Brunak, S., Fita, J. C., Chakravarty, D., Chan, C. W. Y., Choi, J. K., Diamanti, K., Fink, J. L., Frigola, J., Gambacorti-Passerini, C., Garsed, D. W., Haradhvala, N. J., Harmanci, A. O., Helmy, M., Herrmann, C., Hobolth, A., Hodzic, E., Hong, C., Isaev, K., Izarzugaza, J. M. G., Johnson, R., Juul, R. I., Kim, J. K., Komorowski, J., Lanzos, A., Larsson, E., Lee, D., Lin, Z., Liu, E. M., Lochovsky, L., Lou, S., Madsen, T., Marchal, K., Fundichely, A. M., McGillivray, P. D., Meyerson, W., Paczkowska, M., Park, K., Pons, T., Pulido-Tamayo, S., Reyes Salazar, I., Reyna, M. A., Rubin, M. A., Salichos, L., Sander, C., Schumacher, S. E., Shackleton, M., Shen, C., Shrestha, R., Shuai, S., Tsunoda, T., Umer, H. M., Uuskula-Reimand, L., Verbeke, L. P. C., Wadelius, C., Wadi, L., Warrell, J., Wu, G., Yu, J., Zhang, Y., Zhao, Z., Zou, L., Lawrence, M. S., Raphael, B. J., Bailey, P. J., Craft, D., Goldman, M. J., Aburatani, H., Binder, H., Dinh, H. Q., Heath, S. C., Hoffmann, S., Imbusch, C. D., Kretzmer, H., Laird, P. W., Martin-Subero, J. I., Nagae, G., Shen, H., Wang, Q., Weichenhan, D., Zhou, W., Berman, B. P., Brors, B., Plass, C., Akdemir, K. C., Bowtell, D. D. L., Burns, K. H., Busanovich, J., Chan, K., Dueso-Barroso, A., Edwards, P. A., Etemadmoghadam, D., Haber, J. E., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Koh, Y., Kumar, K., Lee, E. A., Lee, J. Je-K., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Navarro, F. C. P., Pearson, J. V., Rippe, K., Scully, R., Villasante, I., Waddell, N., Yao, X., Yoon, S-S., Zhang, C-Z., Bergstrom, E. N., Boot, A., Covington, K., Fujimoto, A., Huang, M. N., Islam, S. M. A., McPherson, J. R., Morganella, S., Mustonen, V., Ng, A. W. T., Prokopec, S. D., Vazquez-Garcia, I., Wu, Y., Yousif, F., Yu, W., Rozen, S. G., Rudneva, V. A., Shringarpure, S. S., Turner, D. J., Xia, T., Atwal, G., Chang, D. K., Cooke, S. L., Faltas, B. M., Haider, S., Kaiser, V. B., Karlic, R., Kato, M., Kubler, K., Margolin, A., Martin, S., Nik-Zainal, S., P'ng, C., Semple, C. A., Smith, J., Sun, R. X., Thai, K., Wright, D. W., Yuan, K., Biankin, A. V., Garraway, L., Grimmond, S. M., Adams, D. J., Anur, P., Cao, S., Christie, E. L., Cmero, M., Cun, Y., Dawson, K. J., Dentro, S. C., Deshwar, A. G., Donmez, N., Drews, R. M., Gerstung, M., Ha, G., Haase, K., Jerman, L., Ji, Y., Jolly, C., Lee, J., Lee-Six, H., Malikic, S., Mitchell, T. J., Morris, Q. D., Oesper, L., Peifer, M., Peto, M., Rosebrock, D., Rubanova, Y., Salcedo, A., Sengupta, S., Shi, R., Shin, S. J., Spiro, O., Vembu, S., Wintersinger, J. A., Yang, T-P., Yu, K., Zhu, H., Spellman, P. T., Weinstein, J. N., Chen, Y., Fujita, M., Han, L., Hasegawa, T., Komura, M., Li, J., Mizuno, S., Shimizu, E., Wang, Y., Xu, Y., Yamaguchi, R., Yang, F., Yang, Y., Yoon, C. J., Yuan, Y., Liang, H., Alawi, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Cooper, C. S., Desai, N., Grundhoff, A., Iskar, M., Su, X., Zapatka, M., Lichter, P., Alsop, K., Bruxner, T. J. C., Christ, A. N., Cordner, S. M., Cowin, P. A., Drapkin, R., Fereday, S., George, J., Hamilton, A., Holmes, O., Hung, J. A., Kassahn, K. S., Kazakoff, S. H., Kennedy, C. J., Leonard, C. R., Mileshkin, L., Miller, D. K., Arnau, G. M., Mitchell, C., Newell, F., Nones, K., Patch, A-M., Quinn, M. C., Taylor, D. F., Thorne, H., Traficante, N., Vedururu, R., Waddell, N. M., Waring, P. M., Wood, S., Xu, Q., DeFazio, A., Anderson, M. J., Antonello, D., Barbour, A. P., Bassi, C., Bersani, S., Cataldo, I., Chantrill, L. A., Chiew, Y-E., Chou, A., Cingarlini, S., Cloonan, N., Corbo, V., Davi, M. V., Duthie, F. R., Gill, A. J., Graham, J. S., Harliwong, I., Jamieson, N. B., Johns, A. L., Kench, J. G., Landoni, L., Lawlor, R. T., Mafficini, A., Merrett, N. D., Miotto, M., Musgrove, E. A., Nagrial, A. M., Oien, K. A., Pajic, M., Pinese, M., Robertson, A. J., Rooman, I., Rusev, B. C., Samra, J. S., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Sereni, E., Sikora, K. O., Simbolo, M., Taschuk, M. L., Toon, C. W., Vicentini, C., Wu, J., Zeps, N., Behren, A., Burke, H., Cebon, J., Dagg, R. A., De Paoli-Iseppi, R., Dutton-Regester, K., Field, M. A., Fitzgerald, A., Hersey, P., Jakrot, V., Johansson, P. A., Kakavand, H., Kefford, R. F., Lau, L. M. S., Long, G. V., Pickett, H. A., Pritchard, A. L., Pupo, G. M., Saw, R. P. M., Schramm, S-J., Shang, C. A., Shang, P., Spillane, A. J., Stretch, J. R., Tembe, V., Thompson, J. F., Vilain, R. E., Wilmott, J. S., Yang, J. Y., Hayward, N. K., Mann, G. J., Scolyer, R. A., Bartlett, J., Bavi, P., Chadwick, D. E., Chan-Seng-Yue, M., Cleary, S., Connor, A. A., Czajka, K., Denroche, R. E., Dhani, N. C., Eagles, J., Gallinger, S., Grant, R. C., Hedley, D., Hollingsworth, M. A., Jang, G. H., Johns, J., Kalimuthu, S., Liang, S-B., Lungu, I., Luo, X., Mbabaali, F., McPherson, T. A., Miller, J. K., Moore, M. J., Notta, F., Pasternack, D., Petersen, G. M., Roehrl, M. H. A., Sam, M., Selander, I., Serra, S., Shahabi, S., Thayer, S. P., Timms, L. E., Wilson, G. W., Wilson, J. M., Wouters, B. G., McPherson, J. D., Beck, T. A., Bhandari, V., Collins, C. C., Fleshner, N. E., Fox, N. S., Fraser, M., Heisler, L. E., Lalonde, E., Livingstone, J., Meng, A., Sabelnykova, V. Y., Shiah, Y-J., Van Der Kwast, T., Bristow, R. G., Ding, S., Fan, D., Li, L., Nie, Y., Xiao, X., Xing, R., Yang, S., Yu, Y., Zhou, Y., Banks, R. E., Bourque, G., Brennan, P., Letourneau, L., Riazalhosseini, Y., Scelo, G., Vasudev, N., Viksna, J., Lathrop, M., Tost, J., Ahn, S-M., Aparicio, S., Arnould, L., Aure, M. R., Bhosle, S. G., Birney, E., Borg, A., Boyault, S., Brinkman, A. B., Brock, J. E., Broeks, A., Borresen-Dale, A-L., Caldas, C., Chin, S-F., Davies, H., Desmedt, C., Dirix, L., Dronov, S., Ehinger, A., Eyfjord, J. E., Fatima, A., Foekens, J. A., Futreal, P. A., Garred, O., Giri, D. D., Glodzik, D., Grabau, D., Hilmarsdottir, H., Hooijer, G. K., Jacquemier, J., Jang, S. J., Jonasson, J. G., Jonkers, J., Kim, H-Y., King, T. A., Knappskog, S., Kong, G., Krishnamurthy, S., Lakhani, S. R., Langerod, A., Larsimont, D., Lee, H. J., Lee, J-Y., Lee, M. T. M., Lingjaerde, O. C., MacGrogan, G., Martens, J. W. M., O'Meara, S., Pauporte, I., Pinder, S., Pivot, X., Provenzano, E., Purdie, C. A., Ramakrishna, M., Ramakrishnan, K., Reis-Filho, J., Richardson, A. L., Ringner, M., Rodriguez, J. B., Rodriguez-Gonzalez, F. G., Romieu, G., Salgado, R., Sauer, T., Shepherd, R., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Smid, M., Sotiriou, C., Span, P. N., Stefansson, O. A., Stenhouse, A., Stunnenberg, H. G., Sweep, F., Tan, B. K. T., Thomas, G., Thompson, A. M., Tommasi, S., Treilleux, I., Tutt, A., Ueno, N. T., Van Laere, S., Van den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Viari, A., Vincent-Salomon, A., Wong, B. H., Yates, L., Zou, X., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van't Veer, L., Ammerpohl, O., Aukema, S., Bergmann, A. K., Bernhart, S. H., Borkhardt, A., Borst, C., Burkhardt, B., Claviez, A., Goebler, M. E., Haake, A., Haas, S., Hansmann, M., Hoell, J. I., Hummel, M., Karsch, D., Klapper, W., Kneba, M., Kreuz, M., Kube, D., Kueppers, R., Lenze, D., Loeffler, M., Lopez, C., Mantovani-Loeffler, L., Moeller, P., Ott, G., Radlwimmer, B., Richter, J., Rohde, M., Rosenstiel, P. C., Rosenwald, A., Schilhabel, M. B., Schreiber, S., Stadler, P. F., Staib, P., Stilgenbauer, S., Sungalee, S., Szczepanowski, M., Toprak, U. H., Truemper, L. H. P., Wagener, R., Zenz, T., Hovestadt, V., von Kalle, C., Kool, M., Korshunov, A., Landgraf, P., Lehrach, H., Northcott, P. A., Pfister, S. M., Reifenberger, G., Warnatz, H-J., Wolf, S., Yaspo, M-L., Assenov, Y., Gerhauser, C., Minner, S., Schlomm, T., Simon, R., Sauter, G., Sueltmann, H., Biswas, N. K., Maitra, A., Majumder, P. P., Sarin, R., Barbi, S., Bonizzato, G., Cantu, C., Dei Tos, A. P., Fassan, M., Grimaldi, S., Luchini, C., Malleo, G., Marchegiani, G., Milella, M., Paiella, S., Pea, A., Pederzoli, P., Ruzzenente, A., Salvia, R., Sperandio, N., Arai, Y., Hama, N., Hiraoka, N., Hosoda, F., Nakamura, H., Ojima, H., Okusaka, T., Totoki, Y., Urushidate, T., Fukayama, M., Ishikawa, S., Katai, H., Katoh, H., Komura, D., Rokutan, H., Saito-Adachi, M., Suzuki, A., Taniguchi, H., Tatsuno, K., Ushiku, T., Yachida, S., Yamamoto, S., Aikata, H., Arihiro, K., Ariizumi, S., Chayama, K., Furuta, M., Gotoh, K., Hayami, S., Hirano, S., Kawakami, Y., Maejima, K., Nakamura, T., Nakano, K., Ohdan, H., Sasaki-Oku, A., Tanaka, H., Ueno, M., Yamamoto, M., Yamaue, H., Choo, S. P., Cutcutache, I., Khuntikeo, N., Ong, C. K., Pairojkul, C., Popescu, I., Ahn, K. S., Aymerich, M., Lopez-Guillermo, A., Lopez-Otin, C., Puente, X. S., Campo, E., Amary, F., Baumhoer, D., Behjati, S., Bjerkehagen, B., Myklebost, O., Pillay, N., Tarpey, P., Tirabosco, R., Zaikova, O., Flanagan, A. M., Boultwood, J., Bowen, D. T., Cazzola, M., Green, A. R., Hellstrom-Lindberg, E., Malcovati, L., Nangalia, J., Papaemmanuil, E., Vyas, P., Ang, Y., Barr, H., Beardsmore, D., Eldridge, M., Gossage, J., Grehan, N., Hanna, G. B., Hayes, S. J., Hupp, T. R., Khoo, D., Lagergren, J., Lovat, L. B., MacRae, S., O'Donovan, M., O'Neill, J. R., Parsons, S. L., Preston, S. R., Puig, S., Roques, T., Sanders, G., Sothi, S., Tavare, S., Tucker, O., Turkington, R., Underwood, T. J., Welch, I., Fitzgerald, R. C., Berney, D. M., De Bono, J. S., Cahill, D., Camacho, N., Dennis, N. M., Dudderidge, T., Edwards, S. E., Fisher, C., Foster, C. S., Ghori, M., Gill, P., Gnanapragasam, V. J., Gundem, G., Hamdy, F. C., Hawkins, S., Hazell, S., Howat, W., Isaacs, W. B., Karaszi, K., Kay, J. D., Khoo, V., Kote-Jarai, Z., Kremeyer, B., Kumar, P., Lambert, A., Leongamornlert, D. A., Livni, N., Lu, Y-J., Luxton, H. J., Marsden, L., Massie, C. E., Matthews, L., Mayer, E., McDermott, U., Merson, S., Neal, D. E., Ng, A., Nicol, D., Ogden, C., Rowe, E. W., Shah, N. C., Thomas, S., Thompson, A., Verrill, C., Visakorpi, T., Warren, A. Y., Whitaker, H. C., Zhang, H., van As, N., Eeles, R. A., Abeshouse, A., Agrawal, N., Akbani, R., Al Ahmadie, H., Albert, M., Aldape, K., Ally, A., Appelbaum, E. L., Armenia, J., Asa, S., Auman, J. T., Balasundaram, M., Balu, S., Barnholtz-Sloan, J., Bathe, O. F., Baylin, S. B., Benz, C., Berchuck, A., Berrios, M., Bigner, D., Birrer, M., Bodenheimer, T., Boice, L., Bootwalla, M. S., Bosenberg, M., Bowlby, R., Boyd, J., Broaddus, R. R., Brock, M., Brooks, D., Bullman, S., Caesar-Johnson, S. J., Carey, T. E., Carlsen, R., Cerfolio, R., Chandan, V. S., Chen, H-W., Cherniack, A. D., Chien, J., Cho, J., Chuah, E., Cibulskis, C., Cope, L., Cordes, M. G., Curley, E., Czerniak, B., Danilova, L., Davis, I. J., Defreitas, T., Demchok, J. A., Dhalla, N., Dhir, R., Doddapaneni, H., El-Naggar, A., Felau, I., Ferguson, M. L., Finocchiaro, G., Fong, K. M., Frazer, S., Friedman, W., Fronick, C. C., Fulton, L. A., Gabriel, S. B., Gao, J., Gehlenborg, N., Gershenwald, J. E., Ghossein, R., Giama, N. H., Gibbs, R. A., Gomez, C., Govindan, R., Hayes, D. N., Hegde, A. M., Heiman, D. I., Heins, Z., Hepperla, A. J., Holbrook, A., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Hruban, R. H., Hu, J., Huang, M., Huntsman, D., Huse, J., Donahue, C. A. I., Ittmann, M., Jayaseelan, J. C., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Juhl, H., Kang, K. J., Karlan, B., Kasaian, K., Kebebew, E., Kim, H. K., Korchina, V., Kundra, R., Lai, P. H., Lander, E., Le, X., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, H. I., Lin, P., Linehan, W. M., Liu, F. F., Lype, L., Ma, Y., Maglinte, D. T., Mardis, E. R., Marks, J., Marra, M. A., Matthew, T. J., Mayo, M., McCune, K., Meier, S. R., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Mikkelsen, T., Miller, C. A., Mills, G. B., Moore, R. A., Morrison, C., Mose, L. E., Moser, C. D., Mungall, A. J., Mungall, K., Mutch, D., Muzny, D. M., Myers, J., Newton, Y., Noble, M. S., O'Donnell, P., O'Neill, B. P., Ochoa, A., Park, J-W., Parker, J. S., Pass, H., Pastore, A., Pennell, N. A., Perou, C. M., Petrelli, N., Potapova, O., Rader, J. S., Ramalingam, S., Rathmell, W. K., Reuter, V., Reynolds, S. M., Ringel, M., Roach, J., Roberts, L. R., Robertson, A. G., Sadeghi, S., Saller, C., Sanchez-Vega, F., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schmidt, H. K., Schultz, N., Seethala, R., Senbabaoglu, Y., Shelton, T., Shi, Y., Shih, J., Shmulevich, I., Shriver, C., Signoretti, S., Simons, J. V., Singer, S., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., McCune, K. S., Socci, N. D., Soloway, M. G., Sood, A. K., Tam, A., Tan, D., Tarnuzzer, R., Thiessen, N., Thompson, R. H., Thorne, L. B., Tsao, M., Umbricht, C., Van Den Berg, D. J., Van Meir, E. G., Veluvolu, U., Voet, D., Wang, L., Weinberger, P., Weisenberger, D. J., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wiznerowicz, M., Wong, T., Wong, W., Xi, L., Yau, C.

مصطلحات موضوعية: RC0254 Neoplasms. Tumors. Oncology (including Cancer)

الوصف: Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4–5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter; identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation; analyses timings and patterns of tumour evolution; describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity; and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes.

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العلاقة: https://openaccess.city.ac.uk/id/eprint/28986/1/s41586-020-1969-6.pdfTest; Campbell, P. J., Getz, G., Korbel, J. O. , Stuart, J. M., Jennings, J. L., Stein, L. D., Perry, M. D., Nahal-Bose, H. K., Ouellette, B. F. F., Li, C. H., Rheinbay, E., Nielsen, G. P., Sgroi, D. C., Wu, C-L., Faquin, W. C., Deshpande, V., Boutros, P. C., Lazar, A. J., Hoadley, K. A., Louis, D. N., Dursi, L. J., Yung, C. K., Bailey, M. H., Saksena, G., Raine, K. M., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Schlesner, M., Zhang, J., Wang, W., Wheeler, D. A., Ding, L., Simpson, J. T., O'Connor, B. D., Yakneen, S., Ellrott, K., Miyoshi, N., Butler, A. P., Royo, R., Shorser, S. I., Vazquez, M., Rausch, T., Tiao, G., Waszak, S. M., Rodriguez-Martin, B., Shringarpure, S., Wu, D-Y., Demidov, G. M., Delaneau, O., Hayashi, S., Imoto, S., Habermann, N., Segre, A. V., Garrison, E., Cafferkey, A., Alvarez, E. G., Maria Heredia-Genestar, J., Muyas, F., Drechsel, O., Bruzos, A. L., Temes, J., Zamora, J., Baez-Ortega, A., Kim, H-L., Mashl, R. J., Ye, K., DiBiase, A., Huang, K-l., Letunic, I., McLellan, M. D., Newhouse, S. J., Shmaya, T., Kumar, S., Wedge, D. C., Wright, M. H., Yellapantula, V. D., Gerstein, M., Khurana, E., Marques-Bonet, T., Navarro, A., Bustamante, C. D., Siebert, R., Nakagawa, H., Easton, D. F., Ossowski, S., Tubio, J. M. C., De La Vega, F. M., Estivill, X., Yuen, D., Mihaiescu, G. L., Omberg, L., Ferretti, V., Sabarinathan, R., Pich, O., Gonzalez-Perez, A., Weiner, A. T., Fittall, M. W., Demeulemeester, J., Tarabichi, M., Roberts, N. D., Van Loo, P., Cortes-Ciriano, I., Urban, L., Park, P., Zhu, B., Pitkaenen, E., Li, Y., Saini, N., Klimczak, L. J., Weischenfeldt, J., Sidiropoulos, N., Alexandrov, L. B., Rabionet, R., Escaramis, G., Bosio, M., Holik, A. Z., Susak, H., Prasad, A., Erkek, S., Calabrese, C., Raeder, B., Harrington, E., Mayes, S., Turner, D., Juul, S., Roberts, S. A., Song, L., Koster, R., Mirabello, L., Hua, X., Tanskanen, T. J., Tojo, M., Chen, J., Aaltonen, L. A., Ratsch, G., Schwarz, R. F., Butte, A.l J., Brazma, A., Chanock, S. J., Chatterjee, N., Stegle, O., Harismendy, O., Bova, G. S., Gordenin, D. A., Haan, D., Sieverling, L., Feuerbach, L., Chalmers, D., Joly, Y., Knoppers, B., Molnar-Gabor, F., Phillips, M., Thorogood, A., Townend, D. https://openaccess.city.ac.uk/view/creators_id/david=2Etownend.htmlTest orcid:0000-0002-2409-0288 orcid:0000-0002-2409-0288 , Goldman, M., Fonseca, N. A., Xiang, Q., Craft, B., Pineiro-Yanez, E., Munoz, A., Petryszak, R., Fullgrabe, A., Al-Shahrour, F., Keays, M., Haussler, D., Weinstein, J., Huber, W., Valencia, A., Papatheodorou, I., Zhu, J., Fan, Y., Torrents, D., Bieg, M., Chen, K., Chong, Z., Cibulskis, K., Eils, R., Fulton, R. S., Gelpi, J. L., Gonzalez, S., Gut, I. 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R., Kilpinen, H., Lamaze, F. C., Li, C., Li, X., Li, X., Liu, X., Marin, M. G., Markowski, J., Nandi, T., Ojesina, A. I., Pan-Hammarstrom, Q., Park, P. J., Pedamallu, C. S., Su, H., Tan, P., Teh, B. T., Wang, J., Xiong, H., Ye, C., Yung, C., Zhang, X., Zheng, L., Zhu, S., Awadalla, P., Creighton, C. J., Wu, K., Yang, H., Goke, J., Zhang, Z., Brooks, A. N., Martincorena, I., Rubio-Perez, C., Juul, M., Schumacher, S., Shapira, O., Tamborero, D., Mularoni, L., Hornshoj, H., Deu-Pons, J., Muinos, F., Bertl, J., Guo, Q., Bazant, W., Barrera, E., Al-Sedairy, S. T., Aretz, A., Bell, C., Betancourt, M., Buchholz, C., Calvo, F., Chomienne, C., Dunn, M., Edmonds, S., Green, E., Gupta, S., Hutter, C. M., Jegalian, K., Jones, N., Lu, Y., Nakagama, H., Nettekoven, G., Planko, L., Scott, D., Shibata, T., Shimizu, K., Stratton, M. R., Yugawa, T., Tortora, G., VijayRaghavan, K., Zenklusen, J.C., Knoppers, B. M., Aminou, B., Bartolome, J., Boroevich, K. A., Boyce, R., Buchanan, A., Byrne, N. J., Chen, Z., Cho, S., Choi, W., Clapham, P., Dow, M. T., Dursi, L. J., Eils, J., Farcas, C., Fayzullaev, N., Flicek, P., Heath, A. P., Hofmann, O., Hong, J. H., Hudson, T. J., Huebschmann, D., Ivkovic, S., Jeon, S-H., Jiao, W., Kabbe, R., Kerssemakers, J. N. A., Kim, H., Kim, J., Koscher, M., Koures, A., Kovacevic, M., Lawerenz, C., Liu, J., Mijalkovic, S., Mijalkovic-Lazic, A., Miyano, S., Nastic, M., Nicholson, J., Ocana, D., Ohi, K., Ohno-Machado, L., Pihl, T. D., Prinz, M., Radovic, P., Short, C., Sofia, H. J., Spring, J., Struck, A. J., Tijanic, N., Vicente, D., Wang, Z., Williams, A., Woo, Y., Wright, A. J., Yang, L., Hamilton, M. P., Johnson, T. A., Kahraman, A., Kellis, M., Polak, P., Sallari, R., Sinnott-Armstrong, N., von Mering, C., Beltran, S., Gerhard, D. S., Gut, M., Trotta, J-R., Whalley, J. P., Niu, B., Espiritu, S. M. G., Gao, S., Huang, Y., Lalansingh, C. M., Teague, J. W., Wendl, M. C., Abascal, F., Bader, G. D., Bandopadhayay, P., Barenboim, J., Brunak, S., Fita, J. C., Chakravarty, D., Chan, C. W. Y., Choi, J. K., Diamanti, K., Fink, J. L., Frigola, J., Gambacorti-Passerini, C., Garsed, D. W., Haradhvala, N. J., Harmanci, A. O., Helmy, M., Herrmann, C., Hobolth, A., Hodzic, E., Hong, C., Isaev, K., Izarzugaza, J. M. G., Johnson, R., Juul, R. I., Kim, J., Kim, J. K., Komorowski, J., Lanzos, A., Larsson, E., Lee, D., Li, S., Li, X., Lin, Z., Liu, E. M., Lochovsky, L., Lou, S., Madsen, T., Marchal, K., Fundichely, A. M., McGillivray, P. D., Meyerson, W., Paczkowska, M., Park, K., Park, K., Pons, T., Pulido-Tamayo, S., Reyes Salazar, I., Reyna, M. A., Rubin, M. A., Salichos, L., Sander, C., Schumacher, S. E., Shackleton, M., Shen, C., Shrestha, R., Shuai, S., Tsunoda, T., Umer, H. M., Uuskula-Reimand, L., Verbeke, L. P. C., Wadelius, C., Wadi, L., Warrell, J., Wu, G., Yu, J., Zhang, J., Zhang, X., Zhang, Y., Zhao, Z., Zou, L., Lawrence, M. S., Raphael, B. J., Bailey, P. J., Craft, D., Goldman, M. J., Aburatani, H., Binder, H., Dinh, H. Q., Heath, S. C., Hoffmann, S., Imbusch, C. D., Kretzmer, H., Laird, P. W., Martin-Subero, J. I., Nagae, G., Shen, H., Wang, Q., Weichenhan, D., Zhou, W., Berman, B. P., Brors, B., Plass, C., Akdemir, K. C., Bowtell, D. D. L., Burns, K. H., Busanovich, J., Chan, K., Dueso-Barroso, A., Edwards, P. A., Etemadmoghadam, D., Haber, J. E., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Koh, Y., Kumar, K., Lee, E. A., Lee, J. Je-K., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Navarro, F. C. P., Pearson, J. V., Rippe, K., Scully, R., Villasante, I., Waddell, N., Yang, L., Yao, X., Yoon, S-S., Zhang, C-Z., Bergstrom, E. N., Boot, A., Covington, K., Fujimoto, A., Huang, M. N., Islam, S. M. A., McPherson, J. R., Morganella, S., Mustonen, V., Ng, A. W. T., Prokopec, S. D., Vazquez-Garcia, I., Wu, Y., Yousif, F., Yu, W., Rozen, S. G., Rudneva, V. A., Shringarpure, S. S., Turner, D. J., Xia, T., Atwal, G., Chang, D. K., Cooke, S. 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S., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Sereni, E., Sikora, K. O., Simbolo, M., Taschuk, M. L., Toon, C. W., Vicentini, C., Wu, J., Zeps, N., Behren, A., Burke, H., Cebon, J., Dagg, R. A., De Paoli-Iseppi, R., Dutton-Regester, K., Field, M. A., Fitzgerald, A., Hersey, P., Jakrot, V., Johansson, P. A., Kakavand, H., Kefford, R. F., Lau, L. M. S., Long, G. V., Pickett, H. A., Pritchard, A. L., Pupo, G. M., Saw, R. P. M., Schramm, S-J., Shang, C. A., Shang, P., Spillane, A. J., Stretch, J. R., Tembe, V., Thompson, J. F., Vilain, R. E., Wilmott, J. S., Yang, J. Y., Hayward, N. K., Mann, G. J., Scolyer, R. A., Bartlett, J., Bavi, P., Chadwick, D. E., Chan-Seng-Yue, M., Cleary, S., Connor, A. A., Czajka, K., Denroche, R. E., Dhani, N. C., Eagles, J., Gallinger, S., Grant, R. C., Hedley, D., Hollingsworth, M. A., Jang, G. H., Johns, J., Kalimuthu, S., Liang, S-B., Lungu, I., Luo, X., Mbabaali, F., McPherson, T. A., Miller, J. K., Moore, M. J., Notta, F., Pasternack, D., Petersen, G. 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K., Jacquemier, J., Jang, S. J., Jonasson, J. G., Jonkers, J., Kim, H-Y., King, T. A., Knappskog, S., Kong, G., Krishnamurthy, S., Lakhani, S. R., Langerod, A., Larsimont, D., Lee, H. J., Lee, J-Y., Lee, M. T. M., Lingjaerde, O. C., MacGrogan, G., Martens, J. W. M., O'Meara, S., Pauporte, I., Pinder, S., Pivot, X., Provenzano, E., Purdie, C. A., Ramakrishna, M., Ramakrishnan, K., Reis-Filho, J., Richardson, A. L., Ringner, M., Rodriguez, J. B., Rodriguez-Gonzalez, F. G., Romieu, G., Salgado, R., Sauer, T., Shepherd, R., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Smid, M., Sotiriou, C., Span, P. N., Stefansson, O. A., Stenhouse, A., Stunnenberg, H. G., Sweep, F., Tan, B. K. T., Thomas, G., Thompson, A. M., Tommasi, S., Treilleux, I., Tutt, A., Ueno, N. T., Van Laere, S., Van den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Viari, A., Vincent-Salomon, A., Wong, B. H., Yates, L., Zou, X., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van't Veer, L., Ammerpohl, O., Aukema, S., Bergmann, A. K., Bernhart, S. H., Borkhardt, A., Borst, C., Burkhardt, B., Claviez, A., Goebler, M. E., Haake, A., Haas, S., Hansmann, M., Hoell, J. I., Hummel, M., Karsch, D., Klapper, W., Kneba, M., Kreuz, M., Kube, D., Kueppers, R., Lenze, D., Loeffler, M., Lopez, C., Mantovani-Loeffler, L., Moeller, P., Ott, G., Radlwimmer, B., Richter, J., Rohde, M., Rosenstiel, P. C., Rosenwald, A., Schilhabel, M. B., Schreiber, S., Stadler, P. F., Staib, P., Stilgenbauer, S., Sungalee, S., Szczepanowski, M., Toprak, U. H., Truemper, L. H. P., Wagener, R., Zenz, T., Hovestadt, V., von Kalle, C., Kool, M., Korshunov, A., Landgraf, P., Lehrach, H., Northcott, P. A., Pfister, S. M., Reifenberger, G., Warnatz, H-J., Wolf, S., Yaspo, M-L., Assenov, Y., Gerhauser, C., Minner, S., Schlomm, T., Simon, R., Sauter, G., Sueltmann, H., Biswas, N. K., Maitra, A., Majumder, P. P., Sarin, R., Barbi, S., Bonizzato, G., Cantu, C., Dei Tos, A. P., Fassan, M., Grimaldi, S., Luchini, C., Malleo, G., Marchegiani, G., Milella, M., Paiella, S., Pea, A., Pederzoli, P., Ruzzenente, A., Salvia, R., Sperandio, N., Arai, Y., Hama, N., Hiraoka, N., Hosoda, F., Nakamura, H., Ojima, H., Okusaka, T., Totoki, Y., Urushidate, T., Fukayama, M., Ishikawa, S., Katai, H., Katoh, H., Komura, D., Rokutan, H., Saito-Adachi, M., Suzuki, A., Taniguchi, H., Tatsuno, K., Ushiku, T., Yachida, S., Yamamoto, S., Aikata, H., Arihiro, K., Ariizumi, S., Chayama, K., Furuta, M., Gotoh, K., Hayami, S., Hirano, S., Kawakami, Y., Maejima, K., Nakamura, T., Nakano, K., Ohdan, H., Sasaki-Oku, A., Tanaka, H., Ueno, M., Yamamoto, M., Yamaue, H., Choo, S. P., Cutcutache, I., Khuntikeo, N., Ong, C. K., Pairojkul, C., Popescu, I., Ahn, K. S., Aymerich, M., Lopez-Guillermo, A., Lopez-Otin, C., Puente, X. S., Campo, E., Amary, F., Baumhoer, D., Behjati, S., Bjerkehagen, B., Futreal, P. A., Myklebost, O., Pillay, N., Tarpey, P., Tirabosco, R., Zaikova, O., Flanagan, A. M., Boultwood, J., Bowen, D. T., Cazzola, M., Green, A. R., Hellstrom-Lindberg, E., Malcovati, L., Nangalia, J., Papaemmanuil, E., Vyas, P., Ang, Y., Barr, H., Beardsmore, D., Eldridge, M., Gossage, J., Grehan, N., Hanna, G. B., Hayes, S. J., Hupp, T. R., Khoo, D., Lagergren, J., Lovat, L. B., MacRae, S., O'Donovan, M., O'Neill, J. R., Parsons, S. L., Preston, S. R., Puig, S., Roques, T., Sanders, G., Sothi, S., Tavare, S., Tucker, O., Turkington, R., Underwood, T. J., Welch, I., Fitzgerald, R. C., Berney, D. M., De Bono, J. S., Cahill, D., Camacho, N., Dennis, N. M., Dudderidge, T., Edwards, S. E., Fisher, C., Foster, C. S., Ghori, M., Gill, P., Gnanapragasam, V. J., Gundem, G., Hamdy, F. C., Hawkins, S., Hazell, S., Howat, W., Isaacs, W. B., Karaszi, K., Kay, J. D., Khoo, V., Kote-Jarai, Z., Kremeyer, B., Kumar, P., Lambert, A., Leongamornlert, D. A., Livni, N., Lu, Y-J., Luxton, H. J., Marsden, L., Massie, C. E., Matthews, L., Mayer, E., McDermott, U., Merson, S., Neal, D. E., Ng, A., Nicol, D., Ogden, C., Rowe, E. W., Shah, N. C., Thomas, S., Thompson, A., Verrill, C., Visakorpi, T., Warren, A. Y., Whitaker, H. C., Zhang, H., van As, N., Eeles, R. A., Abeshouse, A., Agrawal, N., Akbani, R., Al Ahmadie, H., Albert, M., Aldape, K., Ally, A., Appelbaum, E. L., Armenia, J., Asa, S., Auman, J. T., Balasundaram, M., Balu, S., Barnholtz-Sloan, J., Bathe, O. F., Baylin, S. B., Benz, C., Berchuck, A., Berrios, M., Bigner, D., Birrer, M., Bodenheimer, T., Boice, L., Bootwalla, M. S., Bosenberg, M., Bowlby, R., Boyd, J., Broaddus, R. R., Brock, M., Brooks, D., Bullman, S., Caesar-Johnson, S. J., Carey, T. E., Carlsen, R., Cerfolio, R., Chandan, V. S., Chen, H-W., Cherniack, A. D., Chien, J., Cho, J., Chuah, E., Cibulskis, C., Cope, L., Cordes, M. G., Curley, E., Czerniak, B., Danilova, L., Davis, I. J., Defreitas, T., Demchok, J. A., Dhalla, N., Dhir, R., Doddapaneni, H., El-Naggar, A., Felau, I., Ferguson, M. L., Finocchiaro, G., Fong, K. M., Frazer, S., Friedman, W., Fronick, C. C., Fulton, L. A., Gabriel, S. B., Gao, J., Gehlenborg, N., Gershenwald, J. E., Ghossein, R., Giama, N. H., Gibbs, R. A., Gomez, C., Govindan, R., Hayes, D. N., Hegde, A. M., Heiman, D. I., Heins, Z., Hepperla, A. J., Holbrook, A., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Hruban, R. H., Hu, J., Huang, M., Huntsman, D., Huse, J., Donahue, C. A. I., Ittmann, M., Jayaseelan, J. C., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Juhl, H., Kang, K. J., Karlan, B., Kasaian, K., Kebebew, E., Kim, H. K., Korchina, V., Kundra, R., Lai, P. H., Lander, E., Le, X., Lee, D., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, H. I., Lin, P., Linehan, W. M., Liu, F. F., Lu, Y., Lype, L., Ma, Y., Maglinte, D. T., Mardis, E. R., Marks, J., Marra, M. A., Matthew, T. J., Mayo, M., McCune, K., Meier, S. R., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Mikkelsen, T., Miller, C. A., Mills, G. B., Moore, R. A., Morrison, C., Mose, L. E., Moser, C. D., Mungall, A. J., Mungall, K., Mutch, D., Muzny, D. M., Myers, J., Newton, Y., Noble, M. S., O'Donnell, P., O'Neill, B. P., Ochoa, A., Park, J-W., Parker, J. S., Pass, H., Pastore, A., Pennell, N. A., Perou, C. M., Petrelli, N., Potapova, O., Rader, J. S., Ramalingam, S., Rathmell, W. K., Reuter, V., Reynolds, S. M., Ringel, M., Roach, J., Roberts, L. R., Robertson, A. G., Sadeghi, S., Saller, C., Sanchez-Vega, F., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schmidt, H. K., Schultz, N., Seethala, R., Senbabaoglu, Y., Shelton, T., Shi, Y., Shih, J., Shmulevich, I., Shriver, C., Signoretti, S., Simons, J. V., Singer, S., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., McCune, K. S., Socci, N. D., Soloway, M. G., Sood, A. K., Tam, A., Tan, D., Tarnuzzer, R., Thiessen, N., Thompson, R. H., Thorne, L. B., Tsao, M., Umbricht, C., Van Den Berg, D. J., Van Meir, E. G., Veluvolu, U., Voet, D., Wang, L., Weinberger, P., Weisenberger, D. J., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wiznerowicz, M., Wong, T., Wong, W., Xi, L., Yau, C., Zhang, H., Zhang, H. Zhang, J.view all authorsEPJS_limit_names_shown_load( 'creators_name_28986_et_al', 'creators_name_28986_rest' ); (2020). Pan-cancer analysis of whole genomes. NATURE, 578(7793), pp. 82-93. doi:10.1038/s41586-020-1969-6 https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6Test

الإتاحة: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6Test
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المؤلفون: Thorsson V., Gibbs D. L., Brown S. D., Wolf D., Bortone D. S., Ou Yang T. -H., Porta-Pardo E., Gao G. F., Plaisier C. L., Eddy J. A., Ziv E., Culhane A. C., Paull E. O., Sivakumar I. K. A., Gentles A. J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J. S., Mose L. E., Vo N. S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S. M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A. D., Anastassiou D., Bedognetti D., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T. M., Noushmehr H., Pedamallu C. S., Bullman S., Ojesina A. I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T. K., Weinstein J. N., Guinney J., Saltz J., Holt R. A., Rabkin C. E., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Ryan M., Wang J., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., McLellan M. D., Miller C. 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D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. 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المساهمون: Thorsson, V., Gibbs, D. L., Brown, S. D., Wolf, D., Bortone, D. S., Ou Yang, T. -H., Porta-Pardo, E., Gao, G. F., Plaisier, C. L., Eddy, J. A., Ziv, E., Culhane, A. C., Paull, E. O., Sivakumar, I. K. A., Gentles, A. J., Malhotra, R., Farshidfar, F., Colaprico, A., Parker, J. S., Mose, L. E., Vo, N. S., Liu, J., Liu, Y., Rader, J., Dhankani, V., Reynolds, S. M., Bowlby, R., Califano, A., Cherniack, A. D., Anastassiou, D., Bedognetti, D., Rao, A., Chen, K., Krasnitz, A., Hu, H., Malta, T. M., Noushmehr, H., Pedamallu, C. S., Bullman, S., Ojesina, A. I., Lamb, A., Zhou, W., Shen, H., Choueiri, T. K., Weinstein, J. N., Guinney, J., Saltz, J., Holt, R. A., Rabkin, C. E., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S.

مصطلحات موضوعية: cancer genomic, immune subtype, immuno-oncology, immunomodulatory, immunotherapy, integrative network analysi, tumor immunology, tumor microenvironment

الوصف: We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant—characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. present immunogenomics analyses of more than 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.

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المؤلفون: Huang K. -L., Mashl R. J., Wu Y., Ritter D. I., Wang J., Oh C., Paczkowska M., Reynolds S., Wyczalkowski M. A., Oak N., Scott A. D., Krassowski M., Cherniack A. D., Houlahan K. E., Jayasinghe R., Wang L. -B., Zhou D. C., Liu D., Cao S., Kim Y. W., Koire A., McMichael J. F., Hucthagowder V., Kim T. -B., Hahn A., Wang C., McLellan M. D., Al-Mulla F., Johnson K. J., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G. B., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. P., Jefferys S. R., Jones C. D., Meng S., Mieczkowski P. A., Mose L. E., Perou A. H., Perou C. M., Roach J., Shi Y., Simons J. V., Skelly T., Soloway M. G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P. W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C. J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L. A., Drummond J., Gibbs R. A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D. A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E. L., Bailey M., Cordes M. G., Ding L., Fronick C. C., Fulton L. A., Fulton R. S., Kandoth C., Mardis E. R., Miller C. A., Schmidt H. K., Wilson R. K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J. M., Gerken M., Leraas K. M., Lichtenberg T. M., Ramirez N. C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A. L., de Carvalho A. C., Fregnani J. H., Longatto-Filho A., Reis R. M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H. C. S., Vidal D. O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M. L., Castro P. D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E. R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C. P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J. S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q. T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A. E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B. Y., Hagedorn C. H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L. A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R. J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S. M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M. -H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D. J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J. J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D. M., Sica G., Van Meir E. G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K. E., Zwarthoff E. C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W. J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W. G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A. L., Van Bang N., Hanh P. T., Phu B. D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P. R., Martignetti J. A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K. J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A. H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J. A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J. -P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B. P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R. H., Torbenson M., Yang J. D., Zhang L., Brimo F., Ajani J. A., Gonzalez A. M. A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A. J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T. A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D. A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N. V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J. -W., Hung N. P., Kebebew E., Linehan W. M., Metwalli A. R., Pacak K., Pinto P. A., Schiffman M., Schmidt L. S., Vocke C. D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D. M., Rintoul R. C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A. -P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N. A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J. A., Liptay M. J., Pool M., Seder C. W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M. C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K. -F., Janssen K. -P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M. H., Aziz D., Bell S., Cebulla C. M., Davis A., Duell R., Elder J. B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N. L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W. E., Sexton K. C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S. L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P. R., Chan J. M., Disaia P., Glenn P., Kelley R. K., Landen C. N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A. K., Madan R., Rosenthal H. G., Adebamowo C., Adebamowo S. N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A. -M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E. M. M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C. G., Dos Santos J. S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C. S., Godwin E. M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K. M., Yang I., Korst R., Rathmell W. K., Fantacone-Campbell J. L., Hooke J. A., Kovatich A. J., Shriver C. D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M. A., Lee J. I., Aredes N. D., Mariamidze A., Lichtarge O., Boutros P. C., Raphael B., Wendl M. C., Jain S., Wheeler D., Kulkarni S., Dipersio J. F., Reimand J., Chen K., Plon S. E., Chen F.

المساهمون: Huang, K. -L., Mashl, R. J., Wu, Y., Ritter, D. I., Wang, J., Oh, C., Paczkowska, M., Reynolds, S., Wyczalkowski, M. A., Oak, N., Scott, A. D., Krassowski, M., Cherniack, A. D., Houlahan, K. E., Jayasinghe, R., Wang, L. -B., Zhou, D. C., Liu, D., Cao, S., Kim, Y. W., Koire, A., Mcmichael, J. F., Hucthagowder, V., Kim, T. -B., Hahn, A., Wang, C., Mclellan, M. D., Al-Mulla, F., Johnson, K. J., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Zhang, H., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Li, J., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Mills, G. B., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E.

مصطلحات موضوعية: cancer predisposition, germline and somatic genome, LOH, variant pathogenicity

الوصف: We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer. A pan-cancer analysis identifies hundreds of predisposing germline variants.

وصف الملف: ELETTRONICO

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.03.039Test
http://hdl.handle.net/11392/2437481Test
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418303635Test
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5949147/pdf/nihms957308.pdfTest

المؤلفون: Wang Y., Xu X., Maglic D., Dill M. T., Mojumdar K., Ng P. K. -S., Jeong K. J., Tsang Y. H., Moreno D., Bhavana V. H., Peng X., Ge Z., Chen H., Li J., Chen Z., Zhang H., Han L., Du D., Creighton C. J., Mills G. B., Caesar-Johnson S. J., Demchok J. A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M. L., Hutter C. M., Sofia H. J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J. C., Zhang J. J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D. I., Kim J., Lawrence M. S., Lin P., Meier S., Noble M. S., Saksena G., Voet D., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B. M., Hegde A. M., Ju Z., Kanchi R. S., Korkut A., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Ng K. -S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J. N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W. K., de Bruijn I., Gao J., Gross B. E., Heins Z. J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M. G., Ochoa A., Phillips S. M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S. O., Sun Y., Taylor B. S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J. M., Wong C. K., Yau C., Hayes D. N., Parker J. S., Wilkerson M. D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S. J. M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M. A., Mayo M., Moore R. A., Mungall A. J., Mungall K., Robertson A. G., Sadeghi S., Schein J. E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A. C., Beroukhim R., Cherniack A. D., Cibulskis C., Gabriel S. B., Gao G. F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S. E., Shih J., Kucherlapati M. H., Kucherlapati R. S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M. S., Lai P. H., Maglinte D. T., Van Den Berg D. J., Weisenberger D. J., Auman J. T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K. A., Hoyle A. 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المساهمون: Wang, Y., Xu, X., Maglic, D., Dill, M. T., Mojumdar, K., Ng, P. K. -S., Jeong, K. J., Tsang, Y. H., Moreno, D., Bhavana, V. H., Peng, X., Ge, Z., Chen, H., Li, J., Chen, Z., Zhang, H., Han, L., Du, D., Creighton, C. J., Mills, G. B., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. J., Chudamani, S., Liu, J., Lolla, L., Naresh, R., Pihl, T., Sun, Q., Wan, Y., Wu, Y., Cho, J., Defreitas, T., Frazer, S., Gehlenborg, N., Getz, G., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Meier, S., Noble, M. S., Saksena, G., Voet, D., Bernard, B., Chambwe, N., Dhankani, V., Knijnenburg, T., Kramer, R., Leinonen, K., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S., Shmulevich, I., Thorsson, V., Zhang, W., Akbani, R., Broom, B. M., Hegde, A. M., Ju, Z., Kanchi, R. S., Korkut, A., Liang, H., Ling, S., Liu, W., Lu, Y., Ng, K. -S., Rao, A., Ryan, M., Wang, J., Weinstein, J. N., Zhang, J., Abeshouse, A., Armenia, J., Chakravarty, D., Chatila, W. K., de Bruijn, I., Gao, J., Gross, B. E., Heins, Z. J., Kundra, R., La, K., Ladanyi, M., Luna, A., Nissan, M. G., Ochoa, A., Phillips, S. M., Reznik, E.

مصطلحات موضوعية: driver mutation, miRNA regulation, pan-cancer analysi, pathway activity, prognostic power, TAZ, TCGA, tumor subtype, YAP

الوصف: Hippo signaling has been recognized as a key tumor suppressor pathway. Here, we perform a comprehensive molecular characterization of 19 Hippo core genes in 9,125 tumor samples across 33 cancer types using multidimensional “omic” data from The Cancer Genome Atlas. We identify somatic drivers among Hippo genes and the related microRNA (miRNA) regulators, and using functional genomic approaches, we experimentally characterize YAP and TAZ mutation effects and miR-590 and miR-200a regulation for TAZ. Hippo pathway activity is best characterized by a YAP/TAZ transcriptional target signature of 22 genes, which shows robust prognostic power across cancer types. Our elastic-net integrated modeling further reveals cancer-type-specific pathway regulators and associated cancer drivers. Our results highlight the importance of Hippo signaling in squamous cell cancers, characterized by frequent amplification of YAP/TAZ, high expression heterogeneity, and significant prognostic patterns. This study represents a systems-biology approach to characterizing key cancer signaling pathways in the post-genomic era. Wang et al. perform a comprehensive analysis of 19 Hippo core genes across 33 cancer types using multidimensional “omic” data from The Cancer Genome Atlas. They characterize Hippo pathway activity by a YAP/TAZ transcriptional target signature of 22 genes and highlight the importance of Hippo signaling in squamous cell cancers.

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الإتاحة: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.10.001Test
http://hdl.handle.net/11392/2437168Test
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471831564XTest