التفاصيل البيبلوغرافية
| العنوان: |
Could the DiversiLab® semi-automated repetitive-sequence-based PCR be an acceptable technique for typing isolates of Pseudomonas aeruginosa? An answer from our experience and a review of the literature. |
| المؤلفون: |
Brossier, Florence, Micaelo, Maïté, Luyt, Charles-Edouard, Lu, Qin, Chastre, Jean, Arbelot, Charlotte, Trouillet, Jean-Louis, Combes, Alain, Rouby, Jean-Jacques, Jarlier, Vincent, Aubry, Alexandra |
| المصدر: |
Canadian Journal of Microbiology; Dec2015, Vol. 61 Issue 12, p903-912, 10p, 3 Diagrams, 1 Chart |
| مصطلحات موضوعية: |
POLYMERASE chain reaction, NUCLEOTIDE sequence, PSEUDOMONAS aeruginosa, LITERATURE reviews, DNA fingerprinting, COMPARATIVE studies |
| الملخص (بالإنجليزية): |
Recently the DiversiLab® (DL) system (bioMérieux) was developed as an automated platform that uses repetitive element polymerase chain reaction (rep-PCR) technology for standardized, reproducible DNA fingerprinting of bacteria. The purpose of this study was to evaluate the usefulness of DL rep-PCR for typing Pseudomonas aeruginosa isolates. The performance of DL rep-PCR was compared with that of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) in a prospective multicenter study of patients with ventilator-associated pneumonia due to P. aeruginosa, conducted in 3 intensive care units over a 31-month period. In total, 203 P. aeruginosa isolates from 66 patients, from whom at least 2 consecutive respiratory samples each were collected more than 48 h apart, were typed using DL rep-PCR. Forty isolates (corresponding to 20 patients) were also typed using PFGE of SpeI-digested DNA. The typeability was 100% with DL rep-PCR and 95% with PFGE. The discriminatory power was close for DL rep-PCR and for PFGE (Simpson's diversity indices of 0.901 and 0.947, respectively). Insufficient agreement between DL rep-PCR and PFGE typing results was observed for the 40 selected isolates (adjusted Rand coefficient of 0.419), mostly due to isolates of the same DL rep-PCR type but of different PFGE types (adjusted Wallace coefficients of 0.306 for DL rep-PCR with PFGE, and of 0.667 for PFGE with DL rep-PCR). Considered together with published data, DL rep-PCR results should be interpreted with caution for the investigation of outbreaks caused by P. aeruginosa and evaluated in conjunction with epidemiological data. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
| Abstract (French): |
On a récemment mis au point le système DiversiLab® (DL) de bioMérieux, une plateforme automatisée employant la technologie du rep-PCR (« repetitive element-polymerase chain reaction ») pour produire des empreintes d'ADN de bactéries de manière uniforme et reproductible. La présente étude a été réalisée afin d'évaluer l'utilité du rep-PCR DL employé pour le typage d'isolats de Pseudomonas aeruginosa. On a comparé la performance du rep-PCR DL à celle de l'électrophorèse sur gel en champ pulsé (PFGE) dans le cadre d'une étude prospective multicentrique de patients aux prises avec une pneumonie acquise sous ventilation causée par P. aeruginosa, menée dans trois unités de soins intensifs sur une période de 31 mois. En tout, on a recueilli et typé par rep-PCR DL 203 isolats de P. aeruginosa issus de 66 patients, desquels on a prélevé aux moins deux échantillons respiratoires consécutifs séparés par plus de 48 heures. Quarante isolats (correspondant à 20 patients) ont également été typés par PFGE d'ADN digéré avec SpeI. Le rep-PCR DL est parvenu à typer 100 % des échantillons tandis que le PFGE en a typé 95 %. Les pouvoir de discrimination du rep-PCR DL et du PFGE étaient voisins (indices de diversité de Simpson de 0,901 et 0,947, respectivement). Il y n'y avait pas suffisamment de concordance entre les résultats de rep-PCR DL et de PFGE des 40 isolats sélectionnés (coefficient de Rand ajusté de 0,419), principalement en raison d'isolats appartenant aux mêmes types de rep-DL mais à des types de PFGE différents (coefficients de Wallace ajustés de 0,306 pour ce qui est du rep-PCR par rapport au PFGE, et de 0,667 pour le PFGE par rapport au rep-PCR). À la lumière de ces trouvailles et des données publiées, les résultats de rep-PCR DL devraient être interprétés avec prudence dans l'analyse d'éclosions de P. aeruginosa, et évalués de concert avec des données épidémiologiques. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
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