Przedstawiono historię rozwoju inżynierii biochemicznej. Opisano typowy bioproces, na który składają się, oprócz właściwego etapu reakcyjnego z udziałem drobnoustrojów w bioreaktorze, procesy przygotowania substratów i oczyszczania bioproduktów. Analizując zjawiska zachodzące w bioreaktorze poza komórką drobnoustroju (faza abiotyczna) oraz we wnętrzu komórki zilustrowano rozwój inżynierii biochemicznej. Poprzez stechiometryczne modele metaboliczne podano zasady inżynierii metabolicznej bazującej na analizie strumieni metabolicznych (MFA) i analizie regulacji metabolicznej (MCA). Osiągnięcia inżynierii genetycznej umożliwiły właściwe wykorzystanie wyników modelowania metabolicznego, czego przykładem może być biosynteza rekombinowanych protein. Podkreślono znaczenie inżynierii biochemicznej w przyszłości.