رسالة جامعية
PepspotDB: una banca dati per l'immagazzinamento e l'analisi di esperimenti basati sulla tecnologia degli array di peptidi
| العنوان: | PepspotDB: una banca dati per l'immagazzinamento e l'analisi di esperimenti basati sulla tecnologia degli array di peptidi |
|---|---|
| المؤلفون: | COSTA, STEFANO |
| المساهمون: | Costa, Stefano, CESARENI, GIOVANNI |
| بيانات النشر: | Italy Università degli Studi di Roma "Tor Vergata" |
| سنة النشر: | 2009 |
| المجموعة: | Universitá degli Studi di Roma "Tor Vergata": ART - Archivio Istituzionale della Ricerca |
| مصطلحات موضوعية: | protein interaction, interaction database, domain-peptide interaction, peptide array, SH2, PepspotDB, MINT, motif, Settore BIO/10 - BIOCHIMICA |
| الوصف: | La mappatura dell'interattoma (la rete composta da tutte le possibili interazioni fisiche proteina-proteina che avvengono naturalmente in una cellula o in un organismo) degli organismi viventi è una risorsa essenziale per promuovere l'avanzamento della Systems Biology. Senza sminuire le tante preziose lezioni che abbiamo appreso dallo studio delle reti di interazioni proteina-proteina, occorre però onestamente riconoscere che gli interattomi attuali presentano diverse limitazioni, tra cui cruciale è la scarsità di informazione sulle regioni proteiche coinvolte nel legame. A questo proposito, risultano particolarmente importanti alcune famiglie di domini proteici (ad es. SH2, SH3, WW, EVH1), capaci di mediare interazioni proteina-proteina legandosi a brevi motivi lineari. Recentemente, il nostro gruppo ha sviluppato una strategia basata sulla tecnologia degli array di peptidi per studiare, su larga scala, la specificità di riconoscimento dei domini che legano brevi sequenze peptidiche. Il nostro approccio consta di una parte sperimentale ed una computazionale: 1) il profilo di riconoscimento di ciascun dominio viene determinato saggiando l'interazione fra il dominio e un array di peptidi appositamente progettato; 2) una rete neurale viene “addestrata” su ciascuno dei profili ottenuti e le predizioni vengono integrate, mediante un approccio statistico di tipo Naїve Bayes, con informazioni eterogenee e indipendenti fra loro, al fine di ottenere un punteggio globale di affidabilità dell'interazione. Questo approccio è stato impiegato per identificare tutte le interazioni tra coppie di proteine umane mediate da domini SH2. A supporto dei progetti che adottano l'approccio descritto, abbiamo sviluppato una nuova applicazione basata su banca dati, chiamata PepspotDB, pensata specificamente per facilitare l'immagazzinamento e l'analisi di saggi di interazione molecolare che fanno uso della tecnologia degli array di peptidi. Nutriamo la speranza che PepspotDB possa maturare al punto da diventare una risorsa di ... |
| نوع الوثيقة: | doctoral or postdoctoral thesis |
| اللغة: | English |
| العلاقة: | http://hdl.handle.net/2108/984Test |
| الإتاحة: | http://hdl.handle.net/2108/984Test |
| حقوق: | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| رقم الانضمام: | edsbas.27AD14B0 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |