-
1دورية أكاديمية
المؤلفون: Tomala, Katarzyna, Korona, Ryszard
مصطلحات موضوعية: molecular evolution rate, membrane proteins, protein overexpression, disordered proteins, budding yeast
الوصف: Protein metabolism is one of the most costly processes in the cell and is therefore expected to be under the effective control of natural selection. We stimulated yeast strains to overexpress each single gene product to approximately 1% of the total protein content. Consistent with previous reports, we found that excessive expression of proteins containing disordered or membrane-protruding regions resulted in an especially high fitness cost. We estimated these costs to be nearly twice as high as for other proteins. There was a ten-fold difference in cost if, instead of entire proteins, only the disordered or membrane-embedded regions were compared with other segments. Although the cost of processing bulk protein was measurable, it could not be explained by several tested protein features, including those linked to translational efficiency or intensity of physical interactions after maturation. It most likely included a number of individually indiscernible effects arising during protein synthesis, maturation, maintenance, (mal)functioning, and disposal. When scaled to the levels normally achieved by proteins in the cell, the fitness cost of dealing with one amino acid in a standard protein appears to be generally very low. Many single amino acid additions or deletions are likely to be neutral even if the effective population size is as large as that of the budding yeast. This should also apply to substitutions. Selection is much more likely to operate if point mutations affect protein structure by, for example, extending or creating stretches that tend to unfold or interact improperly with membranes.
العلاقة: Genome Biology and Evolution, T. 5, nr 11, s. 2051-2060; http://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/5293Test
-
2رسالة جامعية
المؤلفون: Potera, Katarzyna
مصطلحات موضوعية: drożdże piekarnicze, nadekspresja białek, agregaty białek, cytometria przepływowa, fluorescencja, budding yeast, protein overexpression, protein aggregates, flow cytometry, fluorescence
الوصف: Asymetryczne podziały komórek, znane u Saccharomyces cerevisiae jako pączkowanie, występują także w ssaczych komórkach macierzystych. Jedną z konsekwencji pączkowania jest różnica rozmiarów pomiędzy komórką matką a komórką córką – to komórki matki są większe. Podczas podziału dochodzi do segregacji czynników starzenia pomiędzy komórką matką a komórką córką. Do takich preferencyjnie zatrzymywanych w komórkach matkach czynników należą agregaty białkowe. Przy użyciu cytometrii przepływowej analizowano szczepy drożdży piekarniczych, skonstruowane w poprzednich badaniach, które silnie nadeksprymowały fluorescencyjne białka reporterowe. Zaobserwowano dwa wzorce histogramów zależności liczby komórek od intensywności ich fluorescencji – z jednym pikiem intensywności fluorescencji i z dwoma. Piki odpowiadają populacjom komórek w obrębie analizowanego szczepu. Celem pracy było sprawdzenie, czy przyczyną obserwowanych dwóch wzorców na histogramach zależności liczby komórek od intensywności ich fluorescencji jest asymetryczna segregacja wysoko nadekspresjonowanych białek reporterowych.Analizie poddano 27 szczepów dzikich (bez mutacji, z fluorescencyjną częścią), z których 18 charakteryzowało się histogramem z dwoma pikami, oraz 103 zmutowane szczepy (obecna mutacja i fluorescencyjna część), w tym 37 z histogramem o takim wzorcu. Obecność mutacji nie wpłynęła na proporcję histogramów z dwoma pikami w obrębie tych grup, a populacje komórek odpowiadające pikom różniły się stężeniami białka. Gdyby białka podlegały asymetrycznej segregacji, zatrzymywane byłyby w komórkach matkach. Komórki w populacjach odpowiadającym pikom różnią się rozmiarem tak jak się tego spodziewano – komórki odpowiadające pierwszemu pikowi świecenia były mniejsze od komórek z drugiego piku. Jednak duże odchylenia od średnich i niewielkie różnice pomiędzy średnimi rozmiarami komórek zmutowanych szczepów, pomimo istotnych statystycznie różnic, poddają w wątpliwość zachodzenie procesu segregacji białek.Analiza zdjęć spod mikroskopu fluorescencyjnego dla 12 ...
النص الكامل