مؤتمر
ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health
| العنوان: | ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health |
|---|---|
| المؤلفون: | Lao, Julie, Marin, Pierre, Dallet, Romain, Mareuil, Fabien, Toisy, Alix De, Birer, Aurélien, Goue, Nadia, Bonnet, Richard, Ruppe, Etienne, Corguille, Gildas Le, Glaser, Philippe, Médigue, Claudine |
| المساهمون: | Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Mésocentre Clermont Auvergne, Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Clermont-Ferrand, Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is financially supported by the French Priority Research Programme on Antimicrobial Resistance (PPR Antibiorésistance), coordinated by Inserm and funded by the Secrétariat général pour l’investissement (SGPI), INRAE (Benoit Doublet) |
| المصدر: | 9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023) https://hal.science/hal-04369175Test 9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023), Jul 2023, Vinci International Convention Centre, Tours, France |
| بيانات النشر: | HAL CCSD |
| سنة النشر: | 2023 |
| المجموعة: | HAL-CEA (Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives) |
| مصطلحات موضوعية: | antibioresistance, genomic surveillance and research, epidemiology, FAIR data, database, Galaxy Workflow, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology |
| جغرافية الموضوع: | Tours, France |
| الوقت: | Vinci International Convention Centre, Tours, France |
| الوصف: | International audience ; Antibiotic resistance (ABR) is a major public health issue prioritized for mitigation by international institutions. Multidrug resistant bacteria (MDRB) and Antibiotic Resistance Genes (ARGs) carried by mobile genetic elements spread between the human, animal, and environmental sectors. Whole Genome Sequencing (WGS) is used for molecular typing purposes at the highest resolution. It provides identification of ARGs and their genetic supports as well as mutations leading to a decrease in antibiotic susceptibility. Epidemiological and WGS data are used for tracking MDRB in hospital outbreaks but also across the animal and environmental sectors. Sharing and interoperability of high-quality data (sequence and metadata) are key requirements for addressing the spatio-temporal dissemination of MDRB. To this aim, the French Priority Plan on ABR has funded the development of an online, open platform dedicated to antibiotic resistance.We are establishing a repository of structured, interoperable, standardized, and well-annotated multi-omics data with tailored mathematical and bioinformatics tools to answer generic and specific research questions related to ABR. The ABRomics platform includes standardized pipelines to run ABR analyses of WGS from pathogenic strains supported with integrated databases (ARG, sequence types [ST], virulence factors [VF]). Uploading data, launching pipelines, viewing and cross-referencing enriched results will be achieved through easy-to-use web interfaces. ABRomics ß-version integrating the ABR detection genomic pipeline and other markers such as ST, and VF will be available to the consortium in summer 2023 and to the whole microbial research community by the end of 2023. Core-genome multi-locus sequence typing, relationships between strains and metagenomics pipelines will next be made available. |
| نوع الوثيقة: | conference object still image |
| اللغة: | English |
| العلاقة: | hal-04369175; https://hal.science/hal-04369175Test; https://hal.science/hal-04369175/documentTest; https://hal.science/hal-04369175/file/ABRomics_poster_ARAE_2023%20copie.pdfTest |
| الإتاحة: | https://hal.science/hal-04369175Test https://hal.science/hal-04369175/documentTest https://hal.science/hal-04369175/file/ABRomics_poster_ARAE_2023%20copie.pdfTest |
| حقوق: | info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
| رقم الانضمام: | edsbas.B2BFE435 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |