دورية أكاديمية
A multicenter blinded study evaluating EGFR and KRAS mutation testing methods in the clinical non-small cell lung cancer setting―IFCT/ERMETIC2 Project Part 1: Comparison of testing methods in 20 French molecular genetic National Cancer Institute platforms
| العنوان: | A multicenter blinded study evaluating EGFR and KRAS mutation testing methods in the clinical non-small cell lung cancer setting―IFCT/ERMETIC2 Project Part 1: Comparison of testing methods in 20 French molecular genetic National Cancer Institute platforms |
|---|---|
| المؤلفون: | Beau-Faller, Michèle, Blons, Hélène, Domerg, Caroline, Gajda, Dorota, Richard, Nicolas, Escande, Fabienne, Solassol, Jérôme, Denis, Marc G., Cayre, Anne, Nanni-Metellus, Isabelle, Olschwang, Sylviane, Lizard, Sarab, Piard, Fabienne, Pretet, Jean-Luc, Fraipont, Florence, De, Bièche, Ivan, Cremoux, Patricia, De, Rouquette, Isabelle, Bringuier, Pierre-Paul, Mosser, Jean, Legrain, Michèle, Voegeli, Anne-Claire, Saulnier, Patrick, Morin, Franck, Pignon, Jean-Pierre, Zalcman, Gérard, Cadranel, Jacques |
| المساهمون: | Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire, Centre Hospitalier Universitaire Strasbourg (CHU Strasbourg), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Hôpital de Hautepierre Strasbourg, Bases moléculaires de la réponse aux xénobiotiques (U775 (IFR95)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), DAM Île-de-France (DAM/DIF), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), biology and pathological laboratory, Endocrinologie moléculaire et cellulaire des cancers, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de recherche en cancérologie de Montpellier (IRCM - U896 Inserm - UM1), Université Montpellier 1 (UM1)-CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Etude Métabolique des Molécules Marquées, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes (IPC), Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) (CEF2P / CARCINO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC), Hôpital René Huguenin Saint-Cloud, Institut Curie - Saint Cloud (ICSC), Département de Biologie des Tumeurs, Institut Curie Paris, Registre Multicentrique à Vocation Nationale des Mésothéliomes Pleuraux (MESONAT), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard Lyon -Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Micro et Nanomédecines Biomimétiques (MINT), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL), Plateforme de Radiobiologie et d’Imageries EXpérimentale SFR ICAT - UA (PRIMEX), SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques (ICAT), Université d'Angers (UA)-Université d'Angers (UA), Service d'Etudes des Systèmes Innovants (SESI), Département Etude des Réacteurs (DER), Institut de recherche sur les systèmes nucléaires pour la production d'énergie bas carbone (CEA - DES) (IRESNE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de recherche sur les systèmes nucléaires pour la production d'énergie bas carbone (CEA - DES) (IRESNE), Service de biostatistique et d'épidémiologie (SBE), Direction de la recherche clinique Gustave Roussy, Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Centre de recherche clinique CHU Caen (CRC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse Caen (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER, Interactions cellulaires tumorales et leur environnement et réponse aux agents anti-cancéreux, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Tenon AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique Paris (IFCT) |
| المصدر: | ISSN: 1525-1578 ; Journal of Molecular Diagnostics ; https://hal.science/hal-01064291Test ; Journal of Molecular Diagnostics, 2014, 16 (1), pp.45--55. ⟨10.1016/j.jmoldx.2013.07.009⟩. |
| بيانات النشر: | HAL CCSD American Society for Investigative Pathology (ASIP) |
| سنة النشر: | 2014 |
| المجموعة: | HAL Clermont Auvergne (Université Blaise Pascal Clermont-Ferrand / Université d'Auvergne) |
| مصطلحات موضوعية: | Base Sequence, Carcinoma, Non-Small-Cell Lung, Lung Neoplasms, Molecular Diagnostic Techniques, Nucleic Acid Amplification Techniques, Adenocarcinoma, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Genotype, False Positive Reactions, Tumor, Cell Line, Humans, DNA, Sequence Analysis, Antineoplastic Agents, Epidermal Growth Factor, Receptor, ras Proteins, Quinazolines, Proto-Oncogene Proteins, Protein Kinase Inhibitors, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer |
| الوصف: | International audience ; Epidermal growth factor receptor (EGFR)-tyrosine kinase inhibitors have limited use as first-line treatment for mutated EGFR metastatic non-small cell lung cancer. The French National Cancer Institute has installed molecular genetics platforms implementing EGFR and KRAS testing. However, there is considerable uncertainty as to which detection methods should be applied for routine diagnosis. This study aimed to compare the EGFR and KRAS genotyping methods developed by the IFCT/ERMETIC2 network platforms in two blind panels: 25 samples of serial dilutions of cell line DNA (20 centers) and 74 FFPE lung tumor samples (10 centers). The best threshold of mutation detection on cell lines was obtained using allele-specific amplification-based technologies. Nonamplifiable tissue samples were significantly less common when using alternative testing versus direct sequencing [15%; 95% confidence interval (CI), 14%-16% versus 40%; 95% CI, 39%-42%; P \textless 0.001]. Mutated cases increased from 42% (95% CI, 31%-54%) to 53% (95% CI, 41%-64%), with three supplementary EGFR mutations (p.G179A at exon 18 and p.L858R and p.L861Q at exon 21) and five supplementary KRAS mutations, when using alternative testing instead of direct sequencing. False-positive results were observed when using a PCR-based sizing assay, high-resolution melting, or pyrosequencing. Concordance analysis returned good kappa test scores for EGFR exon 19 and KRAS analysis when comparing sequencing with alternative methods and revealed no difference between alternative techniques themselves. |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| اللغة: | English |
| العلاقة: | info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/24183959; hal-01064291; https://hal.science/hal-01064291Test; PUBMED: 24183959 |
| DOI: | 10.1016/j.jmoldx.2013.07.009 |
| الإتاحة: | https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2013.07.009Test https://hal.science/hal-01064291Test |
| رقم الانضمام: | edsbas.7D575E9 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.1016/j.jmoldx.2013.07.009 |
|---|