المؤلفون: Omeroglu E.E.

مصطلحات موضوعية: Bioluminescent, Aliivibrio, Photobacterium, Pulsed-Field Gel Electrophoresis, Shewanella, Vibrio

الوصف: Background: There are 4 different genera (i.e. Vibrio, Aliivibrio, Photobacterium, and Shewanella) in the new classification of bioluminescent bacteria. The mechanism of bioluminescence has yet to be fully elucidated. Therefore, the determination of physiological and genetic characteristics of bioluminescent bacteria isolated from different sources is very important. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) has the highest discriminatory power among the different molecular typing methods for the investigation of the clonal relationships between bacteria. For the PFGE analysis of bioluminescent bacteria, the NotI-HF™ is the method of choice among the restriction enzymes. Objectives: The present study aimed to determine genetic relatedness via PFGE in 41 bioluminescent bacteria (belonging to 10 different species) isolated and identified from various marine sources. Materials and Methods: Diferent bioluminescent bacteria (i.e. Vibrio gigantis, V. azureus, V. harveyi, V. lentus, V. crassostreae, V. orientalis, Aliivibrio logei, A. fscheri, Shewanella woodyi, and Photobacterium kishitanii) were analyzed by PFGE using the NotI-HF™ restriction enzyme. The whole DNA of the strains embedded into the agarose plugs was digested with enzyme at 37°C for 30 minutes. CHEF-Mapper PFGE system was used for electrophoresis and band profle of the strains for the NotI-HF™ restriction enzyme were analyzed by Bio-Profl-1D++ software (Vilber Lourmat) at 10% homology coefficient. Results: Although all experiments were performed three times, four of forty-one bioluminescent strains (V. gigantis E-16, H-16 and S3W46 strains and A. fscheri E-4 strain) could not be typed by PFGE technique with NotI-HF™ enzyme. While only two strains (V. crassostreae H-12 and H-19 strains) were exhibiting same band pattern profiles (100% genome homology), thirty-six different PFGE band patterns were obtained. Pattern homologies changed between 66% - 92%, 73% - 83% and 49% - 100% for V. gigantis, V. harveyi and other strains, respectively. Conclusions: The ...

العلاقة: Makale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı; Jundishapur Journal of Microbiology; https://hdl.handle.net/11454/17139Test; https://doi.org/10.5812/jjm.28378v2Test

الإتاحة: https://doi.org/10.5812/jjm.28378v2Test
https://hdl.handle.net/11454/17139Test

المؤلفون: Omeroglu E.E.

المساهمون: Ege Üniversitesi

مصطلحات موضوعية: Aliivibrio, Bioluminescent, Photobacterium, Pulsed-Field Gel Electrophoresis, Shewanella, Vibrio

الوصف: Background: There are 4 different genera (i.e. Vibrio, Aliivibrio, Photobacterium, and Shewanella) in the new classification of bioluminescent bacteria. The mechanism of bioluminescence has yet to be fully elucidated. Therefore, the determination of physiological and genetic characteristics of bioluminescent bacteria isolated from different sources is very important. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) has the highest discriminatory power among the different molecular typing methods for the investigation of the clonal relationships between bacteria. For the PFGE analysis of bioluminescent bacteria, the NotI-HF™ is the method of choice among the restriction enzymes. Objectives: The present study aimed to determine genetic relatedness via PFGE in 41 bioluminescent bacteria (belonging to 10 different species) isolated and identified from various marine sources. Materials and Methods: Diferent bioluminescent bacteria (i.e. Vibrio gigantis, V. azureus, V. harveyi, V. lentus, V. crassostreae, V. orientalis, Aliivibrio logei, A. fscheri, Shewanella woodyi, and Photobacterium kishitanii) were analyzed by PFGE using the NotI-HF™ restriction enzyme. The whole DNA of the strains embedded into the agarose plugs was digested with enzyme at 37°C for 30 minutes. CHEF-Mapper PFGE system was used for electrophoresis and band profle of the strains for the NotI-HF™ restriction enzyme were analyzed by Bio-Profl-1D++ software (Vilber Lourmat) at 10% homology coefficient. Results: Although all experiments were performed three times, four of forty-one bioluminescent strains (V. gigantis E-16, H-16 and S3W46 strains and A. fscheri E-4 strain) could not be typed by PFGE technique with NotI-HF™ enzyme. While only two strains (V. crassostreae H-12 and H-19 strains) were exhibiting same band pattern profiles (100% genome homology), thirty-six different PFGE band patterns were obtained. Pattern homologies changed between 66% - 92%, 73% - 83% and 49% - 100% for V. gigantis, V. harveyi and other strains, respectively. Conclusions: The ...

العلاقة: Makale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı; Jundishapur Journal of Microbiology; https://doi.org/10.5812/jjm.28378v2Test; https://hdl.handle.net/11454/17139Test

الإتاحة: https://doi.org/10.5812/jjm.28378v2Test
https://hdl.handle.net/11454/17139Test

المؤلفون: Ulağ, Elif

المساهمون: Övez, Bikem

مصطلحات موضوعية: Photobacterium Kishitanii, İnhibisyon, EC50, Microtox, B(III), Cr(VI), Cd(II) Toksistesi, Toxcicity of B(III), Cd(II), Inhibition

الوصف: In this study, the effects of Boron compounds on the biological systems were investigated in order to emphasis on the importance of toxic effects of Boron compounds in terms of occupational health and safety. The effects of Cd (II) and Cr (VI) heavy metals ions on the toxicity of B (III) have been investigated in order to determine the toxic effects that may arise when workers who are involved with B (III) are subjected to more than one pollution simultaneously. The acute toxicity tests were carried out using the Microtox test method with a luminescent bacterium Photobacterium kishitanii. Inhibition% and EC50 values for single and binary solutions of B (III), Cr (VI) and Cd (II) metal ions at different exposure times and concentrations were calculated. To support this study results, the toxicity of single and binary metal solutions on Photobacterium kishinatii has been modelled. The modelling results and the experimental results were fitted each other strictly. Finally, the hazards and risks that could arise from Boron toxicity and also heavy metal exposure to boron are discussed in the some solutions for protection from possible risks was suggested. In order to attraction the attention about the high boron concentrations problems which may cause at boron exposure in related industries and in the case of providing the information to employers and employees in the context of occupational health and safety; this study counts significant. ; Bu tez çalışmasında Bor bileşiklerinin yol açabileceği toksik etkilerin iş sağlığı ve güvenliği açısından önemini ortaya koymak amacıyla biyolojik sistemler üzerinde etkileri araştırılmıştır. Bu kapsamda yapılan çalışmalarda B(III) ile çalışanların aynı anda birden fazla kirliliğe maruz kalması durumunda ortaya çıkabilecek toksik etkileri de belirlemek amacıyla Cd(II) ve Cr(VI) ağır metal iyonlarının B(III) toksisitesine etkileri incelenmiştir. Akut toksisite denemeleri, lüminesans bir bakteri türü olan Photobacterium kishitanii ile Microtox test yöntemi kullanılarak ...

العلاقة: Tez; https://hdl.handle.net/11454/60304Test

الإتاحة: https://hdl.handle.net/11454/60304Test

المؤلفون: Ulağ, Elif

المساهمون: Övez, Bikem, Fen Bilimleri Enstitüsü

مصطلحات موضوعية: Photobacterium Kishitanii, İnhibisyon, EC50, Microtox, B(III), Cr(VI), Cd(II) Toksistesi, Toxcicity of B(III), Cd(II), Inhibition

الوصف: Bu tez çalışmasında Bor bileşiklerinin yol açabileceği toksik etkilerin iş sağlığı ve güvenliği açısından önemini ortaya koymak amacıyla biyolojik sistemler üzerinde etkileri araştırılmıştır. Bu kapsamda yapılan çalışmalarda B(III) ile çalışanların aynı anda birden fazla kirliliğe maruz kalması durumunda ortaya çıkabilecek toksik etkileri de belirlemek amacıyla Cd(II) ve Cr(VI) ağır metal iyonlarının B(III) toksisitesine etkileri incelenmiştir. Akut toksisite denemeleri, lüminesans bir bakteri türü olan Photobacterium kishitanii ile Microtox test yöntemi kullanılarak yapılmıştır. B(III), Cr(VI) ve Cd(II) metal iyonlarının tekli ve ikili çözeltileri için farklı konsantrasyonlar ve farklı maruziyet sürelerinde % inhibisyon ve EC50 değerleri hesaplanmıştır. Deneysel çalışmamızı desteklemek amacıyla tekli ve ikili metal çözeltilerinin toksisitesi modellenmiştir. Yapılan modelleme sonuçları ile deneysel sonuçlar birbirini desteklemektedir. Son olarak borun tekil toksisitesi ve ağır metal maruziyetinin Bor'a etkisiyle ortaya çıkabilecek tehlike ve riskler tartışılmış ve olası zararlardan korunmaya yönelik çözüm önerilerine değinilmiştir. Bu tez çalışması borla çalışılan endüstrilerde Bor maruziyetinin yol açabileceği sorunlara dikkat çekmek ve iş sağlığı ve güvenliği kapsamında işverenlerin ve çalışanların bilgilendirilmesini sağlamak açısından önem arzetmektedir. ; In this study, the effects of Boron compounds on the biological systems were investigated in order to emphasis on the importance of toxic effects of Boron compounds in terms of occupational health and safety. The effects of Cd (II) and Cr (VI) heavy metals ions on the toxicity of B (III) have been investigated in order to determine the toxic effects that may arise when workers who are involved with B (III) are subjected to more than one pollution simultaneously. The acute toxicity tests were carried out using the Microtox test method with a luminescent bacterium Photobacterium kishitanii. Inhibition% and EC50 values for single and binary solutions of B ...

وصف الملف: application/pdf

العلاقة: Tez; https://hdl.handle.net/11454/60304Test

الإتاحة: https://hdl.handle.net/11454/60304Test

المؤلفون: Ersoy, Esra

المساهمون: Karaboz, İsmail

مصطلحات موضوعية: Lüminoz bakteriler, photobacterium leiognathi, deniz omurgasızları, Luminous bacteria, marine invertebrates, Biyoloji A.B.D

الوصف: Bu çalışmada, farklı tarihlerde İzmir Körfeziʼnin farklı bölgelerinden 4 farklı türe ait deniz omurgasızı ve 1 deniz suyu örneği alınmıştır ve bu örneklerden lüminoz bakteriler izole edilmiştir. Membran filtrasyon yöntemiyle deniz suyundan ve deniz omurgasızı içeriklerinden elde edilen örnekler Seawater Complete Agar (SWC Agar) izolasyon ortamı kullanılarak inkübe edilmiştir. İnkübasyondan sonra 6 biyolüminesen bakteri izolatı elde edilmiş, saflaştırılmış ve uygun ortamda stoklanmıştır. Basal Medium Agar (BMA), Yeast Extract Broth (YEB), SWC Agar ortamları ve tanılama kiti API 20NE kullanılarak 6 biyolüminesen izolat morfolojik, kültürel ve biyokimyasal özellikleri açısından incelenmiş ve tanılanmıştır. Sonuçta, tüm izolatların PHB akümülasyonuna, kılıfsız polar flagele, lipaz aktivitesine, +4oCʼde negatif büyümeye, +35oCʼde pozitif büyümeye, D-glukozdan negatif gaz üretimine ve piruvat, asetat ve prolin kullanımına sahip olmasından dolayı, deniz omurgasızları ve deniz suyundan Türkiyeʼde ilk kez izole edilen biyolüminesen denizel bakteriler Photobacterium leiognathi Boisvert et al. 1967 olarak tanılanmıştır.

العلاقة: Tez; https://hdl.handle.net/11454/1980Test; 169414

الإتاحة: https://hdl.handle.net/11454/1980Test

المؤلفون: Ersoy, Esra

المساهمون: Karaboz, İsmail, Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü

مصطلحات موضوعية: Lüminoz bakteriler, photobacterium leiognathi, deniz omurgasızları, Luminous bacteria, marine invertebrates, Biyoloji A.B.D

الوصف: Bu çalışmada, farklı tarihlerde İzmir Körfeziʼnin farklı bölgelerinden 4 farklı türe ait deniz omurgasızı ve 1 deniz suyu örneği alınmıştır ve bu örneklerden lüminoz bakteriler izole edilmiştir. Membran filtrasyon yöntemiyle deniz suyundan ve deniz omurgasızı içeriklerinden elde edilen örnekler Seawater Complete Agar (SWC Agar) izolasyon ortamı kullanılarak inkübe edilmiştir. İnkübasyondan sonra 6 biyolüminesen bakteri izolatı elde edilmiş, saflaştırılmış ve uygun ortamda stoklanmıştır. Basal Medium Agar (BMA), Yeast Extract Broth (YEB), SWC Agar ortamları ve tanılama kiti API 20NE kullanılarak 6 biyolüminesen izolat morfolojik, kültürel ve biyokimyasal özellikleri açısından incelenmiş ve tanılanmıştır. Sonuçta, tüm izolatların PHB akümülasyonuna, kılıfsız polar flagele, lipaz aktivitesine, +4oCʼde negatif büyümeye, +35oCʼde pozitif büyümeye, D-glukozdan negatif gaz üretimine ve piruvat, asetat ve prolin kullanımına sahip olmasından dolayı, deniz omurgasızları ve deniz suyundan Türkiyeʼde ilk kez izole edilen biyolüminesen denizel bakteriler Photobacterium leiognathi Boisvert et al. 1967 olarak tanılanmıştır.

وصف الملف: application/pdf

العلاقة: Tez; https://hdl.handle.net/11454/1980Test

الإتاحة: https://hdl.handle.net/11454/1980Test