دورية أكاديمية
Conformational features of lactate dehydrogenase: temperature effect in presence of small molecules, mathematical model ; Конформационные особенности лактатдегидрогеназы: влияние температурного фактора в присутствии малых молекул, математическая модель
| العنوان: | Conformational features of lactate dehydrogenase: temperature effect in presence of small molecules, mathematical model ; Конформационные особенности лактатдегидрогеназы: влияние температурного фактора в присутствии малых молекул, математическая модель |
|---|---|
| المؤلفون: | F. Gilmiyarova N., V. Kuzmicheva I., N. Kolotyeva A., M. Komarova V., E. Ryskina A., O. Gusyakova A., D. Vinogradova S., V. Salmin V., Ф. Гильмиярова Н., В. Кузьмичева И., Н. Колотьева А., М. Комарова В., Е. Рыскина А., О. Гусякова А., Д. Виноградова С., В. Салмин В. |
| المصدر: | Bulletin of Siberian Medicine; Том 19, № 3 (2020); 6-14 ; Бюллетень сибирской медицины; Том 19, № 3 (2020); 6-14 ; 1819-3684 ; 1682-0363 ; 10.20538/1682-0363-2020-19-3 |
| بيانات النشر: | Siberian State Medical University, the Ministry of Healthcare of the Russian Federation |
| سنة النشر: | 2020 |
| المجموعة: | Bulletin of Siberian Medicine / Бюллетень сибирской медицины |
| مصطلحات موضوعية: | lactate dehydrogenase, conformation, differential scanning fluorimetry, oxaloacetate, pyruvate, лактатдегидрогеназа, конформация, дифференциальная сканирующая флуориметрия, оксалоацетат, пируват |
| الوصف: | The aim of this work was to study the conformational changes of lactate dehydrogenase under the influence of different concentrations of intermediates (pyruvate, oxaloacetate) in the temperature gradient with the subsequent building of a mathematical model.Materials and methods. Thermolability of lactate dehydrogenase was studied using the method of differential scanning fluorimetry to determine the change in endogenous fluorescence of tryptophan and tyrosine under the conditions of stable concentration of lactate dehydrogenase and changing concentrations of pyruvate and oxaloacetate. Further, a mathematical model was developed for a more in-depth consideration of the behavior of the catalytic protein.Results. We found that pyruvate and oxaloacetate in low concentrations have a thermostabilizing effect on lactate dehydrogenase conformation; the effect of pyruvate is statistically more significant in comparison with oxaloacetate (p < 0.05). The studied ligands in high concentrations reduce the thermal stability of lactate dehydrogenase.Conclusion. Understanding the role of small molecules in the regulation of biological and catalytic processes has long remained in the background of scientific interest, but today the work in this direction is reaching a new level. The data obtained indicate the possibility of small molecules acting as ligands when interacting with enzymes. ; Цель. Исследовать конформационные изменения лактатдегидрогеназы под действием различных концентраций интермедиатов (пируват, оксалоацетат) в температурном градиенте с последующим построением математической модели.Материалы и методы. Изучение термолабильности лактатдегидрогеназы проводили с использованием метода дифференциальной сканирующей флуориметрии по изменению эндогенной флуоресценции триптофана и тирозина в условиях стабильной концентрации лактатдегидрогеназы и изменяющихся концентраций пирувата и оксалоацетата. Далее была разработана математическая модель для более углубленного рассмотрения поведения каталитического белка.Результаты. ... |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Russian English |
| العلاقة: | https://bulletin.tomsk.ru/jour/article/view/3586/2380Test; https://bulletin.tomsk.ru/jour/article/view/3586/2381Test; Castoreno A.B., Ulrike U.S. Small molecule probes of cellular pathways and networks. ACS Chem. Bio. 2010; 6: 86–94. DOI:10.1021/cb1002976.; Hörner M., Weber W. Molecular switches in animal cells. FEBS Lett. 2012; 586 (15): 2084–2096. DOI:10.1016/j.febslet.2012.02.032.; Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger principles of biochemistry. 6th ed. New York: W.H. Freeman, 2013: 1158.; Mendes-Mourao J., Halestrap A.P., Crisp D.M., Pogson C.I. The involvement of mitochondrial pyruvate transport in the pathways of gluconeogenesis from serine and alanine in isolated rat and mouse liver cells. FEBS Lett. 1975; 53 (1): 29–32. DOI:10.1016/0014-5793(75)80674-0.; McCommis K.S., Finck B.N. Mitochondrial pyruvate transport: a historical perspective and future research directions. Biochem. J. 2015; 466 (3): 443–454. DOI:10.1042/BJ20141171.; Valvona C., Fillmore H.L., Nunn P.B., Pilkington G. J. The regulation and function of lactate dehydrogenase A: therapeutic potential in brain tumor. Brain Pathology. 2016; 26 (1): 3–17. DOI:10.1111/bpa.12299.; Zhai X., Yang Y., Wan J., Zhu R., Wu Y. Inhibition of LDH-A by oxamate induces G2/M arrest, apoptosis and increases radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma cells. Oncol. Rep. 2013; 30: 2983–2991. DOI:10.3892/or.2013.2735.; Pioli P.A., Hamilton B.J., Connolly J.E., Brewer G., Rigby W.F. Lactate dehydrogenase is an AU-rich element-binding protein that directly interacts with AUF1. J. Biol. Chem. 2002; 277 (38): 35738–35745. DOI:10.1074/jbc.M204002200.; Huang L., Li B., Li W., Guo H., Zou F. ATP-sensitive potassium channels control glioma cells proliferation by regulating ERK activity. Carcinogenesis. 2009; 30 (5): 737–744. DOI:10.1093/carcin/bgp034.; Martin L., Schwarz S., Breitsprecher D. Analyzing thermal unfolding of proteins: the prometheus NT.48. Application note NT-PR-001. NanoTemper technologies GmbH, 2014. URL: https://resources.nanotempertech.com/application-notes/nanotemper-application-note-nt-pr-001-thermal-unfoldingTest.; Crawley M.J. The R book. John Wiley & Sons, Inc., 2007: 940.; Findlay J.W., Dillard R.F. Appropriate calibration curve fitting in ligand binding assays. AAPS J. 2007; 9: 260–267.; Rizzo J.M., Shi S., Li Y., Semple A., Esposito J.J., Yu S. Application of a high-throughput relative chemical stability assay to screen therapeutic protein formulations by assessment of conformational stability and correlation to aggregation propensity. Pharm. Sci. 2015; 104 (5): 1632–1640. DOI:10.1002/jps.24408.; Goshu A.T., Koya P.R. Derivation of inflection points of nonlinear regression curves – implications to statistics. AJTAS. 2013; 2 (6): 268–272. DOI:10.11648/j.ajtas.20130206.25.; Magnusson A.O., Szekrenyi A., Joosten H.J., Finnigan J., Charnock S., Fessner W.D. nanoDSF as screening tool for enzyme libraries and biotechnology development. FEBS J. 2019; 286 (1): 184–204. DOI:10.1111/febs.14696.; Chaudhuri R., Cheng Y., Middaugh C.R., Volkin D.B. High-throughput biophysical analysis of protein therapeutics to examine interrelationships between aggregate formation and conformational stability. AAPS J. 2014; 16 (1): 48–64. DOI:10.1208/s12248-013-9539-6.; https://bulletin.tomsk.ru/jour/article/view/3586Test |
| DOI: | 10.20538/1682-0363-2020-3-6-14 |
| الإتاحة: | https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-6-14Test https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-19-3Test https://doi.org/10.1021/cb1002976Test https://doi.org/10.1016/j.febslet.2012.02.032Test https://doi.org/10.1016/0014-5793Test(75)80674-0 https://doi.org/10.1042/BJ20141171Test https://doi.org/10.1111/bpa.12299Test https://doi.org/10.3892/or.2013.2735Test https://doi.org/10.1074/jbc.M204002200Test https://doi.org/10.1093/carcin/bgp034Test |
| حقوق: | Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие статьи в данном журнале, соглашаются на следующее:Авторы сохраняют за собой авторские права и предоставляют журналу право первой публикации работы, которая по истечении 6 месяцев после публикации автоматически лицензируется на условиях Creative Commons Attribution License , которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| رقم الانضمام: | edsbas.41D3FA6D |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.20538/1682-0363-2020-3-6-14 |
|---|