metaXplor: an interactive viral and microbial metagenomic data manager
| العنوان: | metaXplor: an interactive viral and microbial metagenomic data manager |
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| المؤلفون: | Sempéré, Guilhem, Pétel, Adrien, Abbé, Magsen, Lefeuvre, Pierre, Roumagnac, Philippe, Mahé, Frédéric, Baurens, Gaël, Filloux, Denis |
| المساهمون: | Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by the Agropolis Foundation grant ESPACE (1504-004)., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) |
| المصدر: | GigaScience GigaScience, BioMed Central, 2021, 10, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giab001⟩ GigaScience, 2021, 10, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giab001⟩ |
| بيانات النشر: | HAL CCSD, 2021. |
| سنة النشر: | 2021 |
| مصطلحات موضوعية: | Gestion de données, Phylogénie, AcademicSubjects/SCI02254, [SDV]Life Sciences [q-bio], Logiciel, web, génomique, taxonomy, base de données sur le matériel génétique, shotgun, Technical Note, Phylogeny, metagenomics, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Analyse de données, L60 - Taxonomie et géographie animales, NoSQL, Taxonomie, Genomics, sequence, L10 - Génétique et amélioration des animaux, sample, assignment, metabarcoding, AcademicSubjects/SCI00960, Metagenome, data management, Software |
| الوصف: | International audience; Background: Efficiently managing large, heterogeneous data in a structured yet flexible way is a challenge to research laboratories working with genomic data. Specifically regarding both shotgun- and metabarcoding-based metagenomics, while online reference databases and user-friendly tools exist for running various types of analyses (e.g., Qiime, Mothur, Megan, IMG/VR, Anvi'o, Qiita, MetaVir), scientists lack comprehensive software for easily building scalable, searchable, online data repositories on which they can rely during their ongoing research. Results: metaXplor is a scalable, distributable, fully web-interfaced application for managing, sharing, and exploring metagenomic data. Being based on a flexible NoSQL data model, it has few constraints regarding dataset contents and thus proves useful for handling outputs from both shotgun and metabarcoding techniques. By supporting incremental data feeding and providing means to combine filters on all imported fields, it allows for exhaustive content browsing, as well as rapid narrowing to find specific records. The application also features various interactive data visualization tools, ways to query contents by BLASTing external sequences, and an integrated pipeline to enrich assignments with phylogenetic placements. The project home page provides the URL of a live instance allowing users to test the system on public data. Conclusion: metaXplor allows efficient management and exploration of metagenomic data. Its availability as a set of Docker containers, making it easy to deploy on academic servers, on the cloud, or even on personal computers, will facilitate its adoption. |
| وصف الملف: | text |
| اللغة: | English |
| تدمد: | 2047-217X |
| الوصول الحر: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=pmid_dedup__::4326e360dbff29f75cd2e3e7c38188ddTest https://hal.inrae.fr/hal-03219063/file/GigaSci-02-2021.pdfTest |
| حقوق: | OPEN |
| رقم الانضمام: | edsair.pmid.dedup....4326e360dbff29f75cd2e3e7c38188dd |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 2047217X |
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